Chem 12. 유혜진(Hyejin Yu)

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• 특수문자들
  

| • ∞ ♣ ♦ α β γ Δ ε η θ κ μ ν π ρ Σ τ φ ψ Ψ Ω ω
가장 앞에 있는 기호가 이미지 파일에 사용되는 구분용 특수 문자 입니다.

2015. 01. 29. Thur

http://lab.mkwak.org/wiki/index.php/User:Hjyu#2014._01._27.2C_Mon

2015. 01. 27. Tue

Attend

불참 : 4명(송효인, 김유진, 이정아, 박재형)

Study

Paper

• 이민수

Photoswitchable Foldamer

빛에 의해 trans-cis 이성질화가 일어나면서 일어나는 전자적 환경의 변화. uv 조사에 의해 cis 형태, 가시광선 조사 혹은 빛 차단에 의해 trans 형태를 지니게 됨. 구조적 변화가 일어나면서 중심에 있는 음이온과의 결합력에 차이가 생긴다.

• 장하나

DNA로 만든 Lipid Membrane Channels

막에 DNA 구조를 고정시킴 - 콜레스테롤 분자를 사용함

• 박효진

3D Structure DNA Bricks

DNA origami로 형성한 DNA brick을 레고처럼 결합시키는 것으로 다양한 DNA 구조체를 만들 수 있다. - cadnano SQ 타입의 디자인 설계

canDNAno

• 채준

동일한 크기의 구조체지만 구성하고 있는 crossover의 수와 위치에 의해 실제 구조체의 안정성이 어떻게 바뀌는가?

-> 적당한 것이 제일입니다. 이때 scaffold crossover와 staple crossover는 붙어있지 않도록 하고 scaffold crossover의 경우, 지그재그로 있는 것이 좋음

• 박수현

간단한 구조체. scaffold 끝을 전부 비운 형태. staple 길이 단위로 색을 맞춤

추가사항

1.
2월 첫주에는 분석방법에 대해 발표하도록 하겠습니다. 아래는 분석방법 1회차 주제들입니다. 옆에 서명을 남겨주시면 되겠습니다. 남기는 방법은 서명 남기고자하는 부분에 커서를 둔 뒤, 위 아이콘 중 오른쪽에서 두번째 기호를 누르면 됩니다.

• AFM - mica, fluid(liquid) cell - Team 1
• TEM - staining, cryo-EM - Team 2
• Gel electrophoresis - polyacrylamide, agarose, DNA, protein - Team 3

아래는 2회차 주제들입니다.

• FRET - photoluminescence, fluorescence, spectroscopy
• super-resolution Microscopy
• Liquid chromatography - HPLC, FPLC, affinity columns
• Nulceic acid enzymes - PCR, restriction, ligation

2.
팀을 정합니다. 3/3/2로 인원을 나눌 예정 팀은 바뀔 수 있습니다.

Next paper

mk - http://bric.postech.ac.kr/myboard/view_report.php?Board=report&id=2288&type=1&filename=pdf_0002288.pdf

[26] Fu, J., Liu, M., Liu, Y., Woodbury, N. W. & Yan, H. Interenzyme Substrate Diffusion for an Enzyme Cascade Organized on Spatially Addressable DNA Nanostructures. J Am Chem Soc 134, 5516–5519 (2012).

[27] Yamamoto, S. et al. Single Molecule Visualization and Characterization of Sox2–Pax6 Complex Formation on a Regulatory DNA Element Using a DNA Origami Frame. Nano Lett 14, 2286–2292 (2014).

[28] Derr, N. D. et al. Tug-of-War in Motor Protein Ensembles Revealed with a Programmable DNA Origami Scaffold. Science 338, 662–665 (2012).

[29] Langecker, M. et al. Synthetic lipid membrane channels formed by designed DNA nanostructures. Science 338, 932–936 (2012).

[37] Wu, Y., Sefah, K., Liu, H., Wang, R. & Tan, W. DNA aptamer-micelle as an efficient detection/delivery vehicle toward cancer cells. Proceedings of the National Academy of Sciences 107, 5–10 (2010).

