Former Professors
• Ramón Fayad, Universidad Nacional - Group Founder
Professors
• Manu Forero-Shelton, Ph.D., Department of Physics
• Juan Manuel Pedraza, Ph.D., Department of Physics
• Chad Leidy, Ph.D., Department of Physics, Lab Founder
Lab. Manager • Elizabeth Suesca, Ph.D.
Students
Ph.D. Students
Systems biology:
• David Camilo Durán-Chaparro, Physics
Master's Students
• Juan David Marmolejo Lozano, Physics and Computational Biology
Collaborators
• Paulsson Lab, Harvard Univeristy
• Pilizota Lab, The University of Edinburgh
• Elkaroui lab, The University of Edinburgh
• Gabriel Téllez, Condensed Matter - Uniandes
• Andrés González Mancera, Mechanical Engineering - Uniandes
• John Mario González, Medical School - Uniandes
• Silvia Restrepo, LAMFU Lab - Uniandes
• Jenny Dussan, CIMIC Lab - Uniandes
• Juan A. Sánchez, Biommar Lab - Uniandes
• Marcela Manrique, Chemistry - Universidad de Antioquia
• Gilles Pieffet, Science Department - Universidad Antonio Nariño
• Camilo Aponte-Santamaría,Max Planck Tandem Group in Computational Biophysics - Universidad de los Andes [1]
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Former Lab Members
Systems biology
• 2024 Olga Carolina González López, Física
La relevancia del modelo de piedra, papel o tijera en la preservación de biodiversidad
• 2024 Juan Sebastián Hernández, Física
• 2024 Jennifer Paola Martelo Ocampo, Física
Caracterización del ruido en redes de expresión génica en cascada
• 2024 Alejandro Barrera Suárez, Física
Caracterización fenomenológica de la propagación del ruido genético a través de cascadas transcripcionales cortas.
• 2024 Rafael Enrique Velásquez Rojas, Física
Análisis del coste metabólico y de la transmisión de información en bucles feedforward en redes de transcripción
• 2023 Andrés Hernández Vargas, Física
Modelo estocástico de la evolución fenotípica: Un acercamiento desde la teoría de juegos y el cálculo estocástico
• 2023 Alejandro Caicedo Murgueitio, Física
Modelos estocásticos en la división de bacterias desde el énfasis teórico-computacional
• 2023 Juan Sebastián Osorio Vivas, Física
Producción de alcanos en E.coli usando fotoenzimas: Diseño y simulación de un plásmido de alta expresión.
• 2023 Sergio Andrés Pachón Dotor, Maestría en Biología Computacional
Genetic circuit design for the sabotage of sporulation capacity in Bacillus subtilis progeny.
• 2023 Juan Sebastian Osorio Vivas, Física
Producción de alcanos en E.coli usando fotoenzimas: Diseño y simulación de un plásmido de alta expresión.
• 2022 Alejandro Castellanos Sánchez, Física
Modelamiento del primer módulo de quorum sensing de Pseudomonas aeruginosa
• 2022 Diego Alejandro Zambrano Sierra, Maestría en Ciencias - Física
Memoria a través de difusión: Reproducibilidad en tiempos de respuesta a fotones individuales
• 2021 Nestor Rafael Perico Martínez, Maestría en Ciencias - Física
Diseño de Control para un Toggle Switch alrededor de su inestabilidad
• 2021 Nicolás Hoyos Bertín, Microbiología
Group selection and altruistic behaviour in a plasmid-bacteria system, a probabilistic simulation
• 2021 Juan Camilo López Mantilla, Física
Microscopio de hoja de luz con alta tasa de procesamiento de muestras
• 2021 Catalina Maria Bernal Murcia, Física
Multilevel Selection in Escherichia coli Plasmids: a theoretical and experimental approach
• 2021 Nathalia López Sardoth, Física
Modelo unificado de estrategias de control de división celular y dinámicas de ruido causadas por expresión genética
• 2020 Paula Manuela Siauchó Unriza, Maestría en Ciencias Biológicas
Effects of receptor clustering on information transmission in Escherichia coli chemotaxis
• 2020 David Rey Robledo, Física
Cálculo de beneficios para bacterias con plásmidos en una selección multinivel
• 2020 Ruben Leonardo Acevedo Valenzuela, Física
Mediciones de envejecimiento en Saccharomyces cerevisiae con distintos sistemas de microfluidos
• 2020 María Alejandra Ramírez Ramírez, Física
Cost calculation of an altruistic act for the plasmids-in-bacteria system through probabilistic simulations
