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join the lab - diplomarbeiten/forschungsgruppenpraktika

wie ihr auf den anderen seiten unserer homepage sehen könnt, interessieren wir uns sehr für die ursachen der natürlichen genetischen variation von hormon-responses in arabidopsis. arabidopsis linien aus verschiedenen geographischen habitaten (ökotyp genannt) reagieren unterschiedlich auf exogen applizierte phytohormone. während ökotyp A (z.b. aus mitteleuropa) schon bei geringen konzentrationen von auxin sein wurzel- oder hypokotylwachstum einstellt, reagiert ökotyp B (z.B. aus zentralasien) wesentlich insensitiver. da die versuche unter kontrolliert konstanten, klimatischen bedingungen stattfinden, müssen die unterschiede genetisch begründet sein. und das ist es, woran wir im grunde interessiert sind. wir wollen herausfinden welche gene für diese natürliche variation verantwortlich sind. diese bislang unbekannten faktoren können auf ebene der biosynthese, der signaltransduktion oder des transports des jeweiligen hormons liegen. es ist aber durchaus denkbar, dass diese direkt beteiligten prozesse innerhalb des weltweiten arabidopsis genpools hochkonserviert sind, so dass die genetischen ursachen der natürlichen variation in nachgeschalteten responsegenen oder interagierenden pathways zu suchen sind.
natürliche genetische variation von auxin responses in der wurzel von arabidopsis ökotypen - workflow (click on the pic to enlarge)
natürliche genetische variation von auxin responses in der wurzel von arabidopsis ökotypen - workflow (click on the pic to enlarge)

methodisch beinhaltet das ganze:

  • physiologische hormonassays
  • detaillierte sequenzanalysen
  • identifizierung von genetischen polymorphismen in einer großen anzahl von kandidatengenen durch extentives data mining
  • sogenanntes phenotyping und haplotyping von arabidopsis ökotypen

du bekommst also einen einblick in zahlreiche molekulargenetische methoden sowohl an der wet bench (=selbst im labor) als auch in silico im dry lab (=online data mining).

auf jeden fall ist es eine aufregende fragestellung (wie wir finden ;o) und wir würden uns freuen, wenn du interesse und motivation mitbringst und dir vorstellen kannst, dich einem wichtigen aspekt dieses themas im rahmen deiner diplomarbeit zu widmen.

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