Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Simulation: Difference between revisions

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<html>
<head>
<head>
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<section>
<section>
<p>Simulation (wiki)
<p>Simulation (wiki)
酵素使用システム
<font color="#ff0000">※酵素使用システム</font>
1.目的
<h2>1.purpose</h2>
システムが時間間隔を開けて順番に出力を出すことを確認するために，シミュレーションにより出力DNAの濃度の変化をもとめる．
Our system (with enzymes) outputs ssDNA with time interval and in turns. To examine whether the behavior is properly, we checked the change of concentration of two output DNA by numerical simulation.


2. 方法
<h2>2. Method</h2>
システムを形成する反応式から濃度の支配方程式（微分方程式）を立て，Scilabを用いて方程式を解く．
Our system is described by differential equations obtained from chemical reaction formulas. We solved them by using numerical software (Scilab).
3.条件
<h2>3.condition</h2>
シミュレーションを反応はprotocolに示す。
<p>Condition of simulating is as follows.<br>
入力DNA濃度10nM
<table>
テンプレート1: 10nM
<tr>
テンプレート2: 10nM
<td>Input DNA concentration:</td><td>10nM</td>
リポソーム1: 10nM
</tr>
リポソーム2: 10nM
<tr>
ゲート1: 10nM
<td>Template1 concentration:</td><td>10nM</td>
ゲート2: 10nM
</tr>
シミュレーション時間:100[sec]
<tr>
<td>Template2 concentration:</td><td>10nM</td>
</tr>
<tr>
<td>Liposome1 concentration:</td><td>10nM</td>
</tr>
<tr>
<td>Liposome2 concentration:</td><td>10nM</td>
</tr>
<tr>
<td>Gate concentration:</td><td>10nM</td>
</tr>
<tr>
<td>Gate concentration:</td><td>10nM</td>
</tr>
<tr>
<td>Simulation time:</td><td>100[sec]</td>
</tr>
</table>
</p>


反応速度定数の値は次のものを使用した
<p>Value of chemical parameters are as follows.
Hybridization:kh=5.0*10^6
<table>
Denaturation:kd=1.0*10^3
<tr>
Branch migration:kb=1.0*10^-1
<td>Hybridization:</td><td>kh=5.0*10^6</td>
Polymerase:kp:=17
</tr><tr>
Nickase:kn=3.0
<td>Denaturation:</td><td>kd=1.0*10^3</td>
Restriction enzyme:kr=3.0
</tr><tr>
<td>Branch migration:</td><td>kb=1.0*10^-1</td>
</tr><tr>
<td>Polymerase:</td><td>kp:=17</td>
</tr><tr>
<td>Nickase:</td><td>kn=3.0</td>
</tr><tr>
<td>Restriction enzyme:</td><td>kr=3.0</td>
</tr>
</table></p>


ゲートとkeyDNAの反応のみトーホールドが短いため、反応速度定数を1.0×10^6とした。
Only Parameter of Reaction of gate and keyDNA is 1.0×10^6 because the toehold is short.




4.結果
<h2>Results</h2>
図3.1に酵素使用ゲートのシミュレーション結果を示す。
Results of simulation are shown in fig.3-1
赤：出力リポソーム1
赤：出力リポソーム1
青：出力リポソーム2
青：出力リポソーム2
Line 57: Line 85:
水：テンプレート2
水：テンプレート2
</p>
</p>
<img src="http://openwetware.org/images/4/44/0823tetsuya-01.png">
<p>結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく</p>
<img src="http://openwetware.org/images/1/1b/写真_2014-08-22_16_11_48.jpg">
<img src="http://openwetware.org/images/1/1b/写真_2014-08-22_16_11_48.jpg">
<p>結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく</p>
<img src="http://openwetware.org/images/e/e0/Graph_dummy-01.png">
<p>詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード</p>
<p>詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード</p>
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Revision as of 00:54, 23 August 2014

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html{ 

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      background-color: #f5e4b4;
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      font-size: 125%;
      font-family:Arial,'Lucida Grande';
      height: 100%;

}


figure{ 

      margin-bottom: 10px;

