User:Lindenb/Notebook/UMR915/20110704
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LiftOver notch2
hg18:
chr1 120259749 120259750 chr1 120259919 120259920 chr1 120260015 120260016 chr1 120260418 120260419 chr1 120260442 120260443
Lift over to hg19:
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Sample1: chr1:120458919
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sample2 120458492-120458493
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sample3: chr1:120458895
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sample4 chr1:120458396
120458381 120458391 120458401 120458411 120458421 GCTGGGGAGCCCCCGCTGGTTGGGCAATACTGCCTTTAGGGATGAGCTGGAAAGTCACAATG ............MM.......R..M...M................................. , .........................C................................. ....... ................................................ ............NA.............. ................................. .....................A......... ............................. .........................................C.................... .....................A..A..................................... ..................................... ........................... .......................... ......................... ......................... ,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,, ..................... ..................... ........... ,,,,,,,, ..... ..
sample5
void
sample6 chr1:120458226
120458201 120458211 120458221 120458231 120458241 120458251 TGCCCACAGAGGCTGGGAAAGGATGATAGGCTGGGAGAATGGTCTGAGCTACCTGCCCGTCC .........................M.................................... ,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,, ,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ...................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .........................C. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ................................ ,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,g ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,, ......................G..C......... ,,,,,, ,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ........................................... ,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,t,,,,,,,,,tg,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,