User:Maria Ines Goncalves/Notebook/Aulas Biologia Molecular 2010/2010/03/02
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Exercício TP1Considere a seguinte representação de uma molécula biológica. TTGACACTACCGAGGTGTACTATTTTTACCCGAGTCGCTAATTTTTGCCGCAAGGTGCTAAGCCGCGAGG AAAGCGAGGCTGAACAGGCAGTCGCCCGTCCACAGGTGACGGTGATCCCGCGTGAGCAGCATGCTATTTC CCGCAAAGATATCAGTGAAAATGCCCTGAAGGTAATGTACAGGCTCAATAAAGCGGGATACGAAGCCTGG
Podem ser representadas as moléculas de DNA e RNA, que constituem longas cadeias de nucleótidos. A molécula de DNA é formada por duas cadeias anti-paralelas e complementares tendo uma delas o sentido 5’→3’ e a complementar o sentido inverso (3’→5’). O nucleótido é formado por um grupo fosfato, uma desoxirribose e uma base azotada. As bases azotadas de adenina (A) e timina (T) e as bases guanina (G) e citosina (C) ligam respectivamente sempre entre si, sendo que as primeiras por 2 ligações de hidrogénio e as segundas por 3. A molécula de RNA diferencia-se por constituir uma cadeia simples, ter uma ribose em vez da desoxirribose presente no DNA e ainda por ter em vez das bases de timina (T) as bases de uracilo (U).
Para melhor representar a estrutura real poderiam ser indicadas as extremidades 5' e 3'(apesar de ser convenção) e o facto do DNA ser constituídos por cadeias anti-paralelas. Eventualmente poderiam ser esquematizadas as ligações de hidrogénio estabelecidas entre as diferentes bases.
Poderá conter um gene no caso de se verificar um quadro de leitura, isto é, se ao longo da sequência existirem os codões de iniciação (AUG - Met) e Stop. Além disto terá de codificar um número de aminoácidos que possa constituir uma proteína. Pressupondo que a sequência em questão não está completa se se verificar um quadro de leitura aberto, isto é, sem codões de iniciação e stop, pode-se presumir que se trata de uma porção de um gene que pode codificar uma proteína.
UUGACACUACCGAGGUGUACUAUUUUUACCCGAGUCGCUAAUUUUUGCCGCAAGGUGCUAAGCCGCGAGG AAAGCGAGGCUGAACAGGCAGUCGCCCGUCCACAGGUGACGGUGAUCCCGCGUGAGCAGCAUGCUAUUUC CCGCAAAGAUAUCAGUGAAAAUGCCCUGAAGGUAAUGUACAGGCUCAAUAAAGCGGGAUACGAAGCCUGG É necessário ter em conta que a sequência pode ser transcrita segundo uma leitura da sequência apresentada e outra a partir da cadeia complementar anti-paralela.
Como? É possível fazendo a leitura da sequência de bases, ou seja, atribuir a um codão o respectivo aminoácido utilizando o código genético. A sequência de aminoácidos obtida poderá corresponder a uma proteína.
Consulte aqui o código genético Utilizando o programa para fazer a tradução obtivemos os seguintes resultados: 5'3' Frame 1 L T L P R C T I F T R V A N F C R K V L S R E E S E A E Q A V A R P Q V T V I P R E Q H A I S R K D I S E N A L K V Met Y R L N K A G Y E A W
Dos resultados obtidos concluiu-se que 5'3' Frame 1 e 3'5' Frame 2 podem constituir uma porção de um proteína (mais de 20 aminoácidos), dado que não é apresentada a sequência completa não estão representados os codões de iniciação e stop.
No código standard o codão de iniciação é AUG, em bactérias está documentada a possibilidade de existirem os codões de iniciação GUG e UUG. Adicionalmente nas bactérias a iniciação pode ser atribuída a um codão NUG.
Submeter a sequência a uma base de dados, por exemplo Blast, e esta por comparações indica o organismo a que poderá pertencer.
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