} figcaption{ 

      font-size: 14px;

}


/* hiding wikiUI*/ .firstHeading { 

display:none;

}

  1. content{
background-color: #f5e4b4;
background-image: linear-gradient(#f5e4b4,#eace7f);
border-style:none;
margin:0;
padding-top:0px;
padding-bottom:15px;
padding-right:0px;
padding-left:0px;
min-height:600px;

}

  1. globalWrapper{
font-size:100%;

}

  1. contentSub{
display:none;

}

  1. column-one{
display:none;

}

  1. footer{
display:none;

} /*----------*/

  1. header{
       height: 96px;
       width:1000px;
       margin:0 auto;
       margin-top: 10px;
       margin-bottom: 10px;

}

  1. left_header{

height: 96px; width: 96px; 

       float:left;

}


  1. homebutton {
       width: 96px;
       height: 96px;
       float: left;

}

  1. homebutton li{
       display: inline;

}

  1. homebutton li a{
       float: left;
       height: 0px;
       width: 96px;
       padding-top: 96px;
       overflow-x: hidden;
       overflow-y: hidden;
       background-image: url(http://openwetware.org/images/0/02/Homebutton.png);
       background-repeat: no-repeat;

}


  1. homebutton #stamp a{ background-position: 0 -96px; }
  2. homebutton #stamp a:hover{ background-position: 0 0; }
  3. homebutton.home #stamp a{ background-position: 0 0; }



  1. globalnav {

height: 96px; width: 808px; 

       float:left;

}


  1. globalnav li{

display: inline; }


  1. globalnav li a{

float: left; height: 0pt; padding-top: 96px; overflow-x: hidden; overflow-y: hidden; background-image: url(http://openwetware.org/images/e/e8/Uiparts_navigation-01.jpg); background-repeat: no-repeat; }


  1. globalnav #gn-home a{ width: 55px; }
  2. globalnav #gn-intro a{ width: 122px; }
  3. globalnav #gn-design a{ width: 84px; }
  4. globalnav #gn-simu a{ width: 118px; }
  5. globalnav #gn-xp a{ width: 114px; }
  6. globalnav #gn-protocol a{ width: 92px; }
  7. globalnav #gn-dis a{ width: 112px; }
  8. globalnav #gn-team a{ width: 78px; }
  9. globalnav #gn-end a{ width: 71px; }


  1. globalnav #gn-home a { background-position: 0 0; }
  2. globalnav #gn-intro a { background-position: -55px 0; }
  3. globalnav #gn-design a { background-position: -177px 0; }
  4. globalnav #gn-simu a { background-position: -261px 0; }
  5. globalnav #gn-xp a { background-position: -379px 0; }
  6. globalnav #gn-protocol a { background-position: -493px 0; }
  7. globalnav #gn-dis a { background-position: -585px 0; }
  8. globalnav #gn-team a { background-position: -697px 0; }
  9. globalnav #gn-end a { background-position: -775px 0; }


  1. globalnav #gn-home a:hover { background-position: 0 -96px; }
  2. globalnav #gn-intro a:hover { background-position: -55px -96px; }
  3. globalnav #gn-design a:hover { background-position: -177px -96px; }
  4. globalnav #gn-simu a:hover { background-position: -261px -96px; }
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  1. globalnav #gn-home a:active { background-position: 0 -192px; }
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  7. globalnav #gn-dis a:active { background-position: -585px -192px; }
  8. globalnav #gn-team a:active { background-position: -697px -192px; }


  1. globalnav.home #gn-home a { background-position: 0 -288px; }
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  3. globalnav.design #gn-design a { background-position: -177px -288px; }
  4. globalnav.simu #gn-simu a { background-position: -261px -288px; }
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  1. wikiwrapper{
       width: 980px;
       background-color: #fffcf5;

}


  1. mainvisual{
       width: 980px;
       margin-left: auto;
       margin-right: auto;
       text-align: center;

}

  1. main{
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       min-height: 600px;
       background-color: #fffcf5;
       padding-right: 15px;
       padding-left: 15px;
       padding-bottom: 150px;
       margin-right: auto;

margin-left: auto; 

       text-align: justify;
       font-size: 110%;

