Biomod/2013/Sendai/project: Difference between revisions

Revision as of 11:56, 19 October 2013

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- - - /

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/********************************* Hide MediaWiki end *********************************/

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/*column content*/

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/*****キャプションレフト*****/

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/*****キャプションライト*****/

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/***floatの影響を絶つ。<div class="c-both"></div> のように使う***/

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div.title{

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/*topに戻る*/

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/* IE6以下用、アスタリスクハックでググれ */

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   <title>Biomod2013 Sendai ver2.0</title>
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               <a href="#"  class="whiteSendai">Facebook</a>

--> <br><br>

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          <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai" class="whiteSendai">Top</a> 
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<a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013" class="whiteSendai" style="float:right;"><img src="http://openwetware.org/images/6/6e/Biomod-logo.jpg"

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           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai/protocol" class="whiteSendai">Protocol</a>   
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            <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai"><h1 style="color:white;" ><b>Biomod<span>2013<br>&emsp; Team</span>Sendai</b></h1></a> 
