User:Alexander S Mikheyev/Notebook/rotifer alien genes/2010/04/01

Alien genes

Main project page Previous entry      Next entry

LCO HCO Amplification of HCO/LCO on cultures Reaction mixture conc. 1x 19 ' Template Instagene ? 1 TopTaq buffer 10x 1 19 dNTP mix 10 mM each 0.2 3.8 Primer mix 5 uM each 1 19 TopTaq (QIAGEN) 5U/ul 0.05 0.95 Milli Q water 6.75 128.25 10 ul 171 9.0ul / RXN *Control AV 1ng/ul PCR cycle 94C 3 min 94C 10 sec 45-68C 3 min RAMP 0.5C/sec x35 68C 5 min AMP Lane Template ' Sample Number 1 Ithaca 1 C6 48 2 Harvard A4 49 3 Ithaca 1 B4 50 4 Ithaca 1 C5 51 5 Baltimore B2 52 6 Baltimore B3 53 7 Baltimore B6 54 8 E. Windsor C3 55 9 Pennsylvania (PA) D6 56 10 Baltimore B5 57 11 Ithaca 1 C2 58 12 Pennsylvania (PA) D5 59 13 Woods Hole 1 B3 A 14 Woods Hole 1 B5 B 15 Woods Hole 1 C4 C 16 Woods Hole 2 A6 D 17 Positive Control AV 18 Negative Control Load 1.0ul sample Alien Gene LongPCR Amplification of TEL_L_B ' [CONC] 1X 12 ' ' AMP Lane Template MIX Contents ' Size Fosmid Water 5.3 63.6 1 AV 134 AV10098 FWD AV10104 FWD AV TEL L B Takara LA Taq 5U 0.1 1.2 2 AV 135 AV10092 FWD AV10093 RVS AV TEL L B Takara LA Buffer 10X 1 12 3 AV 136 AV10092 FWD AV10093.2 RVS AV TEL L B dNTP 2.5uM each 1.6 19.2 4 CCA3 134 AV10098 FWD AV10108.2 RVS AV TEL L B *Template 1ng 1 12 5 CCA3 135 AV10092 FWD AV10093 RVS AV TEL L B Primer Mix 5uM each 1 6 CCA3 136 AV10092 FWD AV10093.2 RVS AV TEL L B 10.0ul 108 9.0ul/RXN 7 CCA3 84 AV10092.2 FWD AV10093.2 RVS AV TEL L B add 1.0 Primer Mix 8 CCA3 85 AV10092.2 FWD AV10094 RVS AV TEL L B * AV or CCA3 PCR Cycle 94C 1 min 98C 10 sec 65C 15 min 30X Amplification of TEL_L_A new primers on CCA3 Reaction mixture conc. 1x 5 ' AMP Lane Template Contents *Template 1ng/ul 1 5 A AV AV10083 TopTaq buffer 10x 1 5 B AV AV10084.2 dNTP mix 10 mM each 0.2 1 C AV AV10085 Primer mix 5 uM each 1 D AV AV10090 TopTaq (QIAGEN) 5U/ul 0.05 0.25 E CCA3 AV10083 Milli Q water 6.75 33.75 F CCA3 AV10084.2 10 ul 45 G CCA3 AV10085 *CCA3 or AV 9.0ul/RXN H CCA3 AV10090 PCR cycle 94C 3 min 98C 10 sec 60C 3 min x35 72C 5 min Lanes 1-6 Load 1.0ul sample Lanes 7,8 & A-H Load 2.0ul sample Alien Gene LongPCR 2 Amplification of TEL_L_B ' [CONC] 1X 12 ' ' AMP Lane Template MIX Contents ' Size Fosmid Water 5.3 63.6 1 AV 123 AV10108 FWD AV10108.2 RVS AV TEL L B Takara LA Taq 5U 0.1 1.2 2 AV 124 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B Takara LA Buffer 10X 1 12 3 AV 125 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B dNTP 2.5uM each 1.6 19.2 4 AV 126 TEL_L_B_3 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B *Template 1ng 1 12 5 AV 127 AV10113 FWD TEL_L_B_2 RVS AV TEL L B Primer Mix 5uM each 1 6 AV 128 AV10113 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B 10.0ul 108 9.0ul/RXN 7 AV 129 AV10113 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B add 1.0 Primer Mix 8 AV 130 TEL_L_B_3 FWD AV10114 RVS AV TEL L B 9 AV 131 AV10114 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B * AV or CCA3 10 AV 132 TEL_L_B_4 FWD AV10114 RVS AV TEL L B 11 AV 133 TEL_L_B_4 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B PCR Cycle 12 CCA3 123 AV10108 FWD AV10108.2 RVS AV TEL L B 94C 1 min 13 CCA3 124 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B 98C 10 sec 14 CCA3 125 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B 65C 15 min 15 CCA3 126 TEL_L_B_3 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B 30X 16 CCA3 127 AV10113 FWD TEL_L_B_2 RVS AV TEL L B 17 CCA3 128 AV10113 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B 18 CCA3 129 AV10113 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B 19 CCA3 130 TEL_L_B_3 FWD AV10114 RVS AV TEL L B 20 CCA3 131 AV10114 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B 21 CCA3 132 TEL_L_B_4 FWD AV10114 RVS AV TEL L B 22 CCA3 133 TEL_L_B_4 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B Load 1.0ul of sample Alien Genes New Primer Screen Reaction mixture conc. 1x x16.5 ' lane ' Temp ?? 2 1 AV10134 TopTaq Buffer 10x 1 16.5 2 AV10121 dNTP mix 10 mM each 0.2 3.3 3 AV10084 Primer mix (HIS F/R1) 5 uM each 1 16.5 4 AV10045 TopTaq 5 U/ul 0.05 0.825 5 AV10044 Milli Q 5.75 94.875 6 AV10034 10 ul 7 AV10027 8 AV10025 PCR cycle 94C 3 min sample 61 Pennsylvania (PA) B3 98C 10 sec 62 Ithaca 1 C3 60C 3 min x35 72C 5 min