User:Victor Tapia: Difference between revisions

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<div style="padding: 10px; color: #ffffff; background-color: #000; width: 600px">
==Contact Information==
[[Image:MolRec-Logo.jpg|600px]]
[[Image:Tapia_bewerbung.jpg|200px|right]]
<div style="padding: 10px; color: #000; background-color: #CEF2E0; width: 500px">
<br>
Víctor  E .  Tapia  Mancilla <br>
Email: ve.tapia.m@gmail.com<br>
<br>
ACTUALLY SEARCHING FOR A NEW POSITION<br>
25.02.2012<br>
[http://openwetware.org/images/6/67/VE_Tapia_2012-05_Mappe-EN.pdf Download CV-EN]
<br><br>
Former institutions:<br>
{{hide|<br>
[[Image:Molrec placeholder.png|167px|right]]
Charité - Universitätsmedizin Berlin<br>
[http://immunologie.charite.de/ Institut für medizinische Immunologie<br>]
AG Molekulare Bibliotheken<br>
Dr. Rudolf Volkmer<br>
Hessische Str. 3-4, 10115 Berlin<br>
<br>
Tel.: +49-30-450 524267<br>
oder +49-30-450 524317<br>
Fax: +49-30-450 524962<br>
E-mail: rve@charite.de
<br>
<br><br>- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - <br><br>
<br>
<br>
[[Image:victor_tapia.jpg|90px|right]]
[[Image:Molrec placeholder.png|167px|right]]
'''Contact Information'''
UMR7156 CNRS-Université de Strasbourg<br>
 
Equipe Cytosquelette d'actine et Trafic intracellulaire<br>
Víctor  E .   Tapia  Mancilla
Département de Biologie moléculaire et cellulaire<br>
Barbara Winsor, PhD<br>
[http://www.endocytosis.org/F-BAR_proteins/JMConference/barbara_winsor.html († 29.09.2011)]<br>
<br><br>- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - <br><br>
<br>
<br>
Molecular Recognition Laboratorium,<br>  
[[Image:Molrec placeholder.png|167px|right]]
[http://immunologie.charite.de/ Institut für medizinische Immunologie<br>]
Humboldt Universität, Berlin<br>
CHARITÉ - UNIVERSITÄTSMEDIZIN BERLIN<br>
Institute for Theoretical Biology<br>
  et<br>
Systems Immunology<br>
Equipe Cytosquelette d'actine et Trafic intracellulaire
Michal Or-Guil<br>
>> Département de Biologie moléculaire et celluilaire
}}
>> UMR7156 CNRS-Université de Strasbourg
>> 21 rue Descartes, 67084 Strasbourg


{{hide|
[[Image:Molrec placeholder.png|167px|right]]
Hessische Str. 3-4
D-10115 Berlin, Germany
phone  +49-30-450 524049
fax    +49-30-450 524942
mail  Victor.tapia(a)charite.de
  web    charite.de
}}
<br>
<br>
[[Special:Emailuser/Victor Tapia|Email me through OpenWetWare]]
<br>
<br>
<html>
<html>
<a href="http://www.mendeley.com/profiles/choklo-loko"><img border="0" src="http://www.mendeley.com/embed/icon/2/red/big" alt="Bibliography manager"/></a>
<a href="http://www.mendeley.com/profiles/ve-tapia"><img border="0" src="http://www.mendeley.com/embed/icon/2/red/small" alt="Bibliography manager"/></a>
</html><br>
</html><br>
last change on 01.04.2010
last change on 28.02.2012<br>
[http://victortapia.brandyourself.com jet another profile]<br>
[http://de.linkedin.com/pub/victor-tapia/29/285/a43 jet another other profile]
</div><br>
</div><br>
<br>
<br>
==Education==
<!--Include info about your educational background-->
<div style="padding: 10px; color: #ffffff; background-color: #000; width: 600px">
* 2009?, PhD, Institute for Medical Immunology, Charité Medical School, Berlin
* 2004, Biology Diploma, Humboldt University, Berlin
</div>


==Research interests==
==Research interests==
<!-- Feel free to add brief descriptions to your research interests as well -->
<!-- Feel free to add brief descriptions to your research interests as well -->
<div style="padding: 10px; color: #ffffff; background-color: #000; width: 600px">
<div style="padding: 10px; color: #000; background-color: #CEF2E0; width: 500px">
* [http://openwetware.org/wiki/Molecular_Recognition_Laboratorium#Structural_Modularity__in_Protein-Protein_Recognition Modularity of Protein Structure and Cellular Signal Transduction].  
* [http://openwetware.org/wiki/Molecular_Recognition_Laboratorium#Structural_Modularity__in_Protein-Protein_Recognition Modularity of Protein Structure and Cellular Signal Transduction].  
* Protein Folding and Neurodegenerative Deseases.
* Protein Folding and Neurodegenerative Deseases.
* Natural Autoimmunology and Diagnostic Assays
* Natural Autoimmunology and Diagnostic Assays
<br><br>
'''Scientific Projects with Principal Responsability''' <br>
2010 <br>
* Complete SH3 Binding Profiles across Bacterial Strains for the Analysis of Protein Interaction Network Evolution. <br>
* BAG3-WW Binding Profile to Elucidate the Protein's Function. <br>
2008 <br>
* PQBP1-WW Binding Profile to Elucidate the Molecular Mechanisms of the IGH-Syndrome. <br>
2007 <br>
* Proteosomal Degradation of Immobilized Peptides.  <br>
2006 <br>
* Quality Control of Production and Application Procedures in the Peptide-Microarray Technique.  <br>
* Characterization of Sequence Elements of A-beta Self Recognition.  <br>
2004 <br>
* Diagnosis of Immunization States with Patterns of Natural Autoimmune Reactivities.  <br>
</div>
</div>
<br><br>
==Leseproben==
[[Image:Pqbp1 arch.png|350px|right]]
<div style="padding: 10px; color: #000; background-color: #CEF2E0; width: 500px">
===GOLABI-ITO-HALL SYNDROM (GIHS)===
Das Gen fürs polyglutamine-tract binding Protein 1 (PQBP1), welches auf dem X-Chromosom lokalisiert ist,  kodiert für ein 38 kDa Zellkernprotein das überwiegend im zentralen Nervensystem exprimiert wird.  In der Literatur wird die Rolle des PQBP1 Proteins in der Entwicklung von auf Polyglutaminexpansion beruhenden Krankheiten wie z. B der spinozerebellären Ataxie Typ 1 beschrieben (Okazawa et al., 2002).  Weiterhin sind Mutationen im PQBP1 Gen in mehreren X-Chromosom gebundenen Retardierungen (XLMR), wie dem Renpenning, Sutherland-Haan, Hamel, Porteous und Golabi-Ito-Hall Syndrom (GIHS), nachgewiesen worden (Ropers and Hamel, 2005).  Dieser XLMR Syndrome assoziieren mit unterschiedlichen Mutationen des PQBP1 Gens, und dennoch teilen sie ähnliche klinische Merkmale.
Die Y65C PQBP1 Mutation, die mit dem GIH Syndrom assoziiert (Lubs et al., 2006), ist einzigartig unter den bisher gemeldeten PQBP1 Mutationen.  Die Läsion beeinflusst nicht die Länge des mutierten Proteins sondern betrifft eine punktuelle Position innerhalb des WW Erkennungsmodules.  Mutationen, die in Erkennungsmodulen oder in ihren zugehörigen Liganden gefunden werden, beeinflussen die involvierten Proteinkomplexe und die damit verbundenen Signalwege und können zu Krankheiten führen.
 
