MOLDIAG:Syllabus

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(Métodos de fluorescência em citologia analítica)
 
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==Conteúdos programático==
==Conteúdos programático==
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# Fingerprinting (genotipagem)
# Fingerprinting (genotipagem)
-
===Biossíntese e função de macromoléculas===
+
===Bases Biológicas do Diagnóstico Molecular===
*Estrutura do DNA e RNA
*Estrutura do DNA e RNA
-
2.1.1. Organização do DNA   
+
#Organização do DNA   
-
2.1.2. RNAs codificantes e não codificantes
+
# RNAs codificantes e não codificantes
-
2.1.3. RNA de interferência
+
# RNA de interferência
*Expressão genética e síntese proteica
*Expressão genética e síntese proteica
-
2.2.1. Transcrição
+
#Transcrição
-
2.2.2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
+
#Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
-
2.2.3. Edição do RNA
+
#Edição do RNA
-
2.2.4. Síntese proteica
+
#Síntese proteica
-
2.2.5. Modificações pós-translacionais
+
#Modificações pós-translacionais
-
===Engenharia Genética===
+
===Ferramentas do Diagnóstico Molecular===
*Enzimas que modificam ácidos nucleicos  
*Enzimas que modificam ácidos nucleicos  
*Sistemas e vectores de clonagem
*Sistemas e vectores de clonagem
-
3.2.1. Plasmídeos
+
#Plasmídeos
-
3.2.2. Cosmídeos e fagmídos
+
#Cosmídeos e fagmídos
-
3.2.3. YACs, BACs
+
# YACs, BACs
-
3.2.3. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
+
#Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
*Sistemas de selecção de recombinantes
*Sistemas de selecção de recombinantes
-
3.3.1. Antibióticos
+
#Antibióticos
-
3.3.2. Sistemas auxotróficos
+
# Sistemas auxotróficos
-
3.3.3. Proteínas fluorescentes
+
#Proteínas fluorescentes
*Sistemas de produção de proteínas recombinantes
*Sistemas de produção de proteínas recombinantes
*Bibliotecas genómicas (genotecas)
*Bibliotecas genómicas (genotecas)
*Hibridação de ácidos nucleicos
*Hibridação de ácidos nucleicos
-
3.6.1. Southern blotting
+
# Southern blotting
-
3.6.2. Northern blotting
+
#Northern blotting
-
===Amplificação de ácidos nucleicos - PCR===
+
====Métodos da baseados na Polimerase====
*Amplificações pela polimerase  
*Amplificações pela polimerase  
-
4.1.1. PCR
+
#RFLP-PCR
-
4.1.2. RFLP-PCR
+
#RAPD-PCR
-
4.1.3. RAPD-PCR
+
#Multiplex PCR
-
4.1.4. Multiplex PCR
+
# PCR Multiplex alelo específico
-
4.1.5. PCR Multiplex alelo específico
+
#PCR Longo
-
4.1.6. PCR Longo
+
# PCR Competitivo  
-
4.1.7. PCR Competitivo  
+
#PCR colony
-
4.1.8. PCR colony
+
#Touchdown (gradiente) e Hot Start
-
4.1.9. Touchdown (gradiente) e Hot Start
+
# PCR Degenerado
-
4.1.10. PCR Degenerado
+
#PCR In situ
-
4.1.11. PCR In situ
+
# PCR Inverso
-
4.1.12. PCR Inverso
+
# RACE  
-
4.1.13. RACE  
+
#Nested PCR
-
4.1.14. Nested PCR
+
#RT-PCR / RT-PCR  
-
4.1.15. RT-PCR / RT-PCR  
+
# Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
-
4.1.16. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
+
*PCR em tempo real
*PCR em tempo real
-
4.2.1. Conceitos
+
#Conceitos
-
4.2.2. Syber-green
+
#Syber-green
-
4.2.3. Sondas
+
#Sondas
-
4.2.4. Curvas de calibração e quantificação
+
#Curvas de calibração e quantificação
 +
====Métodos baseados na Ligase e MLPA====
*Aplicações pela ligase
*Aplicações pela ligase
-
4.3.1. LCR
+
#LCR
-
4.3.2. MLPA
+
#MLPA
*Métodos especiais
*Métodos especiais
-
4.4.1. DNA ramificado (bDNA)
+
# DNA ramificado (bDNA)
-
4.4.2. Ribotipagem
+
#Ribotipagem
-
 
