IGEM:Chiba/2009/Miutes/2/fe-sensor: Difference between revisions
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03/Aug/2009
- VBL3階会議室
- 13:00-22:00
- 山本・野澤・井山
梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました。
ppt
会議内容
①Fe 検出 ・06ラテンアメリカ、07コロンビアイスラエルのFe promoterは使えるか微妙?
- レギュレーターがPartsにない。
- Part:BBa_I765000
- Part:BBa_J3902
- ラテンアメリカが使っていた論文にもレギュレーターについての詳細な情報なし。
・もし07UCバークレーで鉄を扱ったモノがあるならば、使うべき。
・大腸菌(またはそれ以外の生物)も鉄を感じる 大腸菌から遺伝子もってきたら楽なので、探すべき。
・Fe3+は生物的に使えない。Fe2+を検出する。
・iron response element
②heme oxygenaseをどうやって放出するか。
- 自爆する。
- リゾチウムで出る。Partsでもある。
- 鞭毛から生成。
③Heme分解
・Heme oxygenaseを使った分解では、NADPHが必要。KEGG
- NADPHは大腸菌に添加して一緒に食べればいいのでは?高いけど。
・酸性でも分解するKEGG
- oxygenaseをつかわなくても大丈夫そう。
④結合乗数・錯生成係数・キレート効果
・レギュレーターとHeme(Biliverdin)のどちらが、Fe2+との結合乗数が高いのか調べる。
- (だいたいHemeが10の4~5乗。センサが10の6~9乗らしい。…同じmol数なら勝てる?)
・Biliverdinはほっておくとまたすぐキレート形成しそう。さらに分解できないか。
・どのくらいFe2+がキャプチャーされるのか。夾雑物条件の中でいくらキャッチアップされるのか。
・低pH環境でヘムより強い結合乗数をもつセンサを使えばOK
・生体分析・血液の検査方法
- 実際の条件を調べる:ポリフェリンの平衡をつくってから、分離(遊離)して、pH滴定で計る。
- →むしろデータ探せばありそう。
⑤シリウス
いまのままだとそこまでこだわる必要がない。
低pH環境にさらされる状態(つまり細胞外にでてしまった状態)での利用法を考えるべき。
⑥菌の生存@胃
pH3ではE.coliは結構死ぬ。
ただだからといって、pHを上げると、胃とその他の消化器官との区別が曖昧になる。
他にLG21を真似してみてもいいのでは?
⑦pHセンサ
・既存のpHセンサではなくて、たとえばAHLなどの分子を使ったpHセンサシステムもできる。
・pHセンサで胃とその他を区別する場合、大腸菌の生存のために酸性の緩和を試みることはできない。(矛盾する。)pHせんさじゃなくても、胃とその他を区別することはできないのか?
⑧テーマについて
・point:
- 肉を食べた人のものと結果の区別がつきにくい。
- 現在のテーマだと胃と他の消化器官との区別が重要。
・別の応用例も考える
- フェナントロリンは夾雑物があるとNG
- 土壌とかは?
- pH変化とFeセンサの他の使い道を考えるべき。
山本