Quint Lab:diplomarbeiten

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Revision as of 03:22, 23 June 2011

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wie ihr auf den anderen seiten unserer homepage sehen könnt, interessieren wir uns sehr für die ursachen der natürlichen genetischen variation von hormon-responses im pflanzlichen modellorganismus arabidopsis thaliana. arabidopsis linien aus verschiedenen ökologischen/geographischen habitaten (ökotyp genannt) reagieren unterschiedlich auf exogen applizierte phytohormone. während ökotyp Sap-0 (siehe Abb., Tschechei) schon bei geringen konzentrationen von auxin sein wurzel- oder hypokotylwachstum einstellt, reagiert ökotyp Ran (siehe Abb., Frankreich) wesentlich insensitiver. da die versuche unter kontrolliert konstanten, klimatischen bedingungen stattfinden, müssen die unterschiede genetisch begründet sein. und das ist es, woran wir im grunde interessiert sind:

welche gene sind für diese natürliche variation verantwortlich?
natürliche genetische variation von auxin responses in der wurzel von arabidopsis ökotypen - workflow (nach delker et al., 2008) - click on the pic to enlarge
natürliche genetische variation von auxin responses in der wurzel von arabidopsis ökotypen - workflow (nach delker et al., 2008) - click on the pic to enlarge

diese bislang unbekannten faktoren können auf ebene der biosynthese, der signaltransduktion oder des transports des jeweiligen hormons liegen. es ist aber durchaus denkbar, dass diese direkt beteiligten prozesse innerhalb des weltweiten arabidopsis genpools hochkonserviert sind, so dass die genetischen ursachen der natürlichen variation in nachgeschalteten responsegenen oder interagierenden pathways zu suchen sind. methodisch beinhaltet das ganze:

  • physiologische hormonassays
  • detaillierte sequenzanalysen
  • identifizierung von genetischen polymorphismen in einer großen anzahl von kandidatengenen durch extentives data mining
  • sogenanntes phenotyping und haplotyping von arabidopsis ökotypen

du bekommst also einen einblick in zahlreiche molekulargenetische methoden sowohl an der wet bench (=selbst im labor) als auch in silico im dry lab (=online data mining).

auf jeden fall ist es eine aufregende fragestellung (wie wir finden ;o) und wir würden uns freuen, wenn du interesse hast, motivation mitbringst und dir vorstellen kannst, dich einem wichtigen aspekt dieses themas im rahmen deiner diplomarbeit zu widmen.

ein forschungsgruppenpraktikum in unserem labor muss nicht sein, bietet dir aber die möglichkeit uns kennenzulernen und zu checken, ob dir die forschung an unseren themen spass macht.

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