Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Simulation

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html{ 

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      height: 100%;

} body{ 

      background-color: #f5e4b4;
      font-size: 1.4em;
      font-size: 125%;
      font-family:Arial,'Lucida Grande';
      height: 100%;

}


figure{ 

      margin-bottom: 10px;

} figcaption{ 

      font-size: 14px;

}


/* hiding wikiUI*/ .firstHeading { 

display:none;

}

  1. content{
background-color: #f5e4b4;
background-image: linear-gradient(#f5e4b4,#eace7f);
border-style:none;
margin:0;
padding-top:0px;
padding-bottom:15px;
padding-right:0px;
padding-left:0px;
min-height:600px;

}

  1. globalWrapper{
font-size:100%;

}

  1. contentSub{
display:none;

}

  1. column-one{
display:none;

}

  1. footer{
display:none;

} /*----------*/

  1. header{
       height: 96px;
       width:1000px;
       margin:0 auto;
       margin-top: 10px;
       margin-bottom: 10px;

}

  1. left_header{

height: 96px; width: 96px; 

       float:left;

}


  1. homebutton {
       width: 96px;
       height: 96px;
       float: left;

}

  1. homebutton li{
       display: inline;

}

  1. homebutton li a{
       float: left;
       height: 0px;
       width: 96px;
       padding-top: 96px;
       overflow-x: hidden;
       overflow-y: hidden;
       background-image: url(http://openwetware.org/images/0/02/Homebutton.png);
       background-repeat: no-repeat;

}


  1. homebutton #stamp a{ background-position: 0 -96px; }
  2. homebutton #stamp a:hover{ background-position: 0 0; }
  3. homebutton.home #stamp a{ background-position: 0 0; }



  1. globalnav {

height: 96px; width: 808px; 

       float:left;

}


  1. globalnav li{

display: inline; }


  1. globalnav li a{

float: left; height: 0pt; padding-top: 96px; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; background-image: url(http://openwetware.org/images/e/e8/Uiparts_navigation-01.jpg); background-repeat: no-repeat; }


  1. globalnav #gn-home a{ width: 55px; }
  2. globalnav #gn-intro a{ width: 122px; }
  3. globalnav #gn-design a{ width: 84px; }
  4. globalnav #gn-simu a{ width: 118px; }
  5. globalnav #gn-xp a{ width: 114px; }
  6. globalnav #gn-protocol a{ width: 92px; }
  7. globalnav #gn-dis a{ width: 112px; }
  8. globalnav #gn-team a{ width: 78px; }
  9. globalnav #gn-end a{ width: 71px; }


  1. globalnav #gn-home a { background-position: 0 0; }
  2. globalnav #gn-intro a { background-position: -55px 0; }
  3. globalnav #gn-design a { background-position: -177px 0; }
  4. globalnav #gn-simu a { background-position: -261px 0; }
  5. globalnav #gn-xp a { background-position: -379px 0; }
  6. globalnav #gn-protocol a { background-position: -493px 0; }
  7. globalnav #gn-dis a { background-position: -585px 0; }
  8. globalnav #gn-team a { background-position: -697px 0; }
  9. globalnav #gn-end a { background-position: -775px 0; }


  1. globalnav #gn-home a:hover { background-position: 0 -96px; }
  2. globalnav #gn-intro a:hover { background-position: -55px -96px; }
  3. globalnav #gn-design a:hover { background-position: -177px -96px; }
  4. globalnav #gn-simu a:hover { background-position: -261px -96px; }
  5. globalnav #gn-xp a:hover { background-position: -379px -96px; }
  6. globalnav #gn-protocol a:hover { background-position: -493px -96px; }
  7. globalnav #gn-dis a:hover { background-position: -585px -96px; }
  8. globalnav #gn-team a:hover { background-position: -697px -96px; }


  1. globalnav #gn-home a:active { background-position: 0 -192px; }
  2. globalnav #gn-intro a:active { background-position: -55px -192px; }
  3. globalnav #gn-design a:active { background-position: -177px -192px; }
  4. globalnav #gn-simu a:active { background-position: -261px -192px; }
  5. globalnav #gn-xp a:active { background-position: -379px -192px; }
  6. globalnav #gn-protocol a:active { background-position: -493px -192px; }
  7. globalnav #gn-dis a:active { background-position: -585px -192px; }
  8. globalnav #gn-team a:active { background-position: -697px -192px; }


