BioBuilding: Synthetic Biology for Students in Portuguese: Lab 1: Difference between revisions
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==Introdução== | ==Introdução== | ||
Na competição [[http://youtu.be/5HXrrN7mV0A iGEM]] de 2006, estudantes do MIT fizeram o design da Eau d’coli, uma população de ''E. coli'' que produz o aroma natural de banana durante a fase estacionária de seu crescimento. Conseguiram isso inserindo nas bactérias um dispositivo contendo um promotor responsivo à fase estacionária acoplado a um dispositivo gerador de aroma de banana. O dispositivo gerador é composto por um sítio de ligação ribossômica (RBS), um ''frame'' de leitura aberta (ORF) que codifica a enzima ATF1 e uma sequência terminadora. A enzima ATF1 participa da conversão do álcool isoamílico no éster acetato de isoamila, que dá o odor característico da banana. | |||
[[Image:Intro lab1 BioPrimer1.png|thumb|600 px| [[Media:Bioprimer no1 02.02.jpg| BioPrimer #1 pdf]] ]] | [[Image:Intro lab1 BioPrimer1.png|thumb|600 px| [[Media:Bioprimer no1 02.02.jpg| BioPrimer #1 pdf]] ]] | ||
O Time de 2006 considerou que seria útil desenhar esse dispositivo gerador de aroma | O Time de 2006 considerou que seria útil desenhar esse dispositivo gerador de aroma alinhado à fase ''log'' do crescimento bacteriano. No entanto, há pelo menos dois designs que podem executar essa tarefa. Ambos produzem o aroma natural de banana, característico do dispositivo gerador, mas a atuação do promotor varia. Em um deles o dispositivo gerador de aroma é acoplado a uma nova parte, um promotor responsivo à fase ''log'' de crescimento. No outro, usamos esse mesmo promotor, mas adicionamos um dispositivo inversor ao nosso dispositivo gerador. Inversores gênicos que podemos utilizar em nossos designs são constantemente desenvolvidos pela comunidade da Biologia Sintética e podem dar novo significado a nossas sequências promotoras. | ||
Para esta atividade | Para esta atividade trabalhamos com quatro cepas de ''E. coli'', três com dispositivos e um controle negativo:<br> | ||
'''Amostra 1-1.''' | '''Amostra 1-1.''' Dispositivo gerador Eau d’coli original.<br> | ||
'''Amostra 1-2.''' | '''Amostra 1-2.''' Dispositivo gerador acoplado ao promotor da fase ''log''.<br> | ||
'''Amostra 1-3.''' | '''Amostra 1-3.''' Dispositivo gerador Eau d'coli com um inversor inserido entre o promotor e o RBS.<br> | ||
'''Amostra 1-4.''' | '''Amostra 1-4.''' Cepa sem dispositivos geradores de aromas.<br> | ||
Nossa tarefa é crescer | Nossa tarefa é crescer as populações bacterianas e testar o cheiro de banana produzido na medida em que elas passam pela fase ''log'' e atingem a estacionária. Podemos determinar o crescimento populacional através da espectrofotometria ou do padrão de turbidez de McFarland, inferindo a densidade de bactérias nas culturas. Na medida em que a população cresce, podemos verificar o odor, comparando com diferentes diluições do extrato de banana. | ||
<br style="clear:both" /><br> | <br style="clear:both" /><br> | ||
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Revision as of 14:02, 10 April 2014
Laboratório Águas de Cheiro |
Laboratório 1: Águas de Cheiro
Agradecimentos: Esta atividade foi desenvolvida com os materiais e a orientação do Time de 2006 do MIT no iGEM (link), e as ideias e o suporte da Ginkgo Bioworks.ObjetivosAo concluir este módulo, você deverá estar apto a:
Para pensar...
IntroduçãoNa competição [iGEM] de 2006, estudantes do MIT fizeram o design da Eau d’coli, uma população de E. coli que produz o aroma natural de banana durante a fase estacionária de seu crescimento. Conseguiram isso inserindo nas bactérias um dispositivo contendo um promotor responsivo à fase estacionária acoplado a um dispositivo gerador de aroma de banana. O dispositivo gerador é composto por um sítio de ligação ribossômica (RBS), um frame de leitura aberta (ORF) que codifica a enzima ATF1 e uma sequência terminadora. A enzima ATF1 participa da conversão do álcool isoamílico no éster acetato de isoamila, que dá o odor característico da banana. O Time de 2006 considerou que seria útil desenhar esse dispositivo gerador de aroma alinhado à fase log do crescimento bacteriano. No entanto, há pelo menos dois designs que podem executar essa tarefa. Ambos produzem o aroma natural de banana, característico do dispositivo gerador, mas a atuação do promotor varia. Em um deles o dispositivo gerador de aroma é acoplado a uma nova parte, um promotor responsivo à fase log de crescimento. No outro, usamos esse mesmo promotor, mas adicionamos um dispositivo inversor ao nosso dispositivo gerador. Inversores gênicos que podemos utilizar em nossos designs são constantemente desenvolvidos pela comunidade da Biologia Sintética e podem dar novo significado a nossas sequências promotoras. Para esta atividade trabalhamos com quatro cepas de E. coli, três com dispositivos e um controle negativo: ProcedimentoThere are two versions of this lab. Your teacher will inform you of the one you will be doing. Click on the links below to go to the detailed procedure: When you've finished your experiments (Protocol A or Protocol B), upload your data to the BioBuilder site that's here. You'll be able to compare what you've measured to what other BioBuilders around the country have seen. Lab ReportAs you write, be sure to define and properly use all highlighted terms throughout the introduction and other parts of the lab. I. Introduction
II. Methods
III. Results
IV. Discussion
V. Citations and references
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