Apr,26,2008 discussion

4月26日讨论
参与：张翼 吕原野 田禾
记录：田禾

1 周舟和黄磊的plasmid应该换一下。周舟的plasmid里面已经有GAL1 promote，黄磊和我只要设法破坏his3 就可以了。 周舟的actin promoter 可能不work，建议换一个plasmid。所以干脆就对调一下。
2 linker一般用alanine。由于DNA是螺旋结构，18个alanine已经比较长，所以linker的长度（6，12，18）是reasonable的。
3 可以认为设计4～5个GAL4 的突变型，然后分别在GAL4的上游和下游引入lexO，让AID去突变。看看不同情况下的效率。
4 要做一个正常的GAL4加lexO作为control。
5黄磊的plasmid可以用western blotting检验是否work，不用转进大肠杆菌那么麻烦。
6 第一阶段可以不加刹车plasmid，直接把GAL4和hAID放到一起，看到蓝斑就直接挑出来sequence。
7 关于modelling: modelling会让我们的工作更完整。但酵母里面没有B cell中的cofactor，而且我们用了融合蛋白，是一个新的体系，所以很难预测突变的速率。model应该在我们有实验数据之后再做。我们应该先看到表型变化，然后sequence，分析碱基变化的情况，然后根据已有的数据来指导我们下一步的实验。
8 我们关注的phenotype而不是genotype，所以我们的目的并不是让GAL4突变回野生型，只要有相同的功能就可以。所以计算时不能简单认为就是一个回复的问题。