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This is the wiki for the '''Medical Biochemistry''' is part of a module of ''Molecular and Biochemical Diagnosis'' of MSc in [https://sites.google.com/a/eu.ipp.pt/tecnologiabioquimica/ Biochemical Technology] for [http://www.estsp.ipp.pt ESTSP]. The official language for this course and wiki is Portuguese.  
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==Conteúdos programático==
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#Resistência genética: HIV
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# Filogenética
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===Biossíntese e função de macromoléculas===
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2.1.1. Organização do DNA 
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2.1.2. RNAs codificantes e não codificantes
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3.2.3. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação
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*Sistemas de selecção de recombinantes
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3.3.3. Proteínas fluorescentes
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*Sistemas de produção de proteínas recombinantes
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3.6.1. Southern blotting
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===Amplificação de ácidos nucleicos - PCR===
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*Amplificações pela polimerase
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4.1.1. PCR
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4.1.2. RFLP-PCR
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4.1.3. RAPD-PCR
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4.1.4. Multiplex PCR
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4.1.9. Touchdown (gradiente) e Hot Start
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4.1.11. PCR In situ
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4.1.14. Nested PCR
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4.1.15. RT-PCR / RT-PCR
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4.1.16. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)
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*PCR em tempo real
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4.2.1. Conceitos
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4.2.2. Syber-green
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4.2.3. Sondas
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4.2.4. Curvas de calibração e quantificação
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*Aplicações pela ligase
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4.3.1. LCR
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4.4.1. DNA ramificado (bDNA)
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4.4.2. Ribotipagem
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===Métodos separativos: cromatografia e electroforese===
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A.Análise de Proteínas
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*Electroforese
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5.1.1.1. Tipos de matrizes
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5.1.1.2. Electroforese nativa (PAGE)
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5.1.1.3. Electroforese desnaturante (SDS-PAGE)
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5.1.1.4. Focagem isoeléctrica (IEF)
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*Cromatografias
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5.1.2.1. De camada fina (TLC)
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5.1.2.3. Afinidade / Imunoafinidade
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B.Ácidos nucleicos
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*Electroforese
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5.2.1.2. PFGE: Pulsed field gel electrophoresis
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5.2.2.1. EC vs DHPLC
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===Fundamentos de fluorescência===
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*Espectro electromagnético da luz visível
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*Fluoróforos
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6.6. Desvio de Stokes (Stokes shift)
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6.7.1. Cromóforos e fluoróforos
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6.7.2. Quenching
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6.7.3. Detecção in vivo da interacção de proteínas
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6.7.4. Sondas moleculares
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*Microscopia
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6.8.1. Fluoróforos usados em microscopia
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6.8.2. Photobleaching (decaimento)
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6.8.3. Métodos para minimizar o decaimento
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6.8.4. Filtros
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6.8.5. Espelhos dicróicos
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6.8.6. Microscopia de fluorescência
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6.8.7. Microscopia confocal
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===Métodos de fluorescência em citogenética===
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*Citogenética clássica vs citogenética convencional
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7.1.1. Hibridação in situ
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7.1.2. Sondas e DNA alvo
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7.1.2.1. Desnaturação
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7.1.2.2. Renaturação / hibridação
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*Preparação da amostra
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7.2.1. Tipos de material biológico
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7.2.3. Pré-tratamento das lâminas
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7.3.1. Sequência repetitiva
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7.3.2. Single copy sequences
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7.3.3. Chromosome paiting
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7.4.1. Nick translation
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7.4.2. Random primed labelling
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7.4.3. PCR
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*Imunodectecção
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7.5.1. Marcação directa vs marcação indirecta
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7.5.2. Amplificação de sinal
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7.5.3. Método ABC
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7.5.4. Método Streptavidina-biotina
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*Técnicas especiais de FISH
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7.6.1. SKY-FISH
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7.6.2. Zoo-FISH
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7.6.3. Fiber-FISH
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7.6.4. PRINS
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7.6.5. CGH
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7.6.6. PNA-FISH
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7.6.7. DNA microarrays / CGH microarrays
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7.6.8. Flow-cytometry FISH
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===Métodos de fluorescência em citologia analítica===
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*Imunoquímica
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8.1.1. ELISA
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8.1.2. Western-blotting
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*Citometria de flurorescência
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8.2.1. Tipos de citometros
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8.2.2. Dinâmica de fluídos
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8.2.3. Sondas fluorescentes
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8.2.4. Análise multiparamétrica
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8.2.5. Case studies
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Revision as of 16:42, 1 September 2012

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Contents

Conteúdos programático

Introdução ao diagnóstico molecular em medicina

  • Doenças monogénicas
  • Doenças poligénicas
  • Biologia forense
  1. CODIS
  2. STRs
  • Tipagem HLA
  1. Tipagem Celular por FACS
  2. Genotipagem por PCR
  3. Genotipagem por Microarrays
  • Farmacogenómica
  1. Citocromo P450
  • Susceptibilidade a doenças infecciosas
  1. Susceptibilidade genética: SCID
  2. Resistência genética: HIV
  • Doenças infecciosas
  1. Virologia
  2. Bacteriologia
  3. Resistência aos antibióticos
  • Epidemiologia molecular
  1. Filogenética
  2. Fingerprinting (genotipagem)

