MOLDIAG:Syllabus

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==Conteúdos programático==
==Conteúdos programático==
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# Fingerprinting (genotipagem)
# Fingerprinting (genotipagem)
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===Biossíntese e função de macromoléculas===
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===Bases Biológicas do Diagnóstico Molecular===
*Estrutura do DNA e RNA
*Estrutura do DNA e RNA
#Organização do DNA   
#Organização do DNA   
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#Modificações pós-translacionais
#Modificações pós-translacionais
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===Engenharia Genética===
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===Ferramentas do Diagnóstico Molecular===
*Enzimas que modificam ácidos nucleicos  
*Enzimas que modificam ácidos nucleicos  
*Sistemas e vectores de clonagem
*Sistemas e vectores de clonagem
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#Northern blotting
#Northern blotting
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===Amplificação de ácidos nucleicos - PCR===
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====Métodos da baseados na Polimerase====
*Amplificações pela polimerase  
*Amplificações pela polimerase  
#RFLP-PCR
#RFLP-PCR
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#Sondas
#Sondas
#Curvas de calibração e quantificação
#Curvas de calibração e quantificação
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====Métodos baseados na Ligase e MLPA====
*Aplicações pela ligase
*Aplicações pela ligase
#LCR
#LCR
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# DNA ramificado (bDNA)
# DNA ramificado (bDNA)
#Ribotipagem
#Ribotipagem
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===Métodos separativos: cromatografia e electroforese===
 
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A.Análise de Proteínas
 
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*Electroforese
 
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#Tipos de matrizes
 
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# Electroforese nativa (PAGE)
 
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# Electroforese desnaturante (SDS-PAGE)
 
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# Focagem isoeléctrica (IEF)
 
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# Géis 2D
 
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*Cromatografias
 
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#De camada fina (TLC)
 
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#Permuta iónica
 
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# Afinidade / Imunoafinidade
 
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#HPLC
 
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# GC
 
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B.Ácidos nucleicos
 
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*Electroforese
 
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# Agarose
 
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#PFGE: Pulsed field gel electrophoresis
 
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# Electroforese capilar (EC)
 
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#HPLC desnaturante (DHPLC)
 
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#EC vs DHPLC
 
===Fundamentos de fluorescência===
===Fundamentos de fluorescência===
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#Hibridação in situ
#Hibridação in situ
#Sondas e DNA alvo
#Sondas e DNA alvo
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#.# Desnaturação
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## Desnaturação
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##Renaturação / hibridação
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## Renaturação / hibridação
*Preparação da amostra
*Preparação da amostra
#Tipos de material biológico
#Tipos de material biológico
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#PNA-FISH
#PNA-FISH
# DNA microarrays / CGH microarrays  
# DNA microarrays / CGH microarrays  
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#Flow-cytometry FISH  
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#Flow-cytometry FISH
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===Diagnóstico citogenético===
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====Citogenética médica clássica====
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====Citogenética de interfase====
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===Genética médica===
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===Diagnóstico molecular hemáto-oncológico===
 +
===Diagnóstico molecular de doenças infecciosas===
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===Diagnóstico pré-natal===
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===Métodos de fluorescência em citologia analítica===
 
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*Imunoquímica
 
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# ELISA
 
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#Western-blotting
 
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*Citometria de fluxo
 
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#Tipos de citometros
 
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#Dinâmica de fluídos
 
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#Sondas fluorescentes
 
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#Análise multiparamétrica
 
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#Case studies
 
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Current revision

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Contents

Conteúdos programático

Introdução ao diagnóstico molecular em medicina

  • Doenças monogénicas
  • Doenças poligénicas
  • Biologia forense
  1. CODIS
  2. STRs
  • Tipagem HLA
  1. Tipagem Celular por FACS
  2. Genotipagem por PCR
  3. Genotipagem por Microarrays
  • Farmacogenómica
  1. Citocromo P450
  • Susceptibilidade a doenças infecciosas
  1. Susceptibilidade genética: SCID
  2. Resistência genética: HIV
  • Doenças infecciosas
  1. Virologia
  2. Bacteriologia
  3. Resistência aos antibióticos
  • Epidemiologia molecular
  1. Filogenética
  2. Fingerprinting (genotipagem)

