Phys 10. 박효진(Hyo jin Park)

논문공부

6.29(Monday)

Recent progress on DNA based walkers

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166914002055

• 논문 주요내용

1. DNA based synthetic molecular walkers are reminiscent of biological protein motors. They are powered by Hybridization with fuel strands, environment induced conformational transitions, and covalent chemistry of oligonucleotides.
2. The functionalities of state-of-the-art DNA walker systems can thus be analyzed for various applications.
3. This is the paper to review recent progress on DNA walker principles and characterization methods, and evaluate various aspects of their functions for future applications.

• 배운 내용

1. DNA walker에서 toehold 의 유무에 따라 strand가 가지는 운동이 더 크고 작아짐을 알 수 있었다.
2. DNA walker에서 에너지가 안정한 상태로 가기위한 움직임은 Spontaneous reaction에 의해 일어나고 에너지가 더 불안정한곳으로 가기위한 움직임은 연료가닥을 넣어줌으로써 움직인다는 것을 알 수 있었다.

사진출처 : http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166914002055

1.16(T.G.I Friday)

DNA Origami Design of Dolphin-Shaped Structures with Flexible Tails

http://dx.doi.org/10.1021/nn800215j

• 논문의 주요내용

1. It was demonstrated that different designs of the dolphin tail region provided various levels of flexibility in a predictable fashion.
2. They show that the addition of specific attachment sites promotes dimerization between two independently self-assembled dolphin structures, and that these interactions stabilize the flexible tail.
3. this dolphin shape has specific features that made it interesting for a thorough investigation of the flexibility of the narrow tail region.

• 배운내용

1. DNA Origami를 이용하여 유연성이 있는 꼬리부분을 가진 돌고래모양의 구조체를 만들 수 있다.
2. 이 돌고래모양은 유연한 좁은 꼬리부분을 가졌다는것이 특별한 특징으로 철저한 연구동안 돌고래모양에 흥미로운점을 주었던 것이다.
3. 이 유연성은 작은 유연성의 구조체로 구성되는것의 확장으로 나노크기로봇의 팔이나 나노크기의 캔틸래버와 같은 미래에 DNA Origami 디자인으로 개발될 수 있다.
4. Figure 5의 그림에서 1번 고래의 등과 2번고래의 아랫부분은 T-extensions로 그리고 1번고래의 아랫부분과 2번고래의부분의 등부분은 sticky ends로 되어있는데 sticky ends부분에 의해 30분간 37도씨에서 두마리는 이량화될수있다.

<http://pubs.acs.org/appl/literatum/publisher/achs/journals/content/ancac3/2008/ancac3.2008.2.issue-6/nn800215j/production/images/medium/nn-2008-00215j_0006.gif>
사진 출처 : http://dx.doi.org/10.1021/nn800215j

1. 첫번째그림 tail as up(u)
2. 두번째 그림 tail as normal(n)
3. 세번째 그림 tail as down(d)

• 더 알고 싶은 내용

1. Crossover in tail seam에 관한 내용

• 논문의 그림만 따로 파워포인트를 이용해 BOX에 올려놓았습니다.

1.3(Sat)

Complex shapes self-assmbled from single-stranded DNA tiles

http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11075.html#close

• 논문의주요내용

1. Main design feature is a self-assembled rectangle that serves as a molecular canvas, with each of its constituent SST strands─folded into a 3 nm-by-7 nm tile and attached to four neighbouring tiles─acting as a pixel.
2. A desired shape, drawn on the canvas, is then produced by one-pot annealing of all those strands that correspond to pixels covered by the target shape; the remaining strands are excluded.

<http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/carousel/nature11075-f1.2.jpg>
사진출처 : http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11075.html#close

• 배운내용

1. 10.5개의 베이스로 이루어진 하나의 도메인이 총 4개가 연결되어 42개의 베이스를 이루고있다.
2. 외가닥 DNA를 이용하여 "Brick-wall"을 만들어 낼 수 있다.
3. 2차원 외가닥 구조에서 맨 아래와 맨위의 가닥을 이어줌으로써 tube 즉 3차원 구조를 만들어 낼 수 있다.
4. 캔버스를 이용하여 자가조립을 시키고 원하지 않는 부분은 남겨둠으로써 사라지게 만들어서 원하는 2차원 구조를 만들어 낼 수 있다.
5. 이렇게 만들어진 2차원 구조들은 한곳에 섞어놓아도 서로 섞이지 않는다.

• 더 알고싶은 내용

1. 측정기법의 종류와 설명

활동사항

6,29(MON)

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-->연락을 해준다고함.

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