}

p{ 

       text-indent:1em;

}


/*テーブルの色づけ*/

table.table tr:nth-child(odd) { 

 /* 奇数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ecf6fb;

} table.table tr:nth-child(even) { 

 /* 偶数行の背景色を設定します。 */
 background-color: #ffffff;

}

.overline{ 

       text-decolation: overline;
      }


/*simulationページの段組みコンテナ*/

  1. container {
      width: 100%;
      height: auto;    
      height: 100%;
      min-height: 100%;

}

div.blockleft{ 

      float: left;
      width: 625px;
      height: 475px;

} div.blockright{ 

      float:right;
      width: 355px;
      height: 490px;

div.blockleft2{ 

      float: left;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.blockright2{ 

      float:right;
      width: 450px;
      height: 475px;

} div.block{ 

      width:980px;
      height: 475px;
      margin-bottom: 20px;

}

p.textbox{ 

      padding:20px;

}

div.blockright span{ 

      vertical-align: middle;

}


  1. new_footer{
       margin-top:30px;

padding-top:15px; width:100%; height:100px; background-color:#5b2d01; color:#fff; 

       font-size: 125%;
       position: absolute;
       bottom: 0;
       display: inline;

}

.lefttext{ 

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;
       float:left;

}

.rightimg{ 

       height:auto;
       width:30%;
       padding-left:20%;

}

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<body> <div id="globalnav"> <ul> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821">Home</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Introduction">Introduction</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Design">Design</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Simulation">Simulation</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Experiment">Experiment</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Protocol">Protocol</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Discussion">Discussion</a></li> <li><a href="/wiki/Biomod/2014/Sendai/temp/0821/Team">Team</a></li> </ul> </div> <div id="main"> <h1>Simulation</h1> <section> <p>Simulation (wiki) <font color="#ff0000">※酵素使用システム</font> <h2>1.purpose</h2> Our system (with enzymes) outputs ssDNA with time interval and in turns. To examine whether the behavior is properly, we checked the change of concentration of two output DNA by numerical simulation.

<h2>2. Method</h2> Our system is described by differential equations obtained from chemical reaction formulas. We solved them by using numerical software (Scilab). <h2>3.condition</h2> <p>Condition of simulating is as follows.<br> <table> <tr> <td>Input DNA concentration:</td><td>10nM</td> </tr> <tr> <td>Template1 concentration:</td><td>10nM</td> </tr> <tr> <td>Template2 concentration:</td><td>10nM</td> </tr> <tr> <td>Liposome1 concentration:</td><td>10nM</td> </tr> <tr> <td>Liposome2 concentration:</td><td>10nM</td> </tr> <tr> <td>Gate concentration:</td><td>10nM</td> </tr> <tr> <td>Gate concentration:</td><td>10nM</td> </tr> <tr> <td>Simulation time:</td><td>100[sec]</td> </tr> </table> </p>

<p>Value of chemical parameters are as follows. <table> <tr> <td>Hybridization:</td><td>kh=5.0*10^6</td> </tr><tr> <td>Denaturation:</td><td>kd=1.0*10^3</td> </tr><tr> <td>Branch migration:</td><td>kb=1.0*10^-1</td> </tr><tr> <td>Polymerase:</td><td>kp:=17</td> </tr><tr> <td>Nickase:</td><td>kn=3.0</td> </tr><tr> <td>Restriction enzyme:</td><td>kr=3.0</td> </tr> </table></p>

Only Parameter of Reaction of gate and keyDNA is 1.0×10^6 because the toehold is short.


<h2>Results</h2> Results of simulation are shown in fig.3-1 赤：出力リポソーム1 青：出力リポソーム2 緑：テンプレート1 水：テンプレート2 </p> <img src="http://openwetware.org/images/4/44/0823tetsuya-01.png">

<p>結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく結果についてあれこれかく</p> <img src="http://openwetware.org/images/1/1b/写真_2014-08-22_16_11_48.jpg"> <p>詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード詳しいソースコード</p> </section>

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