Bases Biológicas do Diagnóstico Molecular

  • Estrutura do DNA e RNA
  1. Organização do DNA
  2. RNAs codificantes e não codificantes
  3. RNA de interferência
  • Expressão genética e síntese proteica
  1. Transcrição
  2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
  3. Edição do RNA
  4. Síntese proteica
  5. Modificações pós-translacionais

Ferramentas do Diagnóstico Molecular

  • Enzimas que modificam ácidos nucleicos
  • Sistemas e vectores de clonagem
  1. Plasmídeos
  2. Cosmídeos e fagmídos
  3. YACs, BACs
  4. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
  • Sistemas de selecção de recombinantes
  1. Antibióticos
  2. Sistemas auxotróficos
  3. Proteínas fluorescentes
  • Sistemas de produção de proteínas recombinantes
  • Bibliotecas genómicas (genotecas)
  • Hibridação de ácidos nucleicos
  1. Southern blotting
  2. Northern blotting

Métodos da baseados na Polimerase

  • Amplificações pela polimerase
  1. RFLP-PCR
  2. RAPD-PCR
  3. Multiplex PCR
  4. PCR Multiplex alelo específico
  5. PCR Longo
  6. PCR Competitivo
  7. PCR colony
  8. Touchdown (gradiente) e Hot Start
  9. PCR Degenerado
  10. PCR In situ
  11. PCR Inverso
  12. RACE
  13. Nested PCR
  14. RT-PCR / RT-PCR
  15. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
  • PCR em tempo real
  1. Conceitos
  2. Syber-green
  3. Sondas
  4. Curvas de calibração e quantificação

Métodos baseados na Ligase e MLPA

  • Aplicações pela ligase
  1. LCR
  2. MLPA
  • Métodos especiais
  1. DNA ramificado (bDNA)
  2. Ribotipagem

Fundamentos de fluorescência

  • Espectro electromagnético da luz visível
  1. Amplitude de onda
  2. Comprimento de onda
  3. Frequência
  • Fluoróforos
  1. Estado fundamental
  2. Estado excitado
  • Diagrama de Jablonski
  1. Lei de Kasha
  2. Lei de Planck
  3. Desvio de Stokes (Stokes shift)
  4. FRET - Förster resonance energy transfer
  5. Cromóforos e fluoróforos
  6. Quenching
  7. Detecção in vivo da interacção de proteínas
  8. Sondas moleculares
  • Microscopia
  1. Fluoróforos usados em microscopia
  2. Photobleaching (decaimento)
  3. Métodos para minimizar o decaimento
  4. Filtros
  5. Espelhos dicróicos
  6. Microscopia de fluorescência
  7. Microscopia confocal

Métodos de fluorescência em citogenética

  • Citogenética clássica vs citogenética convencional
  1. Hibridação in situ
  2. Sondas e DNA alvo
    1. Desnaturação
    2. Renaturação / hibridação
  • Preparação da amostra
  1. Tipos de material biológico
  2. Fixação
  3. Pré-tratamento das lâminas
  • Tipos de sonda
  1. Sequência repetitiva
  2. Single copy sequences
  3. Chromosome paiting
  • Marcação das sondas
  1. Random primed labelling
  2. PCR
  • Imunodectecção
  1. Marcação directa vs marcação indirecta
  2. Amplificação de sinal
  3. Método ABC
  4. Método Streptavidina-biotina
  • Técnicas especiais de FISH
  1. SKY-FISH
  2. Zoo-FISH
  3. Fiber-FISH
  4. PRINS
  5. CGH
  6. PNA-FISH
  7. DNA microarrays / CGH microarrays
  8. Flow-cytometry FISH

Diagnóstico citogenético

Citogenética médica clássica

Citogenética de interfase

Genética médica

Diagnóstico molecular hemáto-oncológico

Diagnóstico molecular de doenças infecciosas

Diagnóstico pré-natal

Personal tools