Biossíntese e função de macromoléculas

  • Estrutura do DNA e RNA

2.1.1. Organização do DNA 2.1.2. RNAs codificantes e não codificantes 2.1.3. RNA de interferência

  • Expressão genética e síntese proteica

2.2.1. Transcrição 2.2.2. Maquinaria de transcrição procariótica e eucariótica 2.2.3. Edição do RNA 2.2.4. Síntese proteica 2.2.5. Modificações pós-translacionais

Engenharia Genética

  • Enzimas que modificam ácidos nucleicos
  • Sistemas e vectores de clonagem

3.2.1. Plasmídeos 3.2.2. Cosmídeos e fagmídos 3.2.3. YACs, BACs 3.2.3. Transformação, conjugação, transfeção e electroporação

  • Sistemas de selecção de recombinantes

3.3.1. Antibióticos 3.3.2. Sistemas auxotróficos 3.3.3. Proteínas fluorescentes

  • Sistemas de produção de proteínas recombinantes
  • Bibliotecas genómicas (genotecas)
  • Hibridação de ácidos nucleicos

3.6.1. Southern blotting 3.6.2. Northern blotting

Amplificação de ácidos nucleicos - PCR

  • Amplificações pela polimerase

4.1.1. PCR 4.1.2. RFLP-PCR 4.1.3. RAPD-PCR 4.1.4. Multiplex PCR 4.1.5. PCR Multiplex alelo específico 4.1.6. PCR Longo 4.1.7. PCR Competitivo 4.1.8. PCR colony 4.1.9. Touchdown (gradiente) e Hot Start 4.1.10. PCR Degenerado 4.1.11. PCR In situ 4.1.12. PCR Inverso 4.1.13. RACE 4.1.14. Nested PCR 4.1.15. RT-PCR / RT-PCR 4.1.16. Methylation Spectific PCR (MS-PCR)

  • PCR em tempo real

4.2.1. Conceitos 4.2.2. Syber-green 4.2.3. Sondas 4.2.4. Curvas de calibração e quantificação

  • Aplicações pela ligase

4.3.1. LCR 4.3.2. MLPA

  • Métodos especiais

4.4.1. DNA ramificado (bDNA) 4.4.2. Ribotipagem

Métodos separativos: cromatografia e electroforese

A.Análise de Proteínas

  • Electroforese

5.1.1.1. Tipos de matrizes 5.1.1.2. Electroforese nativa (PAGE) 5.1.1.3. Electroforese desnaturante (SDS-PAGE) 5.1.1.4. Focagem isoeléctrica (IEF) 5.1.1.5. Géis 2D

  • Cromatografias

5.1.2.1. De camada fina (TLC) 5.1.2.2. Permuta iónica 5.1.2.3. Afinidade / Imunoafinidade 5.1.2.4. HPLC 5.1.2.5. GC B.Ácidos nucleicos

  • Electroforese

5.2.1.1. Agarose 5.2.1.2. PFGE: Pulsed field gel electrophoresis 5.2.1.3. Electroforese capilar (EC) 5.2.2. HPLC desnaturante (DHPLC) 5.2.2.1. EC vs DHPLC

Fundamentos de fluorescência

  • Espectro electromagnético da luz visível

6.1.1. Amplitude de onda 6.1.2. Comprimento de onda 6.1.3. Frequência

  • Fluoróforos

6.2.1. Estado fundamental 6.2.2. Estado excitado

  • Diagrama de Jablonski

6.4. Lei de Kasha 6.5. Lei de Planck 6.6. Desvio de Stokes (Stokes shift) 6.7. FRET - Förster resonance energy transfer 6.7.1. Cromóforos e fluoróforos 6.7.2. Quenching 6.7.3. Detecção in vivo da interacção de proteínas 6.7.4. Sondas moleculares

  • Microscopia

6.8.1. Fluoróforos usados em microscopia 6.8.2. Photobleaching (decaimento) 6.8.3. Métodos para minimizar o decaimento 6.8.4. Filtros 6.8.5. Espelhos dicróicos 6.8.6. Microscopia de fluorescência 6.8.7. Microscopia confocal

Métodos de fluorescência em citogenética

  • Citogenética clássica vs citogenética convencional

7.1.1. Hibridação in situ 7.1.2. Sondas e DNA alvo 7.1.2.1. Desnaturação 7.1.2.2. Renaturação / hibridação

  • Preparação da amostra

7.2.1. Tipos de material biológico 7.2.2. Fixação 7.2.3. Pré-tratamento das lâminas

  • Tipos de sonda

7.3.1. Sequência repetitiva 7.3.2. Single copy sequences 7.3.3. Chromosome paiting

  • Marcação das sondas

7.4.1. Nick translation 7.4.2. Random primed labelling 7.4.3. PCR

  • Imunodectecção

7.5.1. Marcação directa vs marcação indirecta 7.5.2. Amplificação de sinal 7.5.3. Método ABC 7.5.4. Método Streptavidina-biotina

  • Técnicas especiais de FISH

7.6.1. SKY-FISH 7.6.2. Zoo-FISH 7.6.3. Fiber-FISH 7.6.4. PRINS 7.6.5. CGH 7.6.6. PNA-FISH 7.6.7. DNA microarrays / CGH microarrays 7.6.8. Flow-cytometry FISH

Métodos de fluorescência em citologia analítica

  • Imunoquímica

8.1.1. ELISA 8.1.2. Western-blotting

  • Citometria de flurorescência

8.2.1. Tipos de citometros 8.2.2. Dinâmica de fluídos 8.2.3. Sondas fluorescentes 8.2.4. Análise multiparamétrica 8.2.5. Case studies


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