Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Experiment

From OpenWetWare
Jump to: navigation, search

<html> <head> <style type="text/css">


html{

      background-color: #5b2d01;
      height: 100%;

} body{

      background-color: #f5e4b4;
      font-size: 1.4em;
      font-size: 125%;
      font-family:Arial,'Lucida Grande';
      height: 100%;

}


figure{

      margin-bottom: 10px;

} figcaption{

      font-size: 14px;

}


/* hiding wikiUI*/ .firstHeading {

display:none;

}

  1. content{
background-color: #f5e4b4;
background-image: linear-gradient(#f5e4b4,#eace7f);
border-style:none;
margin:0;
padding-top:0px;
padding-bottom:15px;
padding-right:0px;
padding-left:0px;
min-height:600px;

}

  1. globalWrapper{
font-size:100%;

}

  1. contentSub{
display:none;

}

  1. column-one{
display:none;

}

  1. footer{
display:none;

} /*----------*/

  1. header{
       height: 96px;
       width:1000px;
       margin:0 auto;
       margin-top: 10px;
       margin-bottom: 10px;

}

  1. left_header{

height: 96px; width: 96px;

       float:left;

}


  1. homebutton {
       width: 96px;
       height: 96px;
       float: left;

}

  1. homebutton li{
       display: inline;

}

  1. homebutton li a{
       float: left;
       height: 0px;
       width: 96px;
       padding-top: 96px;
       overflow-x: hidden;
       overflow-y: hidden;
       background-image: url(http://openwetware.org/images/0/02/Homebutton.png);
       background-repeat: no-repeat;

}


  1. homebutton #stamp a{ background-position: 0 -96px; }
  2. homebutton #stamp a:hover{ background-position: 0 0; }
  3. homebutton.home #stamp a{ background-position: 0 0; }



  1. globalnav {

height: 96px; width: 808px;

       float:left;

}


  1. globalnav li{

display: inline; }


  1. globalnav li a{

float: left; height: 0pt; padding-top: 96px; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; background-image: url(http://openwetware.org/images/e/e8/Uiparts_navigation-01.jpg); background-repeat: no-repeat; }


  1. globalnav #gn-home a{ width: 55px; }
  2. globalnav #gn-intro a{ width: 122px; }
  3. globalnav #gn-design a{ width: 84px; }
  4. globalnav #gn-simu a{ width: 118px; }
  5. globalnav #gn-xp a{ width: 114px; }
  6. globalnav #gn-protocol a{ width: 92px; }
  7. globalnav #gn-dis a{ width: 112px; }
  8. globalnav #gn-team a{ width: 78px; }
  9. globalnav #gn-end a{ width: 71px; }


  1. globalnav #gn-home a { background-position: 0 0; }
  2. globalnav #gn-intro a { background-position: -55px 0; }
  3. globalnav #gn-design a { background-position: -177px 0; }
  4. globalnav #gn-simu a { background-position: -261px 0; }
  5. globalnav #gn-xp a { background-position: -379px 0; }
  6. globalnav #gn-protocol a { background-position: -493px 0; }
  7. globalnav #gn-dis a { background-position: -585px 0; }
  8. globalnav #gn-team a { background-position: -697px 0; }
  9. globalnav #gn-end a { background-position: -775px 0; }


  1. globalnav #gn-home a:hover { background-position: 0 -96px; }
  2. globalnav #gn-intro a:hover { background-position: -55px -96px; }
  3. globalnav #gn-design a:hover { background-position: -177px -96px; }
  4. globalnav #gn-simu a:hover { background-position: -261px -96px; }
  5. globalnav #gn-xp a:hover { background-position: -379px -96px; }
  6. globalnav #gn-protocol a:hover { background-position: -493px -96px; }
  7. globalnav #gn-dis a:hover { background-position: -585px -96px; }
  8. globalnav #gn-team a:hover { background-position: -697px -96px; }


  1. globalnav #gn-home a:active { background-position: 0 -192px; }
  2. globalnav #gn-intro a:active { background-position: -55px -192px; }
  3. globalnav #gn-design a:active { background-position: -177px -192px; }
  4. globalnav #gn-simu a:active { background-position: -261px -192px; }
  5. globalnav #gn-xp a:active { background-position: -379px -192px; }
  6. globalnav #gn-protocol a:active { background-position: -493px -192px; }
  7. globalnav #gn-dis a:active { background-position: -585px -192px; }
  8. globalnav #gn-team a:active { background-position: -697px -192px; }