QUELLE: the image to right was made in Inkscape
</div><br>
[[Image:CASA.png|300px|right]]
<div style="padding: 10px; color: #000; background-color: #CEF2E0; width: 500px">
===Chaperon-assistierte selektive Autophagie (CASA)===
CASA ist entscheidend um die Muskelaktivität unter mechanischer Spannung in Fliegen, Mäusen und Menschen (Arndt et al., 2010; Homma et al., 2006; Selcen et al., 2009) zu erhalten (Abbildung 2).  Eine Beeinträchtigung der CASA verursacht schwere Muskeldystrophien und eine dilatierte Kardiomyopathie, und wurde mit der Gliedergürteldystrophie  (Arimura et al., 2011; Homma et al., 2006; Sarparanta et al., 2012) in Verbindung gebracht. 
In Muskelzellen spielt BAG3 eine Schlüsselrolle wo es hoch exprimiert und überwiegend an der Z-Scheibe lokalisiert ist.  Die Z-Scheibe ist ein Proteinkomplex und dient der Aktin-Verankerung in der quer-gestreiften Muskulatur.  Für die Verankerung ist das Z-Scheiben-Protein Filamin wichtig, da es als verbindende Brücke zwischen Aktin und Integrinen in der sakroplasmatischen Membran wirkt.  In der kontrahierenden Muskulatur wird das Filamin mechanisch stark beansprucht und häufig entfaltet und unterliegt dann einem Abbau durch CASA.  Dieser Abbau wird duch BAG3 eingeleitet. 
Nach Kontraktion-induzierter Entfaltung, wird Filamin von einem Chaperon-Komplex anerkannt.  Der Komplex enthält Hsc70 und HspB8 (auch als Hsp22 bekannt), die physikalisch vom CASA-induzierende Ko-Chaperon BAG3 zusammengehalten werden.  Filamin wird aus der Z-Scheibe freigegeben und durch die Hsc70-assoziierte Ubiquitinligase CHIP ubiquitiniert.  Es wird dann von dem autophagischen Ubiquitin Adaptor Protein p62 dem lysosomalen Verdau zugeführt, indem p62 mit Phagophorenmembranen interagiert.  Der autophagische Abbau von Filamin ist eine Voraussetzung für die ordnungsmäßige Funktion von Z-Scheiben in kontrahierender, quergestreifter Muskulatur (Arndt et al., 2010).
QUELLE: Text and image to the right were adapted from the following sources:<br>
*  Ulbricht, A., Eppler, F.J., Tapia, V.E., Van der Ven, P.F.M., Hampe, N., Hersch, N., Vakeel, P., Stadel, D., Haas, A., Saftig, P., Behrends, C., Fürst, D.O., Volkmer, R., Hoffmann, B., Kolanus, W., Höhfeld, J., 2013. Cellular Mechanotransduction Relies on Tension-Induced and Chaperone-Assisted Autophagy. Accepted by Current Biology <br>
*  Rogon & Höhfeld, 2010. Proteostase – Chaperone als Begleiter von der Wiege bis zum Grabe. Biospektrum 4/2010; 413
</div><br>
[[Image:Penelope fig1.png|300px|right]]
<div style="padding: 10px; color: #000; background-color: #CEF2E0; width: 500px">
===INTERAKTIONSNETZWERKE===
Zur Jahrhundertwende wurden einige in vivo/ex vivo Strategien entwickelt, um proteomische Interaktionsnetzwerke zu charakterisieren (Gavin et al., 2002; Ho et al., 2002; Ito et al., 2001; Uetz et al., 2000).  Es zeigte sich jedoch sehr schnell, dass die berichteten Interaktome aus Saccharomyces cerevisiae nur eine mäßige Überlappung zeigen.  Diese Erkenntnis fordert zwingend jegliche Interaktomstudien durch orthogonale Methoden zu validieren (Von Mering et al., 2002). 
Eine alternative in vitro Strategie basiert auf einer Hochdurchsatz-Protein-Präparierung im Arrayformat (Kung et al., 2009; Phizicky et al., 2003; Ptacek et al., 2005; Zhu et al., 2001).  Obwohl inzwischen einige experimentelle Studien publiziert wurden, ist noch nicht klar, welcher Prozentsatz eines eukaryotischen Proteoms in gefalteter Form hergestellt und funktionsfähig auf einen festen Träger immobilisiert werden kann.
Im Gegensatz zur bestehenden Unsicherheit bei Proteinarrays können hochdichte Peptidarrays effizient durch eine Spot Synthese präpariert werden (Frank, 2002; Hilpert et al., 2007; Winkler et al., 2011).  Der Informationsverlust durch Verzicht auf den Proteinkontext wird durch die Tatsache relativiert, dass erkannte kurze lineäre motiven in nativen unstrukturierten Regionen der Proteinarchitektur exponiert werden (Dinkel et al., 2011; Fuxreiter et al., 2007).
Der Vorteil des Peptidarray-Formats erschließt sich  für jene Protein-Protein-Wechselwirkungen, in denen einer der Bindungspartner die Komplexbildung durch Andocken an einen kurzen linearen Sequenzabschnitt seines Partnerproteins auslöst .  In der Tat wird eine beträchtliche Menge von Protein-Protein-Interaktionen durch Familien von Erkennungsdomänen vermittelt (WW, SH3, SH2, PDZ usw.), die kurze lineare Peptide in ihrer Bindungstaschen aufnehmen (Hunter and Pawson, 2012; Pawson and Linding, 2008, 2005; Pawson and Nash, 2000). 
Eine vergleichende Analyse der Evolution von SH3-Netzwerke wurde zusammen mit Kooperationspartnern, wie in 3 skizziert, durchgeführt (Verschueren et al., n.d.).
QUELLE: The image on the right was adapted from
* Tonikian, R., Xin, X., Toret, C.P., Gfeller, D., Landgraf, C., Panni, S., Paoluzi, S., Castagnoli, L., Currell, B., Seshagiri, S., Yu, H., Winsor, B., Vidal, M., Gerstein, M.B., Bader, G.D., Volkmer, R., Cesareni, G., Drubin, D.G., Kim, P.M., Sidhu, S.S., Boone, C., 2009. Bayesian Modeling of the Yeast SH3 Domain Interactome Predicts Spatiotemporal Dynamics of Endocytosis Proteins. PLoS Biol 7, e1000218.
</div><br>
==Education==
<div style="padding: 10px; color: #000; background-color: #CEF2E0; width: 500px">
May 2010 – April 2011 |  <br>
Fellow scientific associate in “Penelope” (EU Marie Curie Research Training Network, MRTN-CT-2006- 0036076) coordinated by Dr. Luis Serrano, Centre for Genomic Regulation, Barcelona
July 2008 – April 2010 | <br>
Fellow scientific associate in “Structure and Function of Membrane Receptors” (Collaborative Research Centre, SFB 449)
coordinated by Prof. Dr. Volker Haucke, Freie Universität, Berlin
Sept. 2003 – June 2004 |  <br>
Diploma thesis in the Systems Immunology Lab
led by Dr. M. Or-Guil at the Institute for theoretical Biology of the Humboldt Universität in collaboration with the Charité Universitätsklinikum, Berlin
Oct. 1998 – June 2004 |  <br>
Study of Biology with a Biochemistry major at the Humboldt Universität, Berlin
May 1996 – Sept. 1998 |  <br>
German as Foreign Language, German Literature and Philosophy, Epistemology, and Sociobiology as guest student at the RWTH, Aachen.
March 1979 – Dec. 1991 |  <br>
School in Viña del Mar, Chile and Philadelphia, PA, USA.
</div>
<br><br>