• 2020 Joan Sebastián León Guevara, Maestría en Ciencias - Física
Metastability in bacterial persistence
• 2020 Laura Tatiana Camacho Rodríguez, Microbiología
Determinación del costo versus beneficio de dos tipos de plásmidos con sistemas de replicación distintos
• 2019 César Nieto, Doctorado en Ciencias - Física
Gene expression fluctuations through bacteria cell cycle : impact of stochastic cell division on gene product dynamics and information transmission
• 2019 Diego Alexander Hernandez Caro, , Microbiología
Construction of an Escherichia coli strain with altered lipid membrane composition
• 2019 Juan Carlos Linares Rugeles, Física
Caracterización de arquitecturas de circuitos genéticos desde modelos analíticos y estocásticos
• 2018 Jorge Luis Romero, Maestría en Ciencias Biológicas
Bacterial evolution under optimal conditions : a new method for the development of long term evolutionary experiments with E. coli
• 2018 Camilo Andrés Mateus Ortigoza, Física
Utilizando la magnetotaxis en Magnetospirillum gryphiswaldense para diseñar un sensor de concentraciones de mercurio
• 2018 Verónica Bossio Botero, Matemáticas
An information theoretic perspective on the neural code :maximum entropy models, synergy, and redundancy in the encoding of visual stimuli
• 2017 Andrés Camilo Barajas Ramírez, Maestría en Ciencias - Física
Análisis de las características dispersivas de medios heterogéneos a partir de la coherencia
• 2017 Lina María Contreras González, Biología
Persistencia bacteriana en <it> Escherichia coli <\it> :ejemplo de diferentes estados fenotípicos como estrategia de supervivencia
• 2017 Juan Carlos Arias Castro, Doctorado en Ciencias - Física
Physiology, evolution and single cell gene expression : an experimental approach using a microfluidics technique
• 2017 Carlos Arturo Sánchez Isaza, Física
Recent measurement methods for population and single cell dynamics
• 2017 Paula Manuela Siauchó Unriza, Microbiología
Transmisión de información en la integración de múltiples señales en E.coli.
• 2017 Nathaly Melina Marín Medina, Doctorado en Ciencias - Física
Activity of an alfa-helical antimicrobial peptide on different model membranes studied with biophysical techniques
• 2017 Luis Alberto Gutiérrez López, Física
Stochastic models of genetic circuits
• 2017 Daniel Eduardo Fajardo Fajardo, Física
Modelo matemático para las estrategias de replicación de plásmidos mediante juegos estocásticos
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Membrane biophysics
• 2023 Christian Fuertes Chaves, Física
Caracterización de las alteraciones en las propiedades biofísicas de la membrana celular de Staphylococcus aureus tras la adaptación a los péptidos antimicrobianos LL-37 , ATRA-1 y Magainin-2
• 2023 Juan Esteban Sandoval Granados, Física
Role of Staphyloxanthin in the lateral diffusion coefficient of a Staphylococcus aureus model membrane system
• 2023 Laura Wandurraga López, Física
The role of carotenoids in the modulation of physiochemical aspects that determine Staphylococcus aureus survival under desiccation
• 2022 Laura Daniela Zamudio Chávez, Física
Exploring environmental factors that trigger carotenoid production and their effect on the biophysical properties of Staphylococcus aureus bilayer membranes
• 2022 Gerson Dirceu López Muñoz, Física
Targeted metabolomics por LC-MS/MS de la variación de carotenoides de Staphylococcus aureus asociados al estrés oxidativo y su relación con la fluidez de la membrana
• 2022 Nathalia Carolina Bustamante Guzmán, Física
Ensayo de captación de liposomas con carga negativa superficial: Una alternativa mediada por astrocitos humanos
• 2022 Karol Yessenia Rivera Rengifo, Física
Actividad de péptidos antimicrobianos derivados de crotalicidina sobre sistemas modelo y con insaturaciones
• 2022 Alejandro Puerta Trujillo, Física
Diseño de un protocolo de desecación para Pseudomonas benéficas en plantas incorporando carotenoides y disacáridos
