User:Lindenb/Notebook/UMR915/20101116

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IG/Cedric

Attention IG starts its indexing for cDNA/prot from 0:
$1 Position.Build36 :

$3 A : 0
$4 C : 2
$5 G : 0
$6 T : 0
$7 modified_call : C
$8 total : 2
$9 used : 2
$10 score : 7.00
$11 reference : T
$12 type : SNP_diff.douteux
$13 Freq.HTZ.42Exomes : 11.9
$14 Freq.HOM.42Exomes : 59.52
$20 strand : +
$21 nbre.exon : 18
$24 typeannot : in-cds-fauxsens
$25 type.pos : Exon 3
$26 index.cdna : 1
$27 index.prot : 0   ### <--- first Methionine  indexed at 0
$28 Taille.cdna : 6155
$29 Intron.start : 
$30 Intron.end : 
$31 codon.wild : ATG
$32 aa.wild : M
$33 codon.mut : ACG
$34 aa.mut : T
$35 cdna.wild : A T GGACCCCTCTGCCCACAGGTCCCGAGCAGC...
$36 cDNA.mut : A C GGACCCCTCTGCCCACAGGTCCCGAGCAGCC..
$37 prot.wild :  M DPSAHRSRAAPPNMDPDPQAGVQVGMRVVRG..
$38 prot.mut :  T DPSAHRSRAAPPNMDPDPQAGVQVGMRVVRGV..
$39 mirna : no
$40 region.splice : !N/A