Quint Lab: glossar Ulmasov1999

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Glossar für Ulmasov et al. (1999) Plant J 19:309 composite AuxRE - "zusamengesetzte" oder "gemischte" AuxRE. In vielen Promotoren konnten einzelne Bereiche identifiziert werden, die für die Auxin response notwendig sind (z.B TGTCTC) die aber erst in Verbindung mit anderen AuxREs (z.B. als Palindrome) die volle Auxin Responsivität eines Promotors ermöglichen. cauline leaves - Stängelblätter siliques - Schoten hybridization probes - hier: radioaktiv markierte DNA-Fragmente die Gen-spezifisch für ARF1 bis ARF9 sind naphthalene acetic acid (NAA) - Synthetisches Auxin, das per Diffusion in die Zellen gelangen kann und nicht aktiv transportiert werden muss. Ist auch stabiler als IAA (das ist lichtempfindlich!) gel shift experiment - siehe glossar von letzter Woche FLAG epitope tagged - Als Epitop wird der Teil eines Moleküls bezeichnet an den ein Antikörper bindet. Beim eptiope oder protein tagging kann man ein Protein als translationelle Fusion mit einem solchen Eptitop verbinden (= markieren / "etikettieren") um es anschließend über einen Antikörper gegen den "tag" sichtbar machen zu können (z.B. im Western Blot oder immuncytologisch). FLAG ist ein solches Tag (Aminosäuresequenz: DYKDDDDK)ebenso wie HA, Myc und vielen anderen die standartmäßig im Labor verwendet werden. in vitro transcription/translation - man stellt sich quasi im Reagenzglas ein Protein her. Ausgehend von der cDNA die in einem Expressionsvektor vorliegen muss wird mit Hilfe der T7 RNA Polymerase mRNA der betreffenden cDNA gebildet. Diese wiederum nutzt man als Ausgangsmaterial für die Translation. Dazu wird i.d.R. entweder spezielles Reticulocyten lysat oder Weizenkeimextrakt verwendet, in denen alles vorhanden ist, was man für die Proteinsynthese braucht (Ribosomen, tRNAs....). Bei "ungetagted" Proteinen wird dabei manchmal radioaktiv markiertes Methionin (S35-Met) zur Reaktion gegeben, das dann in das Protein eingebaut wird und es so markiert.