• 2021 Nathalia Calderón Rivera, Física
The role of cardiolipin in antimicrobial activity of Atra-1 in Staphylococcus aureus model membranes
• 2020 John Erick Cabrera Ramirez, Física
Simulaciones por dinámica molecular para el estudio de propiedades biofísicas de estafiloxantina en membranas modelo de DMPG y DPPG
• 2019 Juan David Orjuela, Maestría en Ciencias - Física
Assembly process and structure of the platelet Glycoprotein Ib membrane receptor studied through multi-scale simulations
• 2018 Julián Andrés Meléndez Delgado, Física
Studying the role of staphyloxanthin in modulating membrane structural parameters in DMPG and DPPG lipid bilayers
• 2018 José David Pereiro Giraldo, Física
Resistencia a la desecación relacionada con la formación de biopelículas en Pseudomonas fluorescens
• 2018 Juan Sebastián Meléndez Granados, Física
Biophysical study on the role of staphyloxanthin in promoting desiccation tolerance in Staphylococcus aureus
• 2017 Elizabeth Suesca Sánchez, Doctorado en Ciencias - Física
Sulfatides regulate specific uptake of liposomes by an astrocytoma cell line
Microscopy
• 2024 Gustavo Aníbal Mejía Olaya , Física
Tripanosoma Cruzi - Adhesión a células humanas bajo flujo
• 2024 Juan Sebastian Zapata Acosta, Microbiología
Evaluación de expresión génica de biopelículas en comunidades de E. Coli por estrés, a partir de microscopía de hoja de luz
• 2023 Gerson Sair Ponce Solano
Angiogénesis en embriones de peces cebra
• 2023 Luis Carlos Bastidas Herrera, Física
Implementación de un sistema de auto alineación a un microscopio de fluorescencia por hoja de luz (LSFM)
• 2022 René Alejandro Abello Verbel, Física
Implementación de un microscopio de fluorescencia con una máscara de fase para ampliar su profundidad de campo
• 2021 Juan Camilo López Mantilla, Física
Microscopio de hoja de luz con alta tasa de procesamiento de muestras
• 2021 Carlos David Suárez Salazar, Física
Efecto de la difusión de oxígeno en la morfología de glioblastoma multiforme en peces cebra : Una aproximación numérica
• 2021 Cristhian David Perdomo Gómez, Microbiología
Nanotúbulos en trypanosoma cruzi como mecanismo de resistencia al flujo
• 2021 Cindy Andrea Hernández Melo, Maestría en Biología Computacional
Estudio metabólico sobre el efecto circadiano en el uso de metotrexato (MTX) en los peces cebra (Danio rerio)
• 2020 Nathalia Giovanna Vera Gallo, Física
Diseño y ensamblaje de sistema de iluminación con galvanómetros en microscopía de hoja de luz high-throughput
• 2020 Santiago Ortiz Vásquez, Maestría en Ciencias - Física
Diseño e implementación de microscopio de EDOF con iluminación estructurada
• 2018 Alejandro Lozada Cortés, Física
Detección automatizada de T. cruzi utilizando un dispositivo de bajo costo basado en pticografía de Fourier
• 2018 Nicolás Barbosa Berrío, Maestría en Ciencias - Física
Microscopía de fluorescencia de campo de luz por iluminación estructurada
• 2018 Nathan Mateo Marín Jiménez, Física
Deep learning para la super-resolución del campo de luz
• 2018 Diego Alberto Castro Rodríguez, Maestría en Ciencias - Física
Reconstrucción de alta resolución con microscopía de campo de luz
• 2018 Juan Pablo Barrero Flores, Física
Estableciendo la especificidad de la adhesión de esporangios de Phytophthora Infestans y Phytophthora Betacei a sus hospederos por espectroscopía de fuerzas
• 2017 Elizabeth Suesca Sánchez, Doctorado en Ciencias - Física
Sulfatides regulate specific uptake of liposomes by an astrocytoma cell line
• 2017 Jorge Madrid Wolff, Física
Light field light sheet microscopy
• 2017 Nathalie Agudelo, Física
Single Plane Illumination Microscopy (SPIM) applied to developmental studies in zebrafish
• 2017 Michel Andrés Patiño Sáenz, Biología
Microscopia de fluorescencia de hoja de luz como una herramienta para estudiar la distribución tridimensional de la lipofuscina
• 2017 Daniela Torres Díaz, Biología
Ultra-weak photon emissions product of induced stress in Pterogorgia anceps
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