User:Alexander S Mikheyev/Notebook/rotifer alien genes/2010/04/01

From OpenWetWare
Jump to: navigation, search
OpenWetWare photo.jpg Alien genes <html><img src="/images/9/94/Report.png" border="0" /></html> Main project page
<html><img src="/images/c/c3/Resultset_previous.png" border="0" /></html>Previous entry<html>      </html>Next entry<html><img src="/images/5/5c/Resultset_next.png" border="0" /></html>

LCO HCO

Amplification of HCO/LCO on cultures


Reaction mixture conc. 1x 19 '
Template Instagene ? 1
TopTaq buffer 10x 1 19
dNTP mix 10 mM each 0.2 3.8
Primer mix 5 uM each 1 19
TopTaq (QIAGEN) 5U/ul 0.05 0.95
Milli Q water 6.75 128.25
10 ul 171 9.0ul / RXN
*Control AV 1ng/ul
PCR cycle
94C 3 min
94C 10 sec
45-68C 3 min
RAMP 0.5C/sec
x35
68C 5 min
AMP Lane Template ' Sample Number
1 Ithaca 1 C6 48
2 Harvard A4 49
3 Ithaca 1 B4 50
4 Ithaca 1 C5 51
5 Baltimore B2 52
6 Baltimore B3 53
7 Baltimore B6 54
8 E. Windsor C3 55
9 Pennsylvania (PA) D6 56
10 Baltimore B5 57
11 Ithaca 1 C2 58
12 Pennsylvania (PA) D5 59
13 Woods Hole 1 B3 A
14 Woods Hole 1 B5 B
15 Woods Hole 1 C4 C
16 Woods Hole 2 A6 D
17 Positive Control AV
18 Negative Control

Load 1.0ul sample 01april10.jpg

Alien Gene LongPCR

Amplification of TEL_L_B

' [CONC] 1X 12 ' ' AMP Lane Template MIX Contents ' Size Fosmid
Water 5.3 63.6 1 AV 134 AV10098 FWD AV10104 FWD AV TEL L B
Takara LA Taq 5U 0.1 1.2 2 AV 135 AV10092 FWD AV10093 RVS AV TEL L B
Takara LA Buffer 10X 1 12 3 AV 136 AV10092 FWD AV10093.2 RVS AV TEL L B
dNTP 2.5uM each 1.6 19.2 4 CCA3 134 AV10098 FWD AV10108.2 RVS AV TEL L B
*Template 1ng 1 12 5 CCA3 135 AV10092 FWD AV10093 RVS AV TEL L B
Primer Mix 5uM each 1 6 CCA3 136 AV10092 FWD AV10093.2 RVS AV TEL L B
10.0ul 108 9.0ul/RXN 7 CCA3 84 AV10092.2 FWD AV10093.2 RVS AV TEL L B
add 1.0 Primer Mix 8 CCA3 85 AV10092.2 FWD AV10094 RVS AV TEL L B
* AV or CCA3
PCR Cycle
94C 1 min
98C 10 sec
65C 15 min
30X

Amplification of TEL_L_A new primers on CCA3

Reaction mixture conc. 1x 5 ' AMP Lane Template Contents
*Template 1ng/ul 1 5 A AV AV10083
TopTaq buffer 10x 1 5 B AV AV10084.2
dNTP mix 10 mM each 0.2 1 C AV AV10085
Primer mix 5 uM each 1 D AV AV10090
TopTaq (QIAGEN) 5U/ul 0.05 0.25 E CCA3 AV10083
Milli Q water 6.75 33.75 F CCA3 AV10084.2
10 ul 45 G CCA3 AV10085
*CCA3 or AV 9.0ul/RXN H CCA3 AV10090
PCR cycle
94C 3 min
98C 10 sec
60C 3 min
x35
72C 5 min


Lanes 1-6 Load 1.0ul sample

Lanes 7,8 & A-H Load 2.0ul sample

01apr10 gel2.jpg

Alien Gene LongPCR 2

Amplification of TEL_L_B

' [CONC] 1X 12 ' ' AMP Lane Template MIX Contents ' Size Fosmid
Water 5.3 63.6 1 AV 123 AV10108 FWD AV10108.2 RVS AV TEL L B
Takara LA Taq 5U 0.1 1.2 2 AV 124 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B
Takara LA Buffer 10X 1 12 3 AV 125 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
dNTP 2.5uM each 1.6 19.2 4 AV 126 TEL_L_B_3 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
*Template 1ng 1 12 5 AV 127 AV10113 FWD TEL_L_B_2 RVS AV TEL L B
Primer Mix 5uM each 1 6 AV 128 AV10113 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B
10.0ul 108 9.0ul/RXN 7 AV 129 AV10113 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
add 1.0 Primer Mix 8 AV 130 TEL_L_B_3 FWD AV10114 RVS AV TEL L B
9 AV 131 AV10114 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
* AV or CCA3 10 AV 132 TEL_L_B_4 FWD AV10114 RVS AV TEL L B
11 AV 133 TEL_L_B_4 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B
PCR Cycle 12 CCA3 123 AV10108 FWD AV10108.2 RVS AV TEL L B
94C 1 min 13 CCA3 124 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B
98C 10 sec 14 CCA3 125 TEL_L_B_2 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
65C 15 min 15 CCA3 126 TEL_L_B_3 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
30X 16 CCA3 127 AV10113 FWD TEL_L_B_2 RVS AV TEL L B
17 CCA3 128 AV10113 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B
18 CCA3 129 AV10113 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
19 CCA3 130 TEL_L_B_3 FWD AV10114 RVS AV TEL L B
20 CCA3 131 AV10114 FWD TEL_L_B_4 RVS AV TEL L B
21 CCA3 132 TEL_L_B_4 FWD AV10114 RVS AV TEL L B
22 CCA3 133 TEL_L_B_4 FWD TEL_L_B_3 RVS AV TEL L B

Load 1.0ul of sample

01apr10 gel1 .jpg

Alien Genes New Primer Screen

Reaction mixture conc. 1x x16.5 ' lane '
Temp ?? 2 1 AV10134
TopTaq Buffer 10x 1 16.5 2 AV10121
dNTP mix 10 mM each 0.2 3.3 3 AV10084
Primer mix (HIS F/R1) 5 uM each 1 16.5 4 AV10045
TopTaq 5 U/ul 0.05 0.825 5 AV10044
Milli Q 5.75 94.875 6 AV10034
10 ul 7 AV10027
8 AV10025
PCR cycle
94C 3 min sample
61 Pennsylvania (PA) B3
98C 10 sec 62 Ithaca 1 C3
60C 3 min
x35
72C 5 min

0058.jpg