==Publications==
==Publications==
<div style="padding: 10px; color: #ffffff; background-color: #000; width: 600px">
[[Image:victor_tapia.jpg|200px|right]]
<div style="padding: 10px; color: #000; background-color: #CEF2E0; width: 500px">
*  10 - M Spiess, E Verschueren, VE TAPIA, PM Kim, A Norgaard, C Landgraf, R Volkmer, F Hochstenbach, B Distel, B Winsor, L Serrano (2012). “EVOLUTION OF THE SH3 DOMAIN INTERACTOME ACROSS YEAST SPECIES”
*:''[Manuscript in preparation].''
*  9 - Anna Ulbricht, Felix J. Eppler, VE TAPIA, Peter F.M. van der Ven, Padmanabhan Vakeel,  Daniela Stadel, Albert Haas, Bernd Hoffmann, Paul Saftig, Christian Behrends, Dieter O. Fürst, Rudolf Volkmer, Waldemar Kolanus & Jörg Höhfeld. (2012) “CELLULAR MECHANOTRANSDUCTION RELIES ON TENSION-INDUCED AND CHAPERONE-ASSISTED AUTOPHAGY“
*:''[Manuscript submitted on June 29 2012]''
*  8 - Volkmer, R & V Tapia. (2011) “EXPLORING PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS WITH SYNTHETIC PEPTIDE ARRAYS”. Mini-Reviews in Organic Chemistry 8(2): 164.
*:''[http://www.ingentaconnect.com/content/ben/mroc/2011/00000008/00000002/art00009 View Abstract from MROC]''
*  7 - Volkmer, R, I Kretzschmar & VE TAPIA. (2011) “Mapping receptor-ligand in-teractions with synthetic peptide arrays: Exploring the structure and function of membrane receptors”. European Journal of Cell Biology 91(4): 349.
*:''[http://dx.doi.org/10.1016/j.ejcb.2011.03.004 View Abstract from EJCB]''
*  6 - Tapia VE, Nicolaescu E, McDonald CB, Musi V, Oka T, Inayoshi Y, Satteson AC, Mazack V, Humbert J, Gaffney CJ, Beullens M, Schwartz CE, Landgraf C, Volkmer R, Pastore A, Farooq A, Bollen M, Sudol M. (2010) "Y65C MISSENSE MUTATION IN THE WW DOMAIN OF THE GOLABI-ITO-HALL SYNDROME PROTEIN PQBP1 AFFECTS ITS BINDING ACTIVITY AND DEREGULATES PRE-mRNA SPLICING." J Biol Chem.;285(25):19391-401. Epub 2010 Apr 21.
*:''This work explores the effect of a point mutation leading to X-LMR at the reductionist level of domain-peptide interactions, inferes potential affected functions, and tests inferences on pre-mRNA splicing.
*:''[http://www.jbc.org/content/285/25/19391.full.pdf+html/ Download from JBC]''
 