  1. globalnav.home #gn-home a { background-position: 0 -288px; }
  2. globalnav.intro #gn-intro a { background-position: -55px -288px; }
  3. globalnav.design #gn-design a { background-position: -177px -288px; }
  4. globalnav.simu #gn-simu a { background-position: -261px -288px; }
  5. globalnav.xp #gn-xp a { background-position: -379px -288px; }
  6. globalnav.protocol #gn-protocol a { background-position: -493px -288px; }
  7. globalnav.dis #gn-dis a { background-position: -585px -288px; }
  8. globalnav.team #gn-team a { background-position: -697px -288px; }


  1. wikiwrapper{
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       background-color: #fffcf5;

}


  1. mainvisual{
       width: 980px;
       margin-left: auto;
       margin-right: auto;
       text-align: center;

}

  1. main{
       width: 980px;
       min-height: 600px;
       background-color: #fffcf5;
       padding-right: 15px;
       padding-left: 15px;
       padding-bottom: 150px;
       margin-right: auto;

margin-left: auto; 

       text-align: justify;
       font-size: 110%;

}

p{ 

       text-indent:1em;

}


/*テーブルの色づけ*/

table.table tr:nth-child(odd) { 

 /* 奇数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ecf6fb;

} table.table tr:nth-child(even) { 

 /* 偶数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ffffff;

}

.overline{ 

       text-decolation: overline;
      }


/*simulationページの段組みコンテナ*/

  1. container {
      width: 100%;
      height: auto;    
      height: 100%;
      min-height: 100%;

}

div.blockleft{ 

      float: left;
      width: 625px;
      height: 475px;

} div.blockright{ 

      float:right;
      width: 355px;
      height: 490px;

div.blockleft2{ 

      float: left;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.blockright2{ 

      float:right;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.block{ 

      width:980px;
      height: 475px;
      margin-bottom: 20px;

}

p.textbox{ 

      padding:20px;

}

div.blockright span{ 

      vertical-align: middle;

}


  1. new_footer{
       margin-top:30px;

padding-top:15px; width:100%; height:100px; background-color:#5b2d01; color:#fff; 

       font-size: 125%;
       position: absolute;
       bottom: 0;
       display: inline;

}

.lefttext{ 

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;
       float:left;

}

.rightimg{ 

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;

}

</style> </head> </html> <html> <head> <title></title> </head>

<body> <div id="globalnav"> <ul> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821">Home</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Introduction">Introduction</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Design">Design</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Simulation">Simulation</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Experiment">Experiment</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Protocol">Protocol</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Discussion">Discussion</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Team">Team</a></li> </ul> </div> <div id="main"> <h1>Simulation</h1> <section> <p>Simulation (wiki) <font color="#ff0000">※酵素使用システム</font> <h2>1.purpose</h2> Our system (with enzymes) outputs ssDNA with time interval and in turns. To examine whether the behavior is properly, we checked the change of concentration of two output DNA by numerical simulation.

<h2>2. Method</h2> Our system is described by differential equations obtained from chemical reaction formulas. We solved them by using numerical software (Scilab). <h2>3.condition</h2> Condition of simulating is as follows. Input DNA concentration: 10nM Template1 concentration: 10nM Template2 concentration: 10nM Liposome1 concentration: 10nM Liposome2 concentration: 10nM Gate concentration: 10nM Gate concentration: 10nM Simulation time: 100[sec]

Value of chemical parameters are as follows. Hybridization:kh=5.0*10^6 Denaturation:kd=1.0*10^3 Branch migration:kb=1.0*10^-1 Polymerase:kp:=17 Nickase:kn=3.0 Restriction enzyme:kr=3.0

Only Parameter of Reaction of gate and keyDNA is 1.0×10^6 because the toehold is short.


<h2>Results</h2> Results of simulation are shown in fig.3-1 赤：出力リポソーム1 青：出力リポソーム2 緑：テンプレート1 水：テンプレート2 </p> <img src="http://openwetware.org/images/4/44/0823tetsuya-01.png">

<p>結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく</p> <img src="http://openwetware.org/images/1/1b/写真_2014-08-22_16_11_48.jpg"> <p>詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード</p> </section>

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