  1. globalnav.home #gn-home a { background-position: 0 -288px; }
  2. globalnav.intro #gn-intro a { background-position: -55px -288px; }
  3. globalnav.design #gn-design a { background-position: -177px -288px; }
  4. globalnav.simu #gn-simu a { background-position: -261px -288px; }
  5. globalnav.xp #gn-xp a { background-position: -379px -288px; }
  6. globalnav.protocol #gn-protocol a { background-position: -493px -288px; }
  7. globalnav.dis #gn-dis a { background-position: -585px -288px; }
  8. globalnav.team #gn-team a { background-position: -697px -288px; }


  1. wikiwrapper{
       width: 980px;
       background-color: #fffcf5;

}


  1. mainvisual{
       width: 980px;
       margin-left: auto;
       margin-right: auto;
       text-align: center;

}

  1. main{
       width: 980px;
       min-height: 600px;
       background-color: #fffcf5;
       padding-right: 15px;
       padding-left: 15px;
       padding-bottom: 150px;
       margin-right: auto;

margin-left: auto;

       text-align: justify;
       font-size: 110%;

}

p{

       text-indent:1em;

}


/*テーブルの色づけ*/

table.table tr:nth-child(odd) {

 /* 奇数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ecf6fb;

} table.table tr:nth-child(even) {

 /* 偶数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ffffff;

}

.overline{

       text-decolation: overline;
      }


/*simulationページの段組みコンテナ*/

  1. container {
      width: 100%;
      height: auto;    
      height: 100%;
      min-height: 100%;

}

div.blockleft{

      float: left;
      width: 625px;
      height: 475px;

} div.blockright{

      float:right;
      width: 355px;
      height: 490px;

div.blockleft2{

      float: left;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.blockright2{

      float:right;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.block{

      width:980px;
      height: 475px;
      margin-bottom: 20px;

}

p.textbox{

      padding:20px;

}

div.blockright span{

      vertical-align: middle;

}


  1. new_footer{
       margin-top:30px;

padding-top:15px; width:100%; height:100px; background-color:#5b2d01; color:#fff;

       font-size: 125%;
       position: absolute;
       bottom: 0;
       display: inline;

}

.lefttext{

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;
       float:left;

}

.rightimg{

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;

}

</style> </head> </html> <html> <head> <title></title> </head>

<body>

<div id="header">

<div id="homebutton"> <li id="stamp"><a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829">Home</a></li> </div>

<div id="globalnav" class="xp"> <ul> <li id="gn-home"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829">Home</a></li> <li id="gn-intro"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Introduction">Introduction</a></li> <li id="gn-design"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Design">Design</a></li> <li id="gn-simu"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Simulation">Simulation</a></li> <li id="gn-xp"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Experiment">Experiment</a></li> <!--<li id="gn-protocol"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Protocol">Protocol</a></li>--> <li id="gn-dis"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Discussion">Discussion</a></li> <li id="gn-team"><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Team">Team</a></li> <li id="gn-end"><a href="#"></a></li> </ul> </div>

</div>

<div id="main"> <h1>Experiment</h1> <p> The <a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0829/Simulation">simulation</a> proves that our system will work properly. As a next step, we would like to conduct experiments to verify the function of our system.<br> We have prepared all the materials to begin the experiments of the enzyme system. DNA strands and enzymes are carefully designed and chosen, respectively, both of which have already arrived. <br> </p> <p>

</p>

<br> <h2>DNA preparation</h2> All DNAs for experiments are shown in Fig.1.<br> <br>

<div align="center"> <img src="http://openwetware.org/images/5/5d/Experiment2014sendai.jpg" width="980" height="358"><br> Fig.1 DNAs for experiments<br> </div> <br> Following Table.1 shows the sequences of the above DNAs. We designed these sequences carefully to avoid unexpected cleaving by restriction enzymes. <br> <div align="center"> <br>

Table.1 Sequences for experiment<br>

<table class="table">

<tr> <td>Input 1</td> <td>CTAGAACATACGCATTTGATTCGC<font color="#00ff00">GAATTC</font>AGCAGTACTATTCAAGCGACGGCT</td> </tr>

<tr> <td>Input 2</td> <td>CTAGAACATACGCATTTGATTCGC<font color="#00ff00">CCATGG</font>AGCAGTACTATTCAAGCGACGGCT</td> </tr>


<tr> <td>Input 3</td> <td>CTAGAACATACGCATTTGATTCGC<font color="#00ff00">AGATCT</font>AGCAGTACTATTCAAGCGACGGCT</td> </tr>


<tr> <td>Template A</td> <td>TCACTTCTGCATCGATCACGACTAGCCGTCGCTTGAATAGT<font color="#ff8b00">GTTA</font></td> </tr>


<tr> <td>Gate A +</td> <td><font color="#0000ff">AGCGTCATCGG</font><font color="#00ffff">TCTTTA</font><font color="#0000ff">AGCAGTACTATTCAAGCGACGGCTTCACTTCTGC</font></td> </tr>


