User:Lindenb/Notebook/UMR915/20110704

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LiftOver notch2

hg18:
chr1	120259749	120259750
chr1	120259919	120259920
chr1	120260015	120260016
chr1	120260418	120260419
chr1	120260442	120260443
Lift over to hg19:
chr1:120458226-120458227
chr1:120458396-120458397
chr1:120458492-120458493
chr1:120458895-120458896
chr1:120458919-120458920

Sample1: chr1:120458919

         120458871 120458881 120458891 120458901 120458911  120458921 120458931 120458941 120458951 120458961 120458971 120458981 120458991
AACATACGTGTGAGGAGATTCTAGGGAATCAACAGGGGATAAAGTTACTGAACTCTC*AGACAGTTGGACCTTCTCACTCAGAGACTTCTTCCTCCTACTACCCTTGGCATCCTTTGCCTCCTTGGCAAGGTT*AGGGAGGC
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sample2 120458492-120458493

         120458431 120458441 120458451 120458461 120458471 120458481 120458491 120458501 120458511 120458521 120458531 120458541 120458551
TGGAAAGTCACAATGGGGGGCAAGGGCTCCCGAGGGGTGGTTATGTGCTTCCCTTCAGGTGGCCTGCTCTGGGGAGCTATGCCAGGATGGGTGCCCTCAGCTGGAGCCAGGACCATACCAAACATCTCATTGTACTGGGTCT
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sample3: chr1:120458895

 120458831 120458841 120458851 120458861 120458871 120458881 120458891  120458901 120458911 120458921 120458931 120458941 120458951 120458961
GATGTAATCATTGGAGAGGATGTGGTGTCGGAAACATACGTGTGAGGAGATTCTAGGGAATCAAC*AGGGGATAAAGTTACTGAACTCTCAGACAGTTGGACCTTCTCACTCAGAGACTTCTTCCTCCTACTACCCTTGGCA
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sample4 chr1:120458396

      120458381 120458391 120458401 120458411 120458421
GCTGGGGAGCCCCCGCTGGTTGGGCAATACTGCCTTTAGGGATGAGCTGGAAAGTCACAATG
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sample5

void

sample6 chr1:120458226

120458201 120458211 120458221 120458231 120458241 120458251
TGCCCACAGAGGCTGGGAAAGGATGATAGGCTGGGAGAATGGTCTGAGCTACCTGCCCGTCC
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