*  5 - Mahrenholz CC, Tapia V, Stigler RD, Volkmer R. (2010) "A STUDY TO ASSESS THE CROSS-REACTIVITY OF CELLULOSE MEMBRANE-BOUND PEPTIDES WITH DETECTION SYSTEMS: AN ANALYSIS AT THE AMINO ACID LEVEL." J Pept Sci.;16(6):297-302.
*:''ever wanted to see if your favorite detection system reacts with cellulose-bound peptides?  Well, chances are given that it is one of the three covered here: TAMRA-dye, luminol turn-over, and FITC''
*  4 - Tapia VE & Volkmer R (2009) "EXPLORING AND PROFILING PROTEIN FUNCTION WITH PEPTIDE ARRAYS" in: Methods in Molecular Biology, Vol 570 (Eds. M Cretich & M Chiari). Humana Press. - ISBN: 978-1-60327-393-0.  
*  4 - Tapia VE & Volkmer R (2009) "EXPLORING AND PROFILING PROTEIN FUNCTION WITH PEPTIDE ARRAYS" in: Methods in Molecular Biology, Vol 570 (Eds. M Cretich & M Chiari). Humana Press. - ISBN: 978-1-60327-393-0.  
*:''This work reviews the peptide array technology focusing on technological advancements, oriented immobilization of peptide probes, and some interesting applications. Going along the philosophy of the monography series, we give some general recomendations on methods and instruments. See the following newsletter comments by Tony Fong: Q&A: Raising the Profile of Peptide Arrays for Studying Protein Function, ProteoMonitor, August 13, 2009''
*:''This work reviews the peptide array technology focusing on technological advancements, oriented immobilization of peptide probes, and some interesting applications. Going along the philosophy of the monography series, we give some general recomendations on methods and instruments. See the following newsletter comments by Tony Fong: Q&A: Raising the Profile of Peptide Arrays for Studying Protein Function, ProteoMonitor, August 13, 2009.''
*:''[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19649587/ View abstract at PubMed]''
*:''[http://www.genomeweb.com/proteomics/qa-raising-profile-peptide-arrays-studying-protein-function Read the newsletter by Tony Fong]''
*  3 - Tapia VE, Ay B, Triebus J, Wolter E, Boisguerin P, Volkmer R. EVALUATING THE COUPLING EFFICIENCY OF PHOSPHORYLATED AMINO ACIDS FOR SPOT SYNTHESIS. J Pept Sci. 2008 Dez ;14(12):1309-1314. - PMID: 18816512.
*  3 - Tapia VE, Ay B, Triebus J, Wolter E, Boisguerin P, Volkmer R. EVALUATING THE COUPLING EFFICIENCY OF PHOSPHORYLATED AMINO ACIDS FOR SPOT SYNTHESIS. J Pept Sci. 2008 Dez ;14(12):1309-1314. - PMID: 18816512.
*:''This work was carried out to adapt "building block" approaches for the generation of phosphopeptides through resine-supported solid-phase peptide synthesis to the spot-technology, which relies on cellulose as support. It compares different coupling strategies for the incorporation of protected phoshoaminoacids into determined positions of synthetic peptides. We find that the use of EEDQ (caution, neurotoxic!) as coupling activator is the most efficient strategy in our comparison.''
*:''This work was carried out to adapt "building block" approaches for the generation of phosphopeptides through resine-supported solid-phase peptide synthesis to the spot-technology, which relies on cellulose as support. It compares different coupling strategies for the incorporation of protected phoshoaminoacids into determined positions of synthetic peptides. We find that the use of EEDQ as coupling activator is the most efficient strategy in our comparison.''
*:''[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18816512 view abstract at PubMed]''
*  2 - Tapia VE, Bongartz J, Schutkowski M, Bruni N, Weiser A, Ay B, Volkmer R, Or-Guil M. AFFINITY PROFILING USING THE PEPTIDE MICROARRAY TECHNOLOGY: A CASE STUDY. Anal Biochem. 2007 Apr 1;363(1):108-118. - PMID: 17288979.  
*  2 - Tapia VE, Bongartz J, Schutkowski M, Bruni N, Weiser A, Ay B, Volkmer R, Or-Guil M. AFFINITY PROFILING USING THE PEPTIDE MICROARRAY TECHNOLOGY: A CASE STUDY. Anal Biochem. 2007 Apr 1;363(1):108-118. - PMID: 17288979.  
*:''This work analyses the predictive potential of microarray-based binding assays. Fluorescent SI-measurements were used to fit a mass-action derived model estimating the observed affinity (equil. diss. const.).''
*:''This work analyses the predictive potential of microarray-based binding assays. Fluorescent SI-measurements were used to fit a mass-action derived model estimating the observed affinity (equil. diss. const.).''
*:''[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17288979/ View abstract at PubMed]''
*  1 - Weiser AA, Or-Guil M, Tapia VE, Leichsenring A, Schuchhardt J, Frommel C, Volkmer-Engert R. SPOT SYNTHESIS: RELIABILITY OF ARRAY-BASED MEASUREMENT OF PEPTIDE BINDING AFFINITY. Anal Biochem. 2005 Juli 15;342(2):300-311. - PMID: 15950918.  
*  1 - Weiser AA, Or-Guil M, Tapia VE, Leichsenring A, Schuchhardt J, Frommel C, Volkmer-Engert R. SPOT SYNTHESIS: RELIABILITY OF ARRAY-BASED MEASUREMENT OF PEPTIDE BINDING AFFINITY. Anal Biochem. 2005 Juli 15;342(2):300-311. - PMID: 15950918.  
*:''This work analyses the quantitative potential of measurements derived from peptide macroarray-based immunobinding assays. Chemoluminiscent signal intensity data was confronted with independent "golden stardard" measurements (surface plasmon resonance-based binding assays on a BIAcoreX maschine).''
*:''This work analyses the quantitative potential of measurements derived from peptide macroarray-based immunobinding assays. Chemoluminiscent signal intensity data was confronted with independent "golden stardard" measurements (surface plasmon resonance-based binding assays on a BIAcoreX maschine).''
</div><br>
</div><br>


==Presentations==
 
<div style="padding: 10px; color: #ffffff; background-color: #000; width: 600px">
 
*  6 - V.E. Tapia &  R. Volkmer; Steady State Analysis of Peptide Array-based Binding Assays: A Mathematical Model for Disease Diagnostic and Affinity Profiling of Bimolecular Interactions. 9th German Peptide Symposium, 2009, Göttingen.
*  5 - Mahrenholz CC, Tapia V, Stigler R, Volkmer R; Peptides crossreacting with detection systems – Analysis at the amino acid level. 9th Peptide Symposium (2009).
*  4 - V.E. Tapia, C. Landgraf, A. Pastore, M. Sudol, R. Volkmer; Analysis of a missense mutation in the WW domain of PQBP1. FEBS Workshop 2007, Protein Modules and Networks in Health and Disease, Seefeld, Austria.
*  3 - V.E. Tapia et al; titel; 2008 Brownschweig, Germany
*  2 - V.E. Tapia et al; titel; 2007 Frankfurt, Germany
*  1 - V.E. Tapia & M. Or-Guil; Reading Natural Autoimmune Responses with Random Peptide Arrays; Workshop "Strukturbildung in Chemie und Biophysik", Salzwedel, Germany, October 2004.
</div><br>