[38] Liu, H. et al. DNA-Based Micelles: Synthesis, Micellar Properties and Size-Dependent Cell Permeability. Chem-Eur J 16, 3791–3797 (2010).

[39] Kim, K.-R. et al. Drug delivery by a self-assembled DNA tetrahedron for overcoming drug resistance in breast cancer cells. Chem Commun 49, 2010 (2013).

[40] Lee, H. et al. Molecularly self-assembled nucleic acid nanoparticles for targeted in vivo siRNA delivery. Na-ture Nanotechnology 7, 389–393 (2012).

[41] Wilks, T. R. et al. ‘Giant Surfactants’ Created by the Fast and Efficient Functionalization of a DNA Tetrahe-dron with a Temperature-Responsive Polymer. ACS Nano 7, 8561–8572 (2013).

[42] Perrault, S. D. & Shih, W. M. Virus-Inspired Membrane Encapsulation of DNA Nanostructures To Achieve In VivoStability. ACS Nano 8, 5132–5140 (2014).

2015. 01. 22. Thur

Attend

불참 : 2명 (송효인, 김유진)

2015. 01. 20. Tue

Attend

불참 : 2명(박효진, 김유진)

Study

Paper

• 장하나

DNA structure folding

canDNAno에서 skip base, loop 기능을 사용하면 휘어진 구조체를 디자인 할 수 있다.
-> 그 개수에 따라 휘는 각도가 달라짐

• 박수현

molecular tweezers

DNA는 상보적인 결합이 많을수록 안정하다. ssDNA의 비율이 낮을수록 안정. 따라서 완벽하게 상보적인 가닥에 의해 본래 결합하고 있던 가닥과 떨어져 나오게 된다.

참고사항

caDNAno를 열심히 해봅시다!

2015. 01. 17. Sat

Attend

불참 : 2명(장하나, 박수현)

Study

Paper : 박효진, 박재형, 채준, 이정아, 이민수, 송효인, 김유진

• 박효진

돌고래 모양의 DNA origami structure
-> crossover 수에 따라 꼬리가 흔들림

+

돌고래는 상 하단부를 따로 제작, 연결하여 만들어짐. 이때 꼬리 부분에 crossover수를 조정하는 것으로 꼬리의 각도 및 flexibility를 조정할 수 있게 되는 것

• 박재형

biotin - streptavidin linkage

biotin은 4개의 연결부위를 가지고 있다. 이를 사용하여 서로 다른 2개의 DNA를 연결할 수 있음.

• 채준

유기염료는 금속(AuNP)과의 거리에 의해 형광 발광 유무가 결정된다. - 세기, 수명(life time)

• 이정아

DNA origami structure : 삼각형, 선형
->DDS, Drug loading

• 이민수

pH에 반응하여 형광을 발하는 QD

양자점은 0차원의 물질로써, 독특한 전기적·광학적 특성을 나타낸다.

pH와, PEO의 코팅 정도에 의해 신호가 다르게 나타남

• 송효인

DNA-b-poly(propylene oxide)가 pH에 따라 구형, 선형으로 변한다

• 김유진

DNA nanostructures-> 항암제 운반 - 유방암 치료

twist 된 형태의 구조가 더욱 효과적이다

추가사항

DNA는 10.5bp가 1 turn이므로 정수배로 나타낼 경우 기본 21bp(2 turn)을 잡는다. 그 기준을 더 적거나 많게 잡을 경우 구조체는 twist된다.