+
-
===Métodos separativos: cromatografia e electroforese===
+
-
A.Análise de Proteínas
+
-
*Electroforese
+
-
5.1.1.1. Tipos de matrizes
+
-
5.1.1.2. Electroforese nativa (PAGE)
+
-
5.1.1.3. Electroforese desnaturante (SDS-PAGE)
+
-
5.1.1.4. Focagem isoeléctrica (IEF)
+
-
5.1.1.5. Géis 2D
+
-
*Cromatografias
+
-
5.1.2.1. De camada fina (TLC)
+
-
5.1.2.2. Permuta iónica
+
-
5.1.2.3. Afinidade / Imunoafinidade
+
-
5.1.2.4. HPLC
+
-
5.1.2.5. GC
+
-
B.Ácidos nucleicos
+
-
*Electroforese
+
-
5.2.1.1. Agarose
+
-
5.2.1.2. PFGE: Pulsed field gel electrophoresis
+
-
5.2.1.3. Electroforese capilar (EC)
+
-
5.2.2. HPLC desnaturante (DHPLC)
+
-
5.2.2.1. EC vs DHPLC
+
===Fundamentos de fluorescência===
===Fundamentos de fluorescência===
*Espectro electromagnético da luz visível
*Espectro electromagnético da luz visível
-
6.1.1. Amplitude de onda  
+
#Amplitude de onda  
-
6.1.2. Comprimento de onda
+
# Comprimento de onda
-
6.1.3. Frequência
+
# Frequência
*Fluoróforos
*Fluoróforos
-
6.2.1. Estado fundamental
+
#Estado fundamental
-
6.2.2. Estado excitado
+
#Estado excitado
*Diagrama de Jablonski
*Diagrama de Jablonski
-
6.4. Lei de Kasha
+
# Lei de Kasha
-
6.5. Lei de Planck
+
#Lei de Planck
-
6.6. Desvio de Stokes (Stokes shift)
+
#Desvio de Stokes (Stokes shift)
-
6.7. FRET - Förster resonance energy transfer
+
#FRET - Förster resonance energy transfer
-
6.7.1. Cromóforos e fluoróforos
+
#Cromóforos e fluoróforos
-
6.7.2. Quenching
+
#Quenching
-
6.7.3. Detecção in vivo da interacção de proteínas
+
#Detecção in vivo da interacção de proteínas
-
6.7.4. Sondas moleculares
+
#Sondas moleculares
*Microscopia
*Microscopia
-
6.8.1. Fluoróforos usados em microscopia
+
#Fluoróforos usados em microscopia
-
6.8.2. Photobleaching (decaimento)
+
# Photobleaching (decaimento)
-
6.8.3. Métodos para minimizar o decaimento
+
#Métodos para minimizar o decaimento
-
6.8.4. Filtros
+
#Filtros
-
6.8.5. Espelhos dicróicos
+
#Espelhos dicróicos
-
6.8.6. Microscopia de fluorescência
+
#Microscopia de fluorescência
-
6.8.7. Microscopia confocal
+
#Microscopia confocal
===Métodos de fluorescência em citogenética===
===Métodos de fluorescência em citogenética===
*Citogenética clássica vs citogenética convencional  
*Citogenética clássica vs citogenética convencional  
-
7.1.1. Hibridação in situ
+
#Hibridação in situ
-
7.1.2. Sondas e DNA alvo
+
#Sondas e DNA alvo
-
7.1.2.1. Desnaturação
+
## Desnaturação
-
7.1.2.2. Renaturação / hibridação
+
## Renaturação / hibridação
*Preparação da amostra
*Preparação da amostra
-
7.2.1. Tipos de material biológico
+
#Tipos de material biológico
-
7.2.2. Fixação
+
#Fixação
-
7.2.3. Pré-tratamento das lâminas
+
#Pré-tratamento das lâminas
*Tipos de sonda
*Tipos de sonda
-
7.3.1. Sequência repetitiva
+
#Sequência repetitiva
-
7.3.2. Single copy sequences
+
#Single copy sequences
-
7.3.3. Chromosome paiting
+
#Chromosome paiting
*Marcação das sondas
*Marcação das sondas
-
7.4.1. Nick translation
+
#Random primed labelling  
-
7.4.2. Random primed labelling  
+
#PCR
-
7.4.3. PCR
+
*Imunodectecção
*Imunodectecção
-
7.5.1. Marcação directa vs marcação indirecta
+
#Marcação directa vs marcação indirecta
-
7.5.2. Amplificação de sinal
+
#Amplificação de sinal
-
7.5.3. Método ABC
+
#Método ABC
-
7.5.4. Método Streptavidina-biotina
+
#Método Streptavidina-biotina
*Técnicas especiais de FISH
*Técnicas especiais de FISH
-
7.6.1. SKY-FISH
+
#SKY-FISH
-
7.6.2. Zoo-FISH  
+
# Zoo-FISH  
-
7.6.3. Fiber-FISH  
+
# Fiber-FISH  
-
7.6.4. PRINS
+
# PRINS
-
7.6.5. CGH
+
# CGH
-
7.6.6. PNA-FISH
+
#PNA-FISH
-
7.6.7. DNA microarrays / CGH microarrays  
+
# DNA microarrays / CGH microarrays  
-
7.6.8. Flow-cytometry FISH  
+
#Flow-cytometry FISH
 +
 
 +
===Diagnóstico citogenético===
 +
====Citogenética médica clássica====
 +
====Citogenética de interfase====
 +
===Genética médica===
 +
===Diagnóstico molecular hemáto-oncológico===
 +
===Diagnóstico molecular de doenças infecciosas===
 +
===Diagnóstico pré-natal===
-
===Métodos de fluorescência em citologia analítica===
 