<tr> <td>Gate A - 1</td> <td>TCACGACTC<font color="#0000ff">AGCCGTCGCTTGAATAGTACTGCT</font><font color="#00ffff">GAATTC</font><font color="#0000ff">CCGATGACGCT</font></td> </tr>


<tr> <td>Gate A - 2</td> <td>TCACGACTC<font color="#0000ff">AGCCGTCGCTTGAATAGTACTGCT</font><font color="#00ffff">CCATGG</font><font color="#0000ff">CCGATGACGCT</font></td> </tr>


<tr> <td>Gate A - 3</td> <td>TCACGACTC<font color="#0000ff">AGCCGTCGCTTGAATAGTACTGCT</font><font color="#00ffff">AGATCT</font><font color="#0000ff">CCGATGACGCT</font></td> </tr>

<tr> <td>Output A</td> <td>TAGGTACGCTCCGACAAGGT</td> </tr>


<tr> <td>Anchor</td> <td>ACCTTGTCGGAGCGTACCTA<font color="#0000ff">TCACTTCTGCATCGA</font></td> </tr>


<tr> <td>Key-DNA(A<sub>1</sub>)</td> <td><font color="#ff0000">TCGATGCAGAAGTGA</font></td> </tr>

</table> </div> <br> <h2>Enzyme preparation</h2> Our system involves three types of enzymes, polymerase, nickase, and restriction enzyme. Thus all these enzymes need to work properly in the same buffer and temperature.<br> We decided to use the same kind of polymerase and nickase as in the paper[1] that deals with both polymerase and nickase in NEB buffer. We chose three restriction enzymes which have high activity rates in NEB buffer as candidates in our system. They are Eco-RI, Ncc-I, and Bgl-II. <br> All the input and gate A - DNAs are designed to have the same sequences except for the recognition sites for the restriction enzymes.<br> [1] Kevin Montagne et al. 2010<br>


<br> We are about to begin these experiments!<br> <br>

<div align="center"> <img src="http://openwetware.org/images/d/df/Underconstruction.jpg" width="980px" height="653px"><br> Fig.2 The preparation for experiment has been completely finished!<br> </div>


<!--

<h2>リポソームに味成分を閉じ込める実験</h2> <h3>Purpose</h3> <p>DNAによりリポソームが放出されるまでにリポソームの中に味成分を閉じ込めておく必要がある。そのためリポソーム内にグルコースが閉じ込められることを確認する。本実験では閉じ込める味成分 の一例としてグルコースを上げ、リポソームの中に甘味の味成分であるグルコースを閉じ込める実験を行う。</p>

<h3>Principle</h3> <p>人工細胞膜は疎水性であるため、イオン、アミノ酸やグルコースは透過できないようになっている。(ref. エッセンシャル)グルコースの濃度は糖度計を利用して測定する。 本実験ではグルコース溶液のみのサンプルAとグルコースを閉じ込めたリポソームを含むサンプルBを準備し、対照実験を行う。両者のサンプル内のグルコース総量は同じである。(溶液の全量も同じ) リポソームにグルコースが閉じ込められていればグルコースは糖度計の電極には作用しない。そのため前者は時間に関係なくグルコースの濃度が一定となり、後者は温度を上げる前はグルコース濃度は 低いが、温度を上げればリポソームが割れるのでグルコースの濃度が大きくなり、最終的にサンプルAと同じ濃度になるはずである。</p>

<img src="http://openwetware.org/images/c/ca/8-25experiment.png">

<h3>Method</h3> <p>?Mのグルコース溶液(サンプルA)を作製する。リポソームを界面通過法により作成し、サンプルBを作製した。サンプルAとBを糖度計の電極の上に?µlを滴下し、グルコース濃度を測定した。その後、お湯にサンプルAとサンプルBを一緒に浸からせ温度を高くした状態の両サンプルのグルコース濃度を測定した。</p>

<h3>(期待される)Result</h3> <p>サンプルAは温度を上げる前も後も濃度は変化せずに一定になった。サンプルBは温度を上げる前はグルコース濃度が低く、温度を上げた後はグルコース濃度がサンプルAと同じになった。</p>

<h3>Discussion</h3>

<h3>Protocol</h3> Making liposome<br>

<table class="table"> <tr> <td> DOPC(10nM)</td><td>27µl</td> </tr> <tr> <td> Cholesterol(10nM) </td><td>3µl </td> </tr> </table> Table1 Materials for liposome preparation<br>

<h2>リポソームにコカコーラを閉じ込める実験</h2> <h3>Purpose</h3> 上記の実験の妥当性をさらに検討するために、コカコーラをリポソームに閉じ込める実験を行った。

<h3>Principle</h3> リポソームの中にコカコーラが閉じ込められれば、光学顕微鏡で観察した際にリポソームの中がコーラの色になるはずである。(←色素が閉じ込められているだけでは?)

