User:Lindenb/Notebook/UMR915/20110704
From OpenWetWare

LiftOver notch2
hg18:
chr1 120259749 120259750 chr1 120259919 120259920 chr1 120260015 120260016 chr1 120260418 120260419 chr1 120260442 120260443
Lift over to hg19:
chr1:120458226-120458227 chr1:120458396-120458397 chr1:120458492-120458493 chr1:120458895-120458896 chr1:120458919-120458920
Sample1: chr1:120458919
120458871 120458881 120458891 120458901 120458911 120458921 120458931 120458941 120458951 120458961 120458971 120458981 120458991 AACATACGTGTGAGGAGATTCTAGGGAATCAACAGGGGATAAAGTTACTGAACTCTC*AGACAGTTGGACCTTCTCACTCAGAGACTTCTTCCTCCTACTACCCTTGGCATCCTTTGCCTCCTTGGCAAGGTT*AGGGAGGC ......................................................... ........................................................................... ........ , .......................................................*..................... ....................................................*........ ,,,, ....................................................A....................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..... ..................................................*.......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..... ..................T...............................A......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ....... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .........................................*........ ,,,,,,, ................................................A........................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .......... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ........................................*........ ............ ............................................A..........................C.... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ............ ............................................A............................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ....................... .................................A.......................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ...............C.....*........ ............................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ....................*........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ....................A....................................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ............................... ..................A.....................................G....CA............. ,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..........C.................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ................................ .................A.......................................................... ,,c,c,,,,,,,,*g,,t,,,, .................................. ...............A............................................................ ,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .................................... ..............*.............................................................. ..........*........ ....................................... ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ..........*........ ....................................... ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ..........*........ ....................................... ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .C........A.......................... ,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,*,,,,,,,, ........................................ ,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .....*........ ......................C........T......... ..........A................................................................. ....*........ ......................................... ,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,*,,,,,,,, ............................................ ,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .*........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,*,,,,,,,, ................................................ ......A..................................................................... ........ ................................................. .....*..T.................................................................... ,,,,,,,, ........G....................................C... ,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,, ................................................... ,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,
sample2 120458492-120458493
120458431 120458441 120458451 120458461 120458471 120458481 120458491 120458501 120458511 120458521 120458531 120458541 120458551
TGGAAAGTCACAATGGGGGGCAAGGGCTCCCGAGGGGTGGTTATGTGCTTCCCTTCAGGTGGCCTGCTCTGGGGAGCTATGCCAGGATGGGTGCCCTCAGCTGGAGCCAGGACCATACCAAACATCTCATTGTACTGGGTCT
..................S...................................................R.......................................................................
. cc,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,, .....................................................
,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ................................................
........................................... ............................................................................ ...................
............................................. ........................A................................................... ................
.............................................. .....................................C...................................... ,,,,,,,,,,,,,,,
................................................ .....................A...................................................... ...........
..................C............................... ,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,
........................................................ ............................................................................ .......
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ............................................................................ ,,
...................................................................C.. T......................................................................
......................................................................C. .....................................................................
.......................................................................... ..................................................................
......................................................................A..... ..............................................................
..................................................A......................... ............................................
..........................................A................................. ....................................
............................................................C............... ..................................
....................................A....................................... ...............................
............................................................................ ...............................
...............................A............................................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
............................................................................ ,,,,,,,,
..............A............................................................. .....
............................................................................
.....A......................................................................
,,,,,,,,,gg,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
.A..................C...............C....................................
.A.......................................................................
........................................................................
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
..............................................................
..............................................................
................................C.........T................
...........................................................
sample3: chr1:120458895
120458831 120458841 120458851 120458861 120458871 120458881 120458891 120458901 120458911 120458921 120458931 120458941 120458951 120458961 GATGTAATCATTGGAGAGGATGTGGTGTCGGAAACATACGTGTGAGGAGATTCTAGGGAATCAAC*AGGGGATAAAGTTACTGAACTCTCAGACAGTTGGACCTTCTCACTCAGAGACTTCTTCCTCCTACTACCCTTGGCA ................................................................. .S.......................................................................... ..... ...........................................................*................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ...... ..........................................................*.................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ....... ........................................................***.................... .................................................... ........ ........................................................*.................... ...................................................... ............. ..................................................***.......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ............. ..................................................*.......................... ............................................... ............. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ............................C................ ,,,,,,,,,,,,,,, ...............................................***............................. ............................................ ........A............ ..........................................*.................................. ........................................ ...................... ,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ...................................... ....................... .......................................***..................................... .................................. .............................. .......A.............A............***.........A..A......G.............G........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .............................. ................................***............................................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ................................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,t,,,,,,,,,,,,,,,t,n,,,,,,, .........................G...... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ................................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,***,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .......................... .................................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,***,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .............T...................... ...........................*................................................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ........................ ........................................ ........................*.................................................... ,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .......................***..................................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,t,t,t,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,***,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,c,,,,,,,,, ............................................ ...................***......................................................... ............. ............................................. ...................*......................................................... ................. ............................................... .................***........................................................... ,,,,,,,,,,c,, ............................................... ...............C.***...........................................AC.C...A..... ................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a ,,,,,,,,,,,,, ................................................ .............***............................................................... ......... ..................................................... ...........***................................................................. ,,,,,,, ....................................................... ......***...................................................................... ,, ........................................................ ......*...................................................................... , ......................................................... ,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
sample4 chr1:120458396
120458381 120458391 120458401 120458411 120458421
GCTGGGGAGCCCCCGCTGGTTGGGCAATACTGCCTTTAGGGATGAGCTGGAAAGTCACAATG
............MM.......R..M...M.................................
, .........................C.................................
....... ................................................
............NA.............. .................................
.....................A......... .............................
.........................................C....................
.....................A..A.....................................
.....................................
...........................
..........................
.........................
.........................
,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,
.....................
.....................
...........
,,,,,,,,
.....
..
sample5
void
sample6 chr1:120458226
120458201 120458211 120458221 120458231 120458241 120458251
TGCCCACAGAGGCTGGGAAAGGATGATAGGCTGGGAGAATGGTCTGAGCTACCTGCCCGTCC
.........................M....................................
,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,, ,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
...................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
.........................C. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
................................ ,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,g
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,
......................G..C......... ,,,,,,
,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
...........................................
,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,t,,,,,,,,,tg,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,
,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,