Haynes Lab:Notebook/CRISPR Editing/2016/05/30: Difference between revisions
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'''qPCR for ChIP!'''<br> | '''qPCR for ChIP!'''<br> | ||
Primer sets | Primer sets | ||
{| {{table}} | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Primer set''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Target''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''F primer''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''R primer''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''amplicon length''' | |||
|- | |||
| 1||g025|||||| | |||
|- | |||
| 2||g031, g034||P308||P160||202 | |||
|- | |||
| 3||GAPDH||P203||P204|| | |||
|} | |||
<br><br> | |||
Make the dilution curves for all three primer sets<br> | |||
Will use just Luc14 gDNA, maybe 10 dilution points in triplicate, will be 90 | |||
<br><br> | |||
{| {{table}} | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Sample''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Primer set''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Triplicate''' | |||
|- | |||
| 25 1 H||1||3 | |||
|- | |||
| 25 2 H||1||3 | |||
|- | |||
| 25 3 H||1||3 | |||
|- | |||
| 25 1 I||1||3 | |||
|- | |||
| 25 2 I||1||3 | |||
|- | |||
| 25 3 I||1||3 | |||
|- | |||
| 25 1 H||2||3 | |||
|- | |||
| 25 2 H||2||3 | |||
|- | |||
| 25 3 H||2||3 | |||
|- | |||
| 25 1 I||2||3 | |||
|- | |||
| 25 2 I||2||3 | |||
|- | |||
| 25 3 I||2||3 | |||
|- | |||
| 25 1 H||3||3 | |||
|- | |||
| 25 2 H||3||3 | |||
|- | |||
| 25 3 H||3||3 | |||
|- | |||
| 25 1 I||3||3 | |||
|- | |||
| 25 2 I||3||3 | |||
|- | |||
| 25 3 I||3||3 | |||
|- | |||
| |||| | |||
|- | |||
| 25 1 F||1||3 | |||
|- | |||
| 25 2 F||1||3 | |||
|- | |||
| 25 3 F||1||3 | |||
|- | |||
| 25 1 F||3||3 | |||
|- | |||
| 25 2 F||3||3 | |||
|- | |||
| 25 3 F||3||3 | |||
|} | |||
<br><br> | |||
{| {{table}} | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Sample''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Primer set''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Triplicate''' | |||
|- | |||
| 31 1 F||2||3 | |||
|- | |||
| 31 2 F||2||3 | |||
|- | |||
| 31 3 F||2||3 | |||
|- | |||
| 31 1 I||2||3 | |||
|- | |||
| 31 2 I||2||3 | |||
|- | |||
| 31 3 I||2||3 | |||
|- | |||
| 31 1 F||3||3 | |||
|- | |||
| 31 2 F||3||3 | |||
|- | |||
| 31 3 F||3||3 | |||
|- | |||
| 31 1 I||3||3 | |||
|- | |||
| 31 2 I||3||3 | |||
|- | |||
| 31 3 I||3||3 | |||
|} | |||
<br><br> | |||
{| {{table}} | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Sample''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Primer set''' | |||
| align="center" style="background:#f0f0f0;"|'''Triplicate''' | |||
|- | |||
| 34 1 F||2||3 | |||
|- | |||
| 34 2 F||2||3 | |||
|- | |||
| 34 3 F||2||3 | |||
|- | |||
| 34 1 I||2||3 | |||
|- | |||
| 34 2 I||2||3 | |||
|- | |||
| 34 3 I||2||3 | |||
|- | |||
| 34 1 F||3||3 | |||
|- | |||
| 34 2 F||3||3 | |||
|- | |||
| 34 3 F||3||3 | |||
|- | |||
| 34 1 I||3||3 | |||
|- | |||
| 34 2 I||3||3 | |||
|- | |||
| 34 3 I||3||3 | |||
|} | |||
<br><br> | |||
'''Redo nested PCR of the KAH228/g034 experiments'''<br> | |||
Did it with the wrong primers the first time, need to redo with P149/176. | |||
<br><br> | |||
'''Redo nested PCR of the Luc14 g034 samples'''<br> | |||
Did it with the wrong primers the first time, need to redo with P149/176. (need to double check with notebook to make sure I used 163/215). | |||
<br><br> | |||
Revision as of 15:50, 30 May 2016
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05/30/2016qPCR for ChIP!
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