-
*Imunoquímica
 
-
8.1.1. ELISA
 
-
8.1.2. Western-blotting
 
-
*Citometria de flurorescência
 
-
8.2.1. Tipos de citometros
 
-
8.2.2. Dinâmica de fluídos
 
-
8.2.3. Sondas fluorescentes
 
-
8.2.4. Análise multiparamétrica
 
-
8.2.5. Case studies
 
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Current revision

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Contents

Conteúdos programático

Introdução ao diagnóstico molecular em medicina

  • Doenças monogénicas
  • Doenças poligénicas
  • Biologia forense
  1. CODIS
  2. STRs
  • Tipagem HLA
  1. Tipagem Celular por FACS
  2. Genotipagem por PCR
  3. Genotipagem por Microarrays
  • Farmacogenómica
  1. Citocromo P450
  • Susceptibilidade a doenças infecciosas
  1. Susceptibilidade genética: SCID
  2. Resistência genética: HIV
  • Doenças infecciosas
  1. Virologia
  2. Bacteriologia
  3. Resistência aos antibióticos
  • Epidemiologia molecular
  1. Filogenética
  2. Fingerprinting (genotipagem)

Bases Biológicas do Diagnóstico Molecular

  • Estrutura do DNA e RNA
  1. Organização do DNA
  2. RNAs codificantes e não codificantes
  3. RNA de interferência
  • Expressão genética e síntese proteica
  1. Transcrição
  2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica
  3. Edição do RNA
  4. Síntese proteica
  5. Modificações pós-translacionais

Ferramentas do Diagnóstico Molecular

  • Enzimas que modificam ácidos nucleicos
  • Sistemas e vectores de clonagem
  1. Plasmídeos
  2. Cosmídeos e fagmídos
  3. YACs, BACs
  4. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
  • Sistemas de selecção de recombinantes
  1. Antibióticos
  2. Sistemas auxotróficos
  3. Proteínas fluorescentes
  • Sistemas de produção de proteínas recombinantes
  • Bibliotecas genómicas (genotecas)
  • Hibridação de ácidos nucleicos
  1. Southern blotting
  2. Northern blotting

Métodos da baseados na Polimerase

  • Amplificações pela polimerase
  1. RFLP-PCR
  2. RAPD-PCR
  3. Multiplex PCR
  4. PCR Multiplex alelo específico
  5. PCR Longo
  6. PCR Competitivo
  7. PCR colony
  8. Touchdown (gradiente) e Hot Start
  9. PCR Degenerado
  10. PCR In situ
  11. PCR Inverso
  12. RACE
  13. Nested PCR
  14. RT-PCR / RT-PCR
  15. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
  • PCR em tempo real
  1. Conceitos
  2. Syber-green
  3. Sondas
  4. Curvas de calibração e quantificação

Métodos baseados na Ligase e MLPA

  • Aplicações pela ligase
  1. LCR
  2. MLPA
  • Métodos especiais
  1. DNA ramificado (bDNA)
  2. Ribotipagem

Fundamentos de fluorescência

  • Espectro electromagnético da luz visível
  1. Amplitude de onda
  2. Comprimento de onda
  3. Frequência
  • Fluoróforos
  1. Estado fundamental
  2. Estado excitado
  • Diagrama de Jablonski
  1. Lei de Kasha
  2. Lei de Planck
  3. Desvio de Stokes (Stokes shift)
  4. FRET - Förster resonance energy transfer
  5. Cromóforos e fluoróforos
  6. Quenching
  7. Detecção in vivo da interacção de proteínas
  8. Sondas moleculares
  • Microscopia
  1. Fluoróforos usados em microscopia
  2. Photobleaching (decaimento)
  3. Métodos para minimizar o decaimento
  4. Filtros
  5. Espelhos dicróicos
  6. Microscopia de fluorescência
  7. Microscopia confocal

Métodos de fluorescência em citogenética

  • Citogenética clássica vs citogenética convencional
  1. Hibridação in situ
  2. Sondas e DNA alvo
    1. Desnaturação
    2. Renaturação / hibridação
  • Preparação da amostra
  1. Tipos de material biológico
  2. Fixação
  3. Pré-tratamento das lâminas
  • Tipos de sonda
  1. Sequência repetitiva
  2. Single copy sequences
  3. Chromosome paiting
  • Marcação das sondas
  1. Random primed labelling
  2. PCR
  • Imunodectecção
  1. Marcação directa vs marcação indirecta
  2. Amplificação de sinal
  3. Método ABC
  4. Método Streptavidina-biotina
  • Técnicas especiais de FISH
  1. SKY-FISH
  2. Zoo-FISH
  3. Fiber-FISH
  4. PRINS
  5. CGH
  6. PNA-FISH
  7. DNA microarrays / CGH microarrays
  8. Flow-cytometry FISH

Diagnóstico citogenético

Citogenética médica clássica

Citogenética de interfase

Genética médica

Diagnóstico molecular hemáto-oncológico

Diagnóstico molecular de doenças infecciosas

Diagnóstico pré-natal

Personal tools