User:Lindenb/Notebook/UMR915/20101110

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Cedric's Data: we trying to get the coverage for the exons of interest. Input is a set of GERALD files. Nice input from Biostar:

• http://biostar.stackexchange.com/questions/3491
• http://biostar.stackexchange.com/questions/3492

Anatomy of an 'export' file:

>>1
$1 ? : HWUSI-EAS454
$2 ? : 14
$3 ? : 1
$4 ? : 1
$5 ? : 2390
$6 ? : 1116
$7 ? : 0
$8 ? : 1
$9 ? : GATTACACCAGATGCAACGATGTCAATGTAAAACTCAGGAAANNNNNNNNGGCAAGGAAATATGANNNNNNNNNAG
$10 ? : caccccccc_ccc_[cc[cBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBBB
$11 ? : c18.fa
$12 ? : 
$13 ? : 35086853
$14 ? : F
$15 ? : 42TATAAAAA15TACCTGCAA2
$16 ? : 71
$17 ? : 0
$18 ? : 
$19 ? : 
$20 ? : 0
$21 ? : N
$22 ? : Y
<<1

trying to get the coverage/exon

GERALD=1.GERALD BEDBIN=BEDTools-Version-2.10.1/bin

for I in XXXXXXXXXXXXXXXXXXX
do
	cat ${GERALD}/s_${I}_*_export.txt | egrep 'Y$' |\
		grep -w "cXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX\.fa" |\
		awk -F '	' '{S=int($13); E=S+length($9); if(E < XXXXXXXXXXXXXXXXX || S > XXXXXXXXXXXXXXX ) next; printf("chrXXXXXXXXXXXXXXX\t%d\t%d\n",S-1,E-1); }' > jeter.bed
	${BEDBIN}/coverageBed -d  -a jeter.bed -b ${HOME}/exons.bed > coverage${I}.txt
done

rm jeter.ped