User:Etchevers/Notebook/Conference notes/2009/02/27

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Réunion de groupe Calvas-Malecaze du 26-2-09

(Pardonnez-moi du franglais mais vous comprendrez.)

Arrivée de l’anglophone postdoc chinois nommé Weuihua MENG sera logé à l’hôtel brièvement.

Organisation de Dr. Olivier Parant ainsi que quelques internes du planning familial. Ressortir protocole pour collecte. Possibilité de pb par rapport aux délais entre information et signature de consentement. Ventouse ou RU ? Number : EMB09XXXX dans la base du département Génétique.

Retina France accusé de réception pour financement du projet malfo-oeil, recevable vers le 4/4 et decision un peu + tard (mai ?).

PHRC myopie – promotion CHU Toulouse ; CIC vérifie document modifier pour présentation devant CPP en fonction de la direction des hôpitaux de Toulouse.

Etude myopie avec Duke – IOVS deux papiers acceptés en collaboration internationale entre nous et d’autres centres avec des cohortes.

Matthias : Demain 100 premiers génotypes sur 255 pour Matthias – les autres arrivent la semaine prochaine. ADNs anglais (Tuft) sont bons maintenant (1-125). Ont déjà reçu 46 échantillons pour analyse de contrôles qualité mais il repassent. 15 ADNs sont pas utilisables. 48+48+96+48 complete par un autre projet. Résultats préliminaires avant fin mars. Pour les premiers, revoir la qualité de chaque SNP. For the remaining ones, need to look at the remaining ones. Can be result of ambiguous fluorescence signal – manual curate the borderline cases or else just attribute them as “unknown”. As everything is probabilistic and haplotypes not individual SNPs are important – can distinguish an aberrant haplotype. Analyze a table of likelihoods.

Fin mars: s’il y a des fortes associations il les verra se distinguer. Peut-on revenir sur les analyses sib-pair en filtrant sur certains SNPs pour generer loci avec les multiples liaisons faibles attendues ? Aller de 50K loci, commencer avec ceux dans HapMap, utiliser SNP représentatif du haplotype de la population « typique » ? Weihua modéliserait multi-locus avec ces données (ou une sous-partie de ceux-la). Patrick prioritize celui-ci comme approche de pondre un papier plus vite, avant d’aller de front avec le transcriptomique/proteomique.

Veux faire concorder les 3 approches – protéomique apparemment problèmes techniques peut-être rien avant la fin de l’été.

Matthias et Stéphane : Cornées de chez Tufts – 30 kératocônes encore à Londres – cornées saines x 15 + 4-5 d’ici (de mélanomes). Qualité des ARNs – technique permettant d’avoir les petits ARNs ? Technique Qiagen. Problème d’extraction pour avoir des miRNA aussi ? Trizol technique gives RIN around 7 only. Cut up frozen cornea on dry ice into small bits got a poor RIN of 5.5-6. François voudrait utiliser les cornées d’ici techniquer les nôtres d’abord. Evoque une étude « transcriptomique » norvégien. Demande une bibliographie de la part de Matthias.

Groupe allemand en 2003 a utilisé 5600-gene Affymetrix HuGeneFL avec seulement 2 cornées. Only 6 articles with keratoconus and another 2003 study 11 versus 8 controles Nielsen K et al de Danmark.

Trépanation de cornee humaine 7 mm donne 5 μg d’ARN, la moitié donnera 2-2.5 μg ARN et passe 5-20 échantillons par semaine sur plateforme.

High myopia – Sylvain à extrait 500 DNAs de Montpellier parmi autres sites! Les contrôles? Les premiers 118 sont prêts – 96 peuvent être envoyés puis pour ajouter aux 30 contrôles François s’engage a trouver les 50 suivants. Consultations pour nos amis non myopes le lundi apres-midi a partir de 14h avec Berengère.

(discussion sur le projet myopie)

Point sur le ChIP-seq

cDNAs de Dawiyat – elle verrait des différences mais attend des résultats du séquençage.

  • Heather 06:30, 27 February 2009 (EST):