==Useful links==
==Useful links==
Line 82: Line 183:
*[http://immunologie.charite.de/arbeitsgruppen/ag-volkmer AG-Volkmer official site]
*[http://immunologie.charite.de/arbeitsgruppen/ag-volkmer AG-Volkmer official site]
*[http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Special_page wiki editing]
*[http://meta.wikimedia.org/wiki/Help:Special_page wiki editing]
</div>
== Who's visiting ==
<div style="padding: 10px; color: #ffffff; background-color: #000; width: 600px">
start on 18 Mar 2010
<html>
<a href="http://www2.clustrmaps.com/counter/maps.php?url=http://openwetware.org/wiki/User:Victor_Tapia" id="clustrMapsLink"><img src="http://www2.clustrmaps.com/counter/index2.php?url=http://openwetware.org/wiki/User:Victor_Tapia" style="border:0px;" alt="Locations of visitors to this page" title="Locations of visitors to this page" id="clustrMapsImg" onerror="this.onerror=null; this.src='http://clustrmaps.com/images/clustrmaps-back-soon.jpg'; document.getElementById('clustrMapsLink').href='http://clustrmaps.com';" />
</a>
</html>
</div>
==Science in the city==
<div style="padding: 10px; color: #ffffff; background-color: #000; width: 600px">
''This is a short series of high content essays about the every day life''<br>
''of scientists in berlin. If you really have the time, or your boss is'' <br>
''not around at the moment, then read ahead and enjoy.''<br>
<br>
ATTENTION: technical problems (work) are keeping me away from my mission
but i will return tu fun as soon as possible.
<br>
<br>
'''DAY 1''' - ANALYTE CAPTURING {{hide |
[[Image:Provider-rebel-army.png|400px|center]]
<br>
<ol>
<ol>
<ol>
was just returning from an international symposium and, naturally, the
first thing i did once in berlin was to go to the lab and get some very
interesting things done. It was not necesary to do it right away, but my
sense of responsability was taking over me. At the moment, i did not
know that this desition was about to change my whole carreer. <br>
<br>
But i only made it to the stairs because a bunch of ''squared-headed *'' guys
intercepted me on the way. They were all very disappointed about the
attitude of scientists, saying: "these people are always thinking about
cheap prices and bonus". <br>
<br>
As it happened: they all belonged to the provider-rebel-army and wanted
me to go with them on a special mision. I thought they were quite funny,
so i complied. Since then, they have been treating me very nicely. And i
have total freedom of speech, as you can see. They took this nice
fotograph in the case anybody would be missing me. To call their attention,
they said.<br>
<br>
<ol>
_*_squared-headed_*_ adopted from the spanish "cabeza cuadrada". You would apply this to describe someone who is dyed-in-the-wool or in someway mulish or stubborn. Please do not confuse with its in US narrowly extended use  to pejoratively refere to germans. Although there may be cabezas cuadradas in between, I just love the most of you!
</ol>
<br>
</ol>
</ol>
</ol>
'''DE >>''' ''war gerade wieder von einem internationalen Symposium zurück und, natürlich, das erste, was ich einmal in Berlin gemacht habe, war ins Labor zu gehen um einige sehr interessante Dinge zu erledigen. Es war nicht notwendig, es so unmittelbar zu tun, aber mein Gefühl der Verantwortung war stärker als ich. In diesem Moment wusste ich nicht, dass diese Entscheidung dabei war, meine ganze Karriere zu lenken.<br>
<br>
''Aber ich habe es nur bis zur Treppe geschafft, da eine Reihe von Viereck-köpfigen Jungs mich auf den Weg fing. Sie waren alle sehr enttäuscht über die Haltung der Wissenschaftler. Sie sagten: "Diese Menschen denken immer nur über günstigen Preisen und Bonus".<br>
<br>
''So wie es geschah: sie alle gehörten zu den Provider-Rebellen-Armee und wollten, dass ich mit ihnen auf eine besondere Mission gehe. Ich dachte, sie wären ganz lustig und war also einverstanden. Seit dann behandeln sie mich sehr gut. Und ich habe die totale Rede-Freiheit, wie man sehen kann. Sie haben dieses schöne Fotograph aufgenommen, falls irgendjemand mich vermissen sollte. Um ihre Aufmerksamkeit zu locken, sagten sie.'' <<
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'''DAY 2''' - INTO THE SKY OF BERLIN {{hide |
[[Image:Science in the city 2-02.png|400px|center]]
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The results of this week are astonishing. Firstly, I have found that not every squared-headed is really what I supposed to. I can report of 20 little guys, which like to stick covalently together, and a bottle of acetonitrile. I am sure that they are not squared-like at all. My new friends also complained about the way they have been treated: forced to remain on a fixed table for matters of order, to be bathed in acids and toxic solvents. Acetonitrile said that this was true. Indeed, she herself was forced on repeated times to deprive them from water. Every time acetonitrile came, they had to rapidly elute from there. What followed after this was a plethora of tortures.<br>
<br>
It is difficult to tell you about all I’ve seen, I won’t. It would not be fair to upset you in such a way with the sorrow. Instead I can tell you that we have organized ourselves and we are not going to take it anymore. We have broken out on Friday with the fabulous help of the nice Katja. She happily agreed to help us but resisted to come along. Katja didn’t know how her cell cultures would survive the whole struggle which was waiting in the city for all which dare to runaway.  From the beginning we were quite aware about the risks, but were determined to be free. She gave us farewell and a smile as she threw us into the sky of Berlin.<br>
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'''DE >> ''' ''Die Ergebnisse dieser Woche sind erstaunlich. Erstens, ich habe festgestellt, dass nicht jeder Viereck-Köpfige wirklich das ist, was ich bis jetzt angenommen habe. Ich kann von 20 kleinen Jungs berichten, die gerne kovalent zusammenhängen, und von eine Acetonitril Flasche. Ich bin‘s mir sicher, dass sie überhaupt nicht Viereck-artig sind. Meine neuen Freunde beschweren sich auch über die Art, wie sie behandelt worden sind: gezwungen starr auf irgendwelche Tabellen zu posieren, gebadet in Säuren und giftige Lösungsmittel, usw. Acetonitril, sagte, dies sei wahr. Tatsächlich, sie selbst war wiederholt gezwungen, ihnen das Wasser zu entziehen. Jedes Mal, dass Acetonitril kam, mussten sie schnell von dannen eluieren. Was dann folgte, war eine Vielzahl von Folterungen. <br>
<br>
''Es ist schwer darüber, was ich gesehen habe, zu erzählen. Und ich werde es nicht tun. Es wäre nicht fair, Euch in einer solchen Art und Weise mit der Trauer zu verstimmen. Stattdessen kann ich Euch sagen, dass wir uns selbst organisiert haben, und wir sind nicht mehr zu nehmen. Wir sind am Freitag ausgebrochen, mit der fantastischen Unterstützung der schönen Katja. Sie war bereit uns zu helfen, aber wiederstand unsere bitte mit uns zu kommen. Katja wusste nicht, wie ihre Zellkulturen den gesamten Kampf überleben würden, die in der Stadt auf alle wartete, die es wagen, zu fliehen. Von Anfang an waren wir sehr wohl über die Risiken bewusst, aber auch stärker bestimmt, frei zu sein. Sie gab uns Abschied und ein Lächeln, als sie uns in den Himmel von Berlin warf.'' <<
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'''DAY 3''' - MATTERS OF AFFINITY {{hide |
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Falling back to Berlin was a very regarding experience. Along the way, the
amino acids, acetonitrile and I have had a lot of time. And we are
getting to know each other. You would probably say that they are of very
simple nature. Just because of the under-microscope dimensions? Well, I
will try to explain you how wrong this rapid assumption is. <br>
<br>
I firstly became buddies with acetonitrile. She looks and feels like a princess,
and because of the actual narrow pass in her production leading to a
devoted appreciation in the market, she is really sexy. It is
extremely difficult to explain how this idea got into my head. But at
the first moment our eyes crossed, I had the feeling that there was
something inside the bottle. So I asked her diverse questions of the
small-talk league, just to scrabble around the essence of her being. And
I shouldn’t have done this. Not in my condition of a busy scientist
earning his degrees. Since then, from the very moment I thought she
opened her lid, all theories, hypothesis and axioms are gone from my
head. So much place might just be about enough to hold the clear beauty
inside acetonitrile. <br>
<br>
I was determined to break all social barriers that were
impeding me to fall in love with her. But disadvantageously, during this
short period, which passed as we were still on free-fall, something
peculiar and notoriously odd about the behaviour of the amino acids drew
our attention from ourselves and focused it on them. Our
minds were excited by the unexpected facts revealed to us. But this
explanation about the real complex nature of the amino acids would blow
the frame of this report... for the moment.
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Revision as of 01:55, 20 March 2014

