User:Evandro Ruiz/Notebook/SZ gene

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Resumo | Abstract

Este projeto visa a elucidação e compreensão da rede gênica envolvida na esquizofrenia. É um traballho cooperativo entre:

  • Lab. of Medical Genomics and Bioinformatics, Centro Internacional de Pesquisa e Ensino (CIPE) - Hospital AC Camargo; e
  • ComText

FASE 1

Listas de genes

Grafos no interatoma

Abaixo estão os subgrafos do interatoma elaborados através das listas acima . Os arquivos estão escritos como listas de adjacência.
Lembrando que tomamos só o componente principal do interatoma HPRD_Release9_062910 que é sum subgrafo com 9219 genes e 38834 conexões. Densidade: ≈ 0.000914. Sendo assim, alguns genes das listas abaixo não se encontram neste interatoma e, quase sempre, apresentam-se como genes isolados, sem ligação com outros genes.

Resumo dos grafos

  • Genes associacao (lista de 281): Subgrafo no HPRD
    • Numero de nos: 228
    • Numero de arestas: 99
  • Genes expressao (lista de 726): Subgrafo no HPRD
    • Numero de nos: 369
    • Numero de arestas: 80
  • Genes Meta-analise (lista de 2295): Subgrafo no HPRD
    • Numero de nos: 724
    • Numero de arestas: 243
  • Genes Core-Genes (lista de 38): Subgrafo no HPRD
    • Numero de nos: 33
    • Numero de arestas: 4

Grafos dos vizinhos

Os grafos abaixo são compostos dos genes dos respectivos grafos acima e seus primeiros vizinhos no interatoma
A novidade: Número de genes comuns aos 3 conjuntos: 667. Veja o arquivo: Media:Os667.txt

FASE 2

Algumas perguntas que não se deixam calar:
  • Como garantir que estas ligações buscadas no interatoma foram testadas em tecidos do sistema nervoso?
  • Já que genes "mais velhos" tem menor chance de estarem envolvidos em doenças genéticas, como escolher os genes "mais novos"? Onde encontrar a "data de nascimento" dos genes?

FASE 3

Tomamos todas as listas do Vanderbilt SZGR, menos a gene network, como base. O que totaliza 3326 genes.

Esta lista, considerando , mais que 5 hits e mínima presença em 3 listas distintas, está em:

Esta lista tem 3326 genes, muitos repetidos. Eliminado-se as repetições temos

Mapa de genes no interatoma

Tomando como base a lista do Leandro (986) temos os genes mapeados no interatoma.
 ** Coluna 2 = 1, gene presente na nossa lista.;
 ** Coluna 2 = 0, gene fora da nossa lista.
 ** Arquivo de atributos: Media:todoInteratoma.noa