Bitan:todo
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Experimental Procedures
In vivo work protocols
- Bitan:imageJ
- Bitan:frozen section IHC
- Bitan:parafin embedded tissue cutting and mounting
- Bitan:brain protein extraction
- Bitan:genotyping
- Bitan:western
- Bitan: parafin embedded IHC
- Bitan:mouse handling
- Bitan:mouse sac and tissue collection
- Bitan:make subQ pumps
Aβ preparations
- HFIP Film Preparation
- Soluble Oligomers
- Microwave-assisted peptide synthesis
- PICUP
- SATA conjugation to Aβ
Molecular Biology Methods for SELEX
- qPCR
- RNA biotinylation
- PCR Amplification of the Initial ssDNA Library for SELEX experiments
- Agarose gel electrophoresis
- Measuring DNA concentration by absorbence
- In-vitro transcription, labeling and G-50 purification of RNA
- Calculating specific activity of hot CTP after calibration date
- Scintillation counting using the Triathler bench-top counter
- TBE-urea-polyacrylamide gel electrophoresis and autoradiography
- Calculating the yield and specific activity of labeled RNA
- Filter binding for SELEX
- Extraction of RNA from filters
- Autoradiography of hot blots
- Autoradiography of hot gels
Structural Studies
Protein Analysis
- ALISA
- Western Blot
- ImageJ densitometry
- dot blot
- ELISA/ELONA/α-syn-ELISA-Total/α-syn-ELISA-oligo
- Biotinylation of mAb211
- Bitan:Novex ELISA Human alpha-Synuclein
- Bitan:SpinColumns
Cell Biology
Other amyloidogenic proteins
Aggregation (ThT Fluorescence & EM)
Some Useful Software Usage Tips
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Molecular biology<o:p></o:p> |
Agarose gel electrophoresis<o:p></o:p> |
Biology<o:p></o:p> |
Barnes maze<o:p></o:p> |
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TBE-urea gel electrophoresis<o:p></o:p> |
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Y-maze<o:p></o:p> |
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Autoradiography of hot blots<o:p></o:p> |
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Morris water maze<o:p></o:p> |
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Autoradiography of hot gels<o:p></o:p> |
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Novel object recognition<o:p></o:p> |
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Calculation of RNA and DNA concentration by absorbance<o:p></o:p> |
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Preparation of tweezers for subcutaneous pumps<o:p></o:p> |
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Calculation of hot RNA specific activity and yield<o:p></o:p> |
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Oral gavage<o:p></o:p> |
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Desalting of PICUP LMW Aβ40<o:p></o:p> |
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Paraffin embedding<o:p></o:p> |
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Dot blotting<o:p></o:p> |
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Subcutaneous pump surgery<o:p></o:p> |
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ELISA<o:p></o:p> |
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Immunohistochemistry<o:p></o:p> |
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ELONA<o:p></o:p> |
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In vitro transcription<o:p></o:p> |
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Elution of RNA from columns<o:p></o:p> |
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Intracerebroventricular pump surgery<o:p></o:p> |
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Elution of RNA from filters<o:p></o:p> |
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Intravenous and subcutaneous injection<o:p></o:p> |
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Exonuclease reactions for ssDNA for SELEX<o:p></o:p> |
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Brain protein extraction<o:p></o:p> |
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Filter binding<o:p></o:p> |
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Mouse sacrifice, blood collection, and perfusion<o:p></o:p> |
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Hexokinase reactions<o:p></o:p> |
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Tissue ectioning and mounting<o:p></o:p> |
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Qiagen PCR product purification and measurement of DNA concentration, agarose electrophoresis<o:p></o:p> |
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Primary rat neurons<o:p></o:p> |
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qPCR/ALISA<o:p></o:p> |
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Dendritic spine morphology<o:p></o:p> |
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Reverse transcription<o:p></o:p> |
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TUNEL staining<o:p></o:p> |
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RNA and DNA labeling<o:p></o:p> |
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MTT<o:p></o:p> |
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RNA extraction, precipitation, and purification<o:p></o:p> |
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LDH<o:p></o:p> |
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Western blot<o:p></o:p> |
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<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Cell_Culture">Basic PC12 cell culture</a><o:p></o:p> |
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Use of Denville intensifying screens during autoradiography<o:p></o:p> |
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Scintillation counting using Triathler<o:p></o:p> |
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PCR and use of specific primers for either SELEX methods, RNA or DNA SELEX<o:p></o:p> |
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SATA conjugation to Aβ<o:p></o:p> |
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Biophysics<o:p></o:p> |
<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Electron_microscopy">Electron Microscopy</a><o:p></o:p> |
Peptide Synthesis<o:p></o:p> |
<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Microwave-assistant_peptide_synthesis">Microwave-assisted peptide synthesis</a><o:p></o:p> |
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<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:ThioflavinT_fluorescence">ThT fluorescence</a><o:p></o:p> |
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CD<o:p></o:p> |
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<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:Dynamic_Light_Scattering">Dynamic light scattering</a><o:p></o:p> |
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PICUP<o:p></o:p> |
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Image analysis (image J)<o:p></o:p> |
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<a href="http://openwetware.org/wiki/Bitan:HFIP_Film_Preparation">HFIP treatment</a><o:p></o:p> |
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Estimation of methionine sulfoxide reductase (Msr) activity by HPLC<o:p></o:p> |
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