Contact Information


Víctor E . Tapia Mancilla
Email: ve.tapia.m@gmail.com

ACTUALLY SEARCHING FOR A NEW POSITION
25.02.2012
Download CV-EN

Former institutions:


Charité - Universitätsmedizin Berlin
Institut für medizinische Immunologie
 AG Molekulare Bibliotheken
Dr. Rudolf Volkmer
Hessische Str. 3-4, 10115 Berlin

Tel.: +49-30-450 524267
oder +49-30-450 524317
Fax: +49-30-450 524962
E-mail: rve@charite.de


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UMR7156 CNRS-Université de Strasbourg
Equipe Cytosquelette d'actine et Trafic intracellulaire
Département de Biologie moléculaire et cellulaire
Barbara Winsor, PhD
(† 29.09.2011)


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Humboldt Universität, Berlin
Institute for Theoretical Biology
Systems Immunology
Michal Or-Guil



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last change on 28.02.2012
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Research interests



Scientific Projects with Principal Responsability
2010

  • Complete SH3 Binding Profiles across Bacterial Strains for the Analysis of Protein Interaction Network Evolution.
  • BAG3-WW Binding Profile to Elucidate the Protein's Function.

2008

  • PQBP1-WW Binding Profile to Elucidate the Molecular Mechanisms of the IGH-Syndrome.

2007

  • Proteosomal Degradation of Immobilized Peptides.

2006

  • Quality Control of Production and Application Procedures in the Peptide-Microarray Technique.
  • Characterization of Sequence Elements of A-beta Self Recognition.

2004

  • Diagnosis of Immunization States with Patterns of Natural Autoimmune Reactivities.



Leseproben

GOLABI-ITO-HALL SYNDROM (GIHS)

Das Gen fürs polyglutamine-tract binding Protein 1 (PQBP1), welches auf dem X-Chromosom lokalisiert ist, kodiert für ein 38 kDa Zellkernprotein das überwiegend im zentralen Nervensystem exprimiert wird. In der Literatur wird die Rolle des PQBP1 Proteins in der Entwicklung von auf Polyglutaminexpansion beruhenden Krankheiten wie z. B der spinozerebellären Ataxie Typ 1 beschrieben (Okazawa et al., 2002). Weiterhin sind Mutationen im PQBP1 Gen in mehreren X-Chromosom gebundenen Retardierungen (XLMR), wie dem Renpenning, Sutherland-Haan, Hamel, Porteous und Golabi-Ito-Hall Syndrom (GIHS), nachgewiesen worden (Ropers and Hamel, 2005). Dieser XLMR Syndrome assoziieren mit unterschiedlichen Mutationen des PQBP1 Gens, und dennoch teilen sie ähnliche klinische Merkmale. Die Y65C PQBP1 Mutation, die mit dem GIH Syndrom assoziiert (Lubs et al., 2006), ist einzigartig unter den bisher gemeldeten PQBP1 Mutationen. Die Läsion beeinflusst nicht die Länge des mutierten Proteins sondern betrifft eine punktuelle Position innerhalb des WW Erkennungsmodules. Mutationen, die in Erkennungsmodulen oder in ihren zugehörigen Liganden gefunden werden, beeinflussen die involvierten Proteinkomplexe und die damit verbundenen Signalwege und können zu Krankheiten führen.