<h3>Method</h3> 界面通過法によりリポソームを作製する際にインナーバッファーをコカコーラを使用してリポソームを作製し、光学顕微鏡で観察した。

<h3>(期待される)Result</h3> リポソームの中にコーラの色を確認できた。

<h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3>

<h2>制限酵素の機能確認とバッファーの適性を評価する実験</h2> <h3>Purpose</h3> DNA回路の実現には制限酵素が正しく機能する必要がある。本実験では制限酵素の機能確認実験を行う。また、酵素の機能はバッファーの条件に依存する。ポリメラーゼとニッカーゼを使ったオシレーターの論文ではNBEバッファーを使用している。(ref.)我々のDNA回路はこの論文に従い、NBEバッファーを使用する。そのため、NBEバッファー中で正しく機能する制限酵素を選ぶ必要がある。本実験では制限酵素の候補として????を上げ、NBEバッファー中での機能確認を行った。

<h3>Principle</h3> 本実験では以下の配列のDNAを使用した。認識配列の制限酵素の認識配列以外の配列は同じであり、左側の配列は20bp、右側の配列は10bpである。制限酵素が作用すれば左側の20bp程度の配列と右側の10bp程度の長さのDNAに切れる。DNAのみのサンプルとDNAと制限酵素を加えたサンプルを各制限酵素について準備し、アクリルアミドゲル電気泳動を行う。また、「切れる前のDNAのバンド」と「切れてできたDNAのバンド」の蛍光強度を比較することにより、酵素の活性度合を評価する。

<h3>Method</h3> NEBバッファー中のDNAを用意し、DNAのみのサンプルとDNAと制限酵素を加えたサンプルを準備し?%アクリルアミドゲルで電気泳動を行った。各バンドの蛍光強度を測定した。

<h3>(期待される)Result</h3> 制限酵素を入れた方は切れる前のDNAと切れた後の2つのDNAのバンドが確認できた。 蛍光強度から?が最も制限酵素の活性の度合いが高かった。

<h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3> CCGGTGGACTTAATGCGACATCTAGAAATGGTTAGC GCTAACCATTTCTAGATGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGGATCCAATGGTTAGC GCTAACCATTGGATCCTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAAAGCTTAATGGTTAGC GCTAACCATTAAGCTTTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGAATTCAATGGTTAGC GCTAACCATTGAATTCTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACACCATGGAATGGTTAGC GCTAACCATTCCATGGTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGCCGGCAATGGTTAGC GCTAACCATTGCCGGCTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGTAGACAATGGTTAGC GCTAACCATTGTCTACTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGTCTACAATGGTTAGC GCTAACCATTGTAGACTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAAGATCTAATGGTTAGC GCTAACCATTAGATCTTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACAGTTAACAATGGTTAGC GCTAACCATTGTTAACTGTCGCATTAAGTCCACCGG

CCGGTGGACTTAATGCGACACCTGAGGAATGGTTAGC GCTAACCATTCCTCAGGTGTCGCATTAAGTCCACCGG


Fitness value is -22.445723871822707

<h2>シーソーゲートの確認実験</h2> <h3>Purpose</h3> <h3>Principle</h3> <h3>Method</h3> <h3>Result</h3> <h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3> ドメイン 配列 xuavy CATGCCTTACTCTTGAGAGCGAATTGTGTCGTCTT AUXT GCTCTCAAGAGTAAGGCATGATAGG txu CCTATCATGCCTTACTCTTG vyaxu GAATTGTGTCGTCTTAGAGCCATGCCTTACTCTTG AYVA GCTCTAAGACGACACAATTCGCTCT vya GAATTGTGTCGTCTTAGAGC px TGGCACCTGTCTACCCATGCCTTACTCTT VAUX CGCTCTCAAGAGTAAGGCATG

<h2>サンプル</h2> <h3>Purpose</h3> <h3>Principle</h3> <h3>Method</h3> <h3>Result</h3> <h3>Discussion</h3> <h3>Protocol</h3>

-->

</div> <div style="background-color:#5b2d01; margin-top:30px; padding-top:15px; width:100% ;height:100px; color:#fff; font-size: 125%; position: absolute; bottom: 0; display: inline;">

<div style="float:left; height:auto; width:30%; padding-left:20%; ">

(C)Copyright Biomod 2014 Team Sendai<br /> E-MAIL:<a href="mailto:teamsendai2014@gmail.com"><span style="color:white">teamsendai2014@gmail.com</span></a>

</div>
<div style="height:auto; width:30%; padding-left:20%; float:left">

<a href="http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/index.html"> <img src="http://openwetware.org/images/f/f3/Muratalab-icon2_dark-01.png" width="200" alt="Molcular Robotics Lab"></a>

</div>

</div>

</body> </html>