2015. 01. 10. Sat

Attend

불참 : 1명(송효인)

Study

Paper

• 이민수

금 표면에 고정된 단방향 회전분자 - uv, 열에 의해 회전
->가역적인 2 step(uv), 비가역적인 2 step(열)의 총 4 step으로 분자가 회전

회전분자는 stator, leg, motor로 이루어져 있음

• 김유진

DNA origami nanobot : 경첩구조
->DDS

aptamer 잠금장치는 항원-항체 반응의 key-lock 특이성을 사용하여 열리도록 만들었음

• 박수현

단방향 회전분자 - uv, 열에 의해 회전
->가역적인 2 step(uv), 비가역적인 2 step(열)의 총 4 step으로 분자가 회전

빛에 의해 cis형의 분자가 더 안정한 형태인 trans형으로 이성질화가 일어남

• 박효진

SST 사용하여 2D or 3D의 나노 구조체를 만듦

Presentation

• 유혜진

1. DNA의 정의 : 유전정보를 지닌 생체분자. A, T(U), G, C의 염기서열로 이루어진다.
2. DNA의 성질
   1) 1 helix의 직경 : 2.25nm
   2) 1 bp 간격 : 0.34nm
   3) 1 turn = 10.5 bp -> 21bp, 42bp(기본적으로 고려하는 DNA 가닥의 길이)
   4) DNA사슬 말단 부분에는 결합하지 않은 ssDNA 가닥이 노출된 sticky end와 모든 DNA가 전부 결합하고 있는 blunt end 두 가지 경우가 존재할 수 있다.
   5) DNA는 pH와 열에 의해 분해된다.
3. DNA의 활용
   DNA는 그 크기를 정의할 수 있다는 장점을 가지고 있어 nano structure의 제작에 중요한 재료로 사용된다. DNA origami 기술이 가장 대표적인 것

• 강민경 _ caDNAno

DNA origami design program

honey comb, square 의 두 가지 버전이 있다.
-> honey comb은 7bp를 기본으로 하고 square는 8bp를 기본으로 하기 때문에 SQ의 경우 구조체가 길어지면 twist 되기 쉽다.

scaffold는 하나의 고리로 이루어지게 만드는 것이 일반적

staple은 1 turn의 정수배 길이(21, 42bp...)의 길이를 갖도록 하는 것이 일반적이다. 너무 짧거나 길면 불안정하다.

각 helix 간의 crossover는 5개 이상으로 가지 않는 것이 좋다.

caDNAno 파일을 cando site를 통해 완성된 모양을 미리 확인할 수 있다.

추가사항

• DNA

DNA는 생체 분자이며 origami 기술을 사용하면 원하는 형태를 쉽게 만들 수 있다. 따라서 약물전달에 많이 사용된다.

• 분석 기기에 대해 조사 및 정리해보는게 좋지 않을까 싶다

AFM, TEMM, 전기영동법 등

2015. 01. 03. Sat

Attend

불참 : 0명

Study

김해주, 이정아, 채준, 송효인, 박재형
-> 각자 논문 읽고 발표

• 김해주

논문 구조 간략히 설명, doi 이용하여 논문 검색법

DNA 타일의 개념, 타일을 응용한 캔버스로 DNA 구조물 만들기(2D, 3D)

• 이정아

6 star point - DNA 구조물 unit

전기영동에 대해서 간단히 설명
+
SST를 합성할 때, 화학적 양 비가 맞지 않으면 제대로 원하는 모양이 만들어지지 않는다는 단점이 있다.(Fig 2)

• 채준

DNA 타일을 연결하여 2D 구조물을 만드는데, 이때 Cm symmetry를 적용시켜서 만듦.
->DNA 타일의 수를 적게 하여 경제적으로 구조물을 만들 수 있다는 장점이 있음

• 송효인

DNA Origami

DNA 3D 구조체 - 여러가지 모양들

• 박재형

DNA Origami - long ssDNA(scaffold) + DNA staples
->여러가지 다양한 구조체를 만들 수 있다. (DNA를 이용하기 때문에 작은 사이즈)

추가사항

• DNA

Step 1 -bp turn 길이, helix 직경, 휘는 성질(길이), 변성(pH, 온도 등에 따라) 등의 성질

Step 2-활용 : DNA 복제, DNA 추출 등

• caDNAno + cando

사용방법

2014. 12. 31. Wed

First Meeting

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