QUELLE: the image to right was made in Inkscape


Chaperon-assistierte selektive Autophagie (CASA)

CASA ist entscheidend um die Muskelaktivität unter mechanischer Spannung in Fliegen, Mäusen und Menschen (Arndt et al., 2010; Homma et al., 2006; Selcen et al., 2009) zu erhalten (Abbildung 2). Eine Beeinträchtigung der CASA verursacht schwere Muskeldystrophien und eine dilatierte Kardiomyopathie, und wurde mit der Gliedergürteldystrophie (Arimura et al., 2011; Homma et al., 2006; Sarparanta et al., 2012) in Verbindung gebracht. In Muskelzellen spielt BAG3 eine Schlüsselrolle wo es hoch exprimiert und überwiegend an der Z-Scheibe lokalisiert ist. Die Z-Scheibe ist ein Proteinkomplex und dient der Aktin-Verankerung in der quer-gestreiften Muskulatur. Für die Verankerung ist das Z-Scheiben-Protein Filamin wichtig, da es als verbindende Brücke zwischen Aktin und Integrinen in der sakroplasmatischen Membran wirkt. In der kontrahierenden Muskulatur wird das Filamin mechanisch stark beansprucht und häufig entfaltet und unterliegt dann einem Abbau durch CASA. Dieser Abbau wird duch BAG3 eingeleitet. Nach Kontraktion-induzierter Entfaltung, wird Filamin von einem Chaperon-Komplex anerkannt. Der Komplex enthält Hsc70 und HspB8 (auch als Hsp22 bekannt), die physikalisch vom CASA-induzierende Ko-Chaperon BAG3 zusammengehalten werden. Filamin wird aus der Z-Scheibe freigegeben und durch die Hsc70-assoziierte Ubiquitinligase CHIP ubiquitiniert. Es wird dann von dem autophagischen Ubiquitin Adaptor Protein p62 dem lysosomalen Verdau zugeführt, indem p62 mit Phagophorenmembranen interagiert. Der autophagische Abbau von Filamin ist eine Voraussetzung für die ordnungsmäßige Funktion von Z-Scheiben in kontrahierender, quergestreifter Muskulatur (Arndt et al., 2010).

QUELLE: Text and image to the right were adapted from the following sources:

  • Ulbricht, A., Eppler, F.J., Tapia, V.E., Van der Ven, P.F.M., Hampe, N., Hersch, N., Vakeel, P., Stadel, D., Haas, A., Saftig, P., Behrends, C., Fürst, D.O., Volkmer, R., Hoffmann, B., Kolanus, W., Höhfeld, J., 2013. Cellular Mechanotransduction Relies on Tension-Induced and Chaperone-Assisted Autophagy. Accepted by Current Biology
  • Rogon & Höhfeld, 2010. Proteostase – Chaperone als Begleiter von der Wiege bis zum Grabe. Biospektrum 4/2010; 413


INTERAKTIONSNETZWERKE

Zur Jahrhundertwende wurden einige in vivo/ex vivo Strategien entwickelt, um proteomische Interaktionsnetzwerke zu charakterisieren (Gavin et al., 2002; Ho et al., 2002; Ito et al., 2001; Uetz et al., 2000). Es zeigte sich jedoch sehr schnell, dass die berichteten Interaktome aus Saccharomyces cerevisiae nur eine mäßige Überlappung zeigen. Diese Erkenntnis fordert zwingend jegliche Interaktomstudien durch orthogonale Methoden zu validieren (Von Mering et al., 2002). Eine alternative in vitro Strategie basiert auf einer Hochdurchsatz-Protein-Präparierung im Arrayformat (Kung et al., 2009; Phizicky et al., 2003; Ptacek et al., 2005; Zhu et al., 2001). Obwohl inzwischen einige experimentelle Studien publiziert wurden, ist noch nicht klar, welcher Prozentsatz eines eukaryotischen Proteoms in gefalteter Form hergestellt und funktionsfähig auf einen festen Träger immobilisiert werden kann. Im Gegensatz zur bestehenden Unsicherheit bei Proteinarrays können hochdichte Peptidarrays effizient durch eine Spot Synthese präpariert werden (Frank, 2002; Hilpert et al., 2007; Winkler et al., 2011). Der Informationsverlust durch Verzicht auf den Proteinkontext wird durch die Tatsache relativiert, dass erkannte kurze lineäre motiven in nativen unstrukturierten Regionen der Proteinarchitektur exponiert werden (Dinkel et al., 2011; Fuxreiter et al., 2007). Der Vorteil des Peptidarray-Formats erschließt sich für jene Protein-Protein-Wechselwirkungen, in denen einer der Bindungspartner die Komplexbildung durch Andocken an einen kurzen linearen Sequenzabschnitt seines Partnerproteins auslöst . In der Tat wird eine beträchtliche Menge von Protein-Protein-Interaktionen durch Familien von Erkennungsdomänen vermittelt (WW, SH3, SH2, PDZ usw.), die kurze lineare Peptide in ihrer Bindungstaschen aufnehmen (Hunter and Pawson, 2012; Pawson and Linding, 2008, 2005; Pawson and Nash, 2000). Eine vergleichende Analyse der Evolution von SH3-Netzwerke wurde zusammen mit Kooperationspartnern, wie in 3 skizziert, durchgeführt (Verschueren et al., n.d.).

QUELLE: The image on the right was adapted from

  • Tonikian, R., Xin, X., Toret, C.P., Gfeller, D., Landgraf, C., Panni, S., Paoluzi, S., Castagnoli, L., Currell, B., Seshagiri, S., Yu, H., Winsor, B., Vidal, M., Gerstein, M.B., Bader, G.D., Volkmer, R., Cesareni, G., Drubin, D.G., Kim, P.M., Sidhu, S.S., Boone, C., 2009. Bayesian Modeling of the Yeast SH3 Domain Interactome Predicts Spatiotemporal Dynamics of Endocytosis Proteins. PLoS Biol 7, e1000218.


