Chem 10. 이정아(Jung Ah Lee)

cadnano

1.21 (Wed)

논문공부

1. 20 (Tue)

• 채준
  

캡시드 분해 다시결합
금속나노입자를 삽입 접촉하지 않게 금속이들어가서 더 밝아짐
유기염료와 가까워질수록 형광염료가 밝아짐
관찰하기힘들어서 형광물질을 사용한다.

논문공부

1.10 (Sat)

• 이민수, 박수현
  
• Unidirectional molecular motor on a gold surface
  

1. Molecular motor가 한방향으로 회전한다.
2. 아래쪽의 두개의 methoxy치환기가 C8 spacer 공간을 띄워주고 Au표면의 직접적인 상호작용
3. step 2 4 가 비가역적이니까 한방향성으로 돌수 있다.
4. M(-,왼쪽),P(+,오른쪽)  : helicity of molecule
5. CD spectrocscopy 를 통해 한 방향으로 회전하는 것을 알 수 있다.
6. UV/vis spectroscopy M->P로 이성질체가 형성된다. 따라서 흡광도가 같다.

• 김유진
  
• A Logic-Gated Nanorobot for Targeted Transport of Molecular Payloads
• 목적 : 자율적인 DNA나노로봇이 세포로 분자Payload의 이동이 가능하면서 세포를 감지한다

1. 특정세포표면을 찾아내서 질병을 치료하는 면역반응
2. DNA origami 로 구조체를 만들어서 만든 모양이 key lock 작용한다. ( DNA를 구성하는 수소결합으로 긴 스캐폴드의 올리고들이 붙어서 2D 3D의 구조를형성할 수 있는 기술 )
   
3. 앱타머 : chemical antibody 표적분자의 높은 특이성 친화성
   
4. nanorobot 장점 :항체보다 분자크기가 작고 이동,변형이 용이하고 안정성, 추출시 경제적 생체내 거부반응도 적다

• 박효진
  

1. SST 로 자가조립해서 Domain 하나당10.5 4개의 base 42개 Brick wall diagram brick
2. 양쪽끝을 이어서 3D로 구조를 만들 수 있다.
3. 전기영동 (아가로즈겔) - 잘만들어졌는지 확인
   

 AFM  2D 구조확인

 TEM  3D 구조확인

• 유혜진
• DNA (deoxyribonucleic acid)

1. 유전정보를 지니지만 만들어낸 구조는 유전정보까지는 지니지않는다.
2. 하나의 helix 2.25nm
   

1bp  0.34nm 

3.4nm  =  10.5bp 

42bp  21   —-turn 때문

1. 열과 PH를 적당히 조절 — 다 끊길수있다.
2. DNA nanotechnology :DNA의 수소결합을 이용해서 nano structure

• 구조를 예측할수있다.
• 생산하기쉽다
• 크기를제어가능
• 염기서열을 프로그래밍가능

1. DNA crossover molecules  : 엮어서 많은 구조체를 만들수있다.

ex ) hairpin구조

2 DNA origami : bottom-Up방식, 짧은 올리고(staple) 를 넣어서 형성

• 강민경
• caDNAno
• 파란색이 안정 붉은색이 불안정
• 사용방법

1. 시프트 축소
2. shift + alt or 화살표 끌어당긴
3. 맨앞에 화살표 화살표클릭 숫자를 증가시키면 길이확장 21단위 (2턴) (한칸이 1bp)
4. F force path 표시없이더 연결가능 원하는 부분에 연겱능 —숫자나타난게 안정하다

논문공부

1.4(Sun)

Highly Connected Two-Dimensional Crystals of DNA Six-Point-Stars

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja0665141

• SST(single strand tile)을 이용하여 DNA six-point-star motif 만들기

1. A blunt-ended six-point-star motif consists of six blue strands, six red strands, and one black strand.
2. 1번을 sticky-ended 연결하여 six-point- star motifs를 만든다
3. PAGE(polyacrylamide gel electrophoretic )분석하였을때 (black:blue:red=1:6:6)일때 six-point-star motif로 선명한 band가 나온다.
4. AFM(atomic force microscopy)으로 구조를 관찰하였을때 2D구조에서 정삼각형과 육각형의 구멍이 포함되어있다.
5. 4의 AFM분석보다 FM(fluorescence microscopy)는 더 빠르고 편리하게 분석할 수 있지만 나노크기의 구조정보를 제공하지 못한다.

• 12 sticky end가 서로 인접한 tile과 연결되어 2D DNA six-point-star motif 를 만들 수 있고 더 나아가 3D구조도 만들 수 있다.