MOLDIAG:Syllabus
Contents
- 1 Conteúdos programático
- 1.1 Introdução ao diagnóstico molecular em medicina
- 1.2 Biossíntese e função de macromoléculas
- 1.3 Engenharia Genética
- 1.4 Amplificação de ácidos nucleicos - PCR
- 1.5 Métodos separativos: cromatografia e electroforese
- 1.6 Fundamentos de fluorescência
- 1.7 Métodos de fluorescência em citogenética
- 1.8 Métodos de fluorescência em citologia analítica
Conteúdos programático
Introdução ao diagnóstico molecular em medicina
- Doenças monogénicas
- Doenças poligénicas
- Biologia forense
- CODIS
- STRs
- Tipagem HLA
- Tipagem Celular por FACS
- Genotipagem por PCR
- Genotipagem por Microarrays
- Farmacogenómica
- Citocromo P450
- Susceptibilidade a doenças infecciosas
- Susceptibilidade genética: SCID
- Resistência genética: HIV
- Doenças infecciosas
- Virologia
- Bacteriologia
- Resistência aos antibióticos
- Epidemiologia molecular
- Filogenética
- Fingerprinting (genotipagem)
Biossíntese e função de macromoléculas
- Estrutura do DNA e RNA
2.1.1. Organização do DNA 2.1.2. RNAs codificantes e não codificantes 2.1.3. RNA de interferência
- Expressão genética e síntese proteica
2.2.1. Transcrição 2.2.2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica 2.2.3. Edição do RNA 2.2.4. Síntese proteica 2.2.5. Modificações pós-translacionais
Engenharia Genética
- Enzimas que modificam ácidos nucleicos
- Sistemas e vectores de clonagem
3.2.1. Plasmídeos 3.2.2. Cosmídeos e fagmídos 3.2.3. YACs, BACs 3.2.3. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
- Sistemas de selecção de recombinantes
3.3.1. Antibióticos 3.3.2. Sistemas auxotróficos 3.3.3. Proteínas fluorescentes
- Sistemas de produção de proteínas recombinantes
- Bibliotecas genómicas (genotecas)
- Hibridação de ácidos nucleicos
3.6.1. Southern blotting 3.6.2. Northern blotting
Amplificação de ácidos nucleicos - PCR
- Amplificações pela polimerase
4.1.1. PCR 4.1.2. RFLP-PCR 4.1.3. RAPD-PCR 4.1.4. Multiplex PCR 4.1.5. PCR Multiplex alelo específico 4.1.6. PCR Longo 4.1.7. PCR Competitivo 4.1.8. PCR colony 4.1.9. Touchdown (gradiente) e Hot Start 4.1.10. PCR Degenerado 4.1.11. PCR In situ 4.1.12. PCR Inverso 4.1.13. RACE 4.1.14. Nested PCR 4.1.15. RT-PCR / RT-PCR 4.1.16. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
- PCR em tempo real
4.2.1. Conceitos 4.2.2. Syber-green 4.2.3. Sondas 4.2.4. Curvas de calibração e quantificação
- Aplicações pela ligase
4.3.1. LCR 4.3.2. MLPA
- Métodos especiais
4.4.1. DNA ramificado (bDNA) 4.4.2. Ribotipagem
Métodos separativos: cromatografia e electroforese
A.Análise de Proteínas
- Electroforese
5.1.1.1. Tipos de matrizes 5.1.1.2. Electroforese nativa (PAGE) 5.1.1.3. Electroforese desnaturante (SDS-PAGE) 5.1.1.4. Focagem isoeléctrica (IEF) 5.1.1.5. Géis 2D
- Cromatografias
5.1.2.1. De camada fina (TLC) 5.1.2.2. Permuta iónica 5.1.2.3. Afinidade / Imunoafinidade 5.1.2.4. HPLC 5.1.2.5. GC B.Ácidos nucleicos
- Electroforese
5.2.1.1. Agarose 5.2.1.2. PFGE: Pulsed field gel electrophoresis 5.2.1.3. Electroforese capilar (EC) 5.2.2. HPLC desnaturante (DHPLC) 5.2.2.1. EC vs DHPLC
Fundamentos de fluorescência
- Espectro electromagnético da luz visível
6.1.1. Amplitude de onda 6.1.2. Comprimento de onda 6.1.3. Frequência
- Fluoróforos
6.2.1. Estado fundamental 6.2.2. Estado excitado
- Diagrama de Jablonski
6.4. Lei de Kasha 6.5. Lei de Planck 6.6. Desvio de Stokes (Stokes shift) 6.7. FRET - Förster resonance energy transfer 6.7.1. Cromóforos e fluoróforos 6.7.2. Quenching 6.7.3. Detecção in vivo da interacção de proteínas 6.7.4. Sondas moleculares
- Microscopia
6.8.1. Fluoróforos usados em microscopia 6.8.2. Photobleaching (decaimento) 6.8.3. Métodos para minimizar o decaimento 6.8.4. Filtros 6.8.5. Espelhos dicróicos 6.8.6. Microscopia de fluorescência 6.8.7. Microscopia confocal
Métodos de fluorescência em citogenética
- Citogenética clássica vs citogenética convencional
7.1.1. Hibridação in situ 7.1.2. Sondas e DNA alvo 7.1.2.1. Desnaturação 7.1.2.2. Renaturação / hibridação
- Preparação da amostra
7.2.1. Tipos de material biológico 7.2.2. Fixação 7.2.3. Pré-tratamento das lâminas
- Tipos de sonda
7.3.1. Sequência repetitiva 7.3.2. Single copy sequences 7.3.3. Chromosome paiting
- Marcação das sondas
7.4.1. Nick translation 7.4.2. Random primed labelling 7.4.3. PCR
- Imunodectecção
7.5.1. Marcação directa vs marcação indirecta 7.5.2. Amplificação de sinal 7.5.3. Método ABC 7.5.4. Método Streptavidina-biotina
- Técnicas especiais de FISH
7.6.1. SKY-FISH 7.6.2. Zoo-FISH 7.6.3. Fiber-FISH 7.6.4. PRINS 7.6.5. CGH 7.6.6. PNA-FISH 7.6.7. DNA microarrays / CGH microarrays 7.6.8. Flow-cytometry FISH
Métodos de fluorescência em citologia analítica
- Imunoquímica
8.1.1. ELISA 8.1.2. Western-blotting
- Citometria de flurorescência
8.2.1. Tipos de citometros 8.2.2. Dinâmica de fluídos 8.2.3. Sondas fluorescentes 8.2.4. Análise multiparamétrica 8.2.5. Case studies