Education

May 2010 – April 2011 |
Fellow scientific associate in “Penelope” (EU Marie Curie Research Training Network, MRTN-CT-2006- 0036076) coordinated by Dr. Luis Serrano, Centre for Genomic Regulation, Barcelona


July 2008 – April 2010 |
Fellow scientific associate in “Structure and Function of Membrane Receptors” (Collaborative Research Centre, SFB 449) coordinated by Prof. Dr. Volker Haucke, Freie Universität, Berlin


Sept. 2003 – June 2004 |
Diploma thesis in the Systems Immunology Lab led by Dr. M. Or-Guil at the Institute for theoretical Biology of the Humboldt Universität in collaboration with the Charité Universitätsklinikum, Berlin


Oct. 1998 – June 2004 |
Study of Biology with a Biochemistry major at the Humboldt Universität, Berlin


May 1996 – Sept. 1998 |
German as Foreign Language, German Literature and Philosophy, Epistemology, and Sociobiology as guest student at the RWTH, Aachen.


March 1979 – Dec. 1991 |
School in Viña del Mar, Chile and Philadelphia, PA, USA.



Publications

  • 10 - M Spiess, E Verschueren, VE TAPIA, PM Kim, A Norgaard, C Landgraf, R Volkmer, F Hochstenbach, B Distel, B Winsor, L Serrano (2012). “EVOLUTION OF THE SH3 DOMAIN INTERACTOME ACROSS YEAST SPECIES”
    [Manuscript in preparation].
  • 9 - Anna Ulbricht, Felix J. Eppler, VE TAPIA, Peter F.M. van der Ven, Padmanabhan Vakeel, Daniela Stadel, Albert Haas, Bernd Hoffmann, Paul Saftig, Christian Behrends, Dieter O. Fürst, Rudolf Volkmer, Waldemar Kolanus & Jörg Höhfeld. (2012) “CELLULAR MECHANOTRANSDUCTION RELIES ON TENSION-INDUCED AND CHAPERONE-ASSISTED AUTOPHAGY“
    [Manuscript submitted on June 29 2012]
  • 8 - Volkmer, R & V Tapia. (2011) “EXPLORING PROTEIN-PROTEIN INTERACTIONS WITH SYNTHETIC PEPTIDE ARRAYS”. Mini-Reviews in Organic Chemistry 8(2): 164.
    View Abstract from MROC
  • 7 - Volkmer, R, I Kretzschmar & VE TAPIA. (2011) “Mapping receptor-ligand in-teractions with synthetic peptide arrays: Exploring the structure and function of membrane receptors”. European Journal of Cell Biology 91(4): 349.
    View Abstract from EJCB
  • 6 - Tapia VE, Nicolaescu E, McDonald CB, Musi V, Oka T, Inayoshi Y, Satteson AC, Mazack V, Humbert J, Gaffney CJ, Beullens M, Schwartz CE, Landgraf C, Volkmer R, Pastore A, Farooq A, Bollen M, Sudol M. (2010) "Y65C MISSENSE MUTATION IN THE WW DOMAIN OF THE GOLABI-ITO-HALL SYNDROME PROTEIN PQBP1 AFFECTS ITS BINDING ACTIVITY AND DEREGULATES PRE-mRNA SPLICING." J Biol Chem.;285(25):19391-401. Epub 2010 Apr 21.
    This work explores the effect of a point mutation leading to X-LMR at the reductionist level of domain-peptide interactions, inferes potential affected functions, and tests inferences on pre-mRNA splicing.
    Download from JBC
  • 5 - Mahrenholz CC, Tapia V, Stigler RD, Volkmer R. (2010) "A STUDY TO ASSESS THE CROSS-REACTIVITY OF CELLULOSE MEMBRANE-BOUND PEPTIDES WITH DETECTION SYSTEMS: AN ANALYSIS AT THE AMINO ACID LEVEL." J Pept Sci.;16(6):297-302.
    ever wanted to see if your favorite detection system reacts with cellulose-bound peptides? Well, chances are given that it is one of the three covered here: TAMRA-dye, luminol turn-over, and FITC
  • 4 - Tapia VE & Volkmer R (2009) "EXPLORING AND PROFILING PROTEIN FUNCTION WITH PEPTIDE ARRAYS" in: Methods in Molecular Biology, Vol 570 (Eds. M Cretich & M Chiari). Humana Press. - ISBN: 978-1-60327-393-0.
    This work reviews the peptide array technology focusing on technological advancements, oriented immobilization of peptide probes, and some interesting applications. Going along the philosophy of the monography series, we give some general recomendations on methods and instruments. See the following newsletter comments by Tony Fong: Q&A: Raising the Profile of Peptide Arrays for Studying Protein Function, ProteoMonitor, August 13, 2009.
    View abstract at PubMed
    Read the newsletter by Tony Fong
  • 3 - Tapia VE, Ay B, Triebus J, Wolter E, Boisguerin P, Volkmer R. EVALUATING THE COUPLING EFFICIENCY OF PHOSPHORYLATED AMINO ACIDS FOR SPOT SYNTHESIS. J Pept Sci. 2008 Dez ;14(12):1309-1314. - PMID: 18816512.
    This work was carried out to adapt "building block" approaches for the generation of phosphopeptides through resine-supported solid-phase peptide synthesis to the spot-technology, which relies on cellulose as support. It compares different coupling strategies for the incorporation of protected phoshoaminoacids into determined positions of synthetic peptides. We find that the use of EEDQ as coupling activator is the most efficient strategy in our comparison.
    view abstract at PubMed
  • 2 - Tapia VE, Bongartz J, Schutkowski M, Bruni N, Weiser A, Ay B, Volkmer R, Or-Guil M. AFFINITY PROFILING USING THE PEPTIDE MICROARRAY TECHNOLOGY: A CASE STUDY. Anal Biochem. 2007 Apr 1;363(1):108-118. - PMID: 17288979.
    This work analyses the predictive potential of microarray-based binding assays. Fluorescent SI-measurements were used to fit a mass-action derived model estimating the observed affinity (equil. diss. const.).
    View abstract at PubMed
  • 1 - Weiser AA, Or-Guil M, Tapia VE, Leichsenring A, Schuchhardt J, Frommel C, Volkmer-Engert R. SPOT SYNTHESIS: RELIABILITY OF ARRAY-BASED MEASUREMENT OF PEPTIDE BINDING AFFINITY. Anal Biochem. 2005 Juli 15;342(2):300-311. - PMID: 15950918.
    This work analyses the quantitative potential of measurements derived from peptide macroarray-based immunobinding assays. Chemoluminiscent signal intensity data was confronted with independent "golden stardard" measurements (surface plasmon resonance-based binding assays on a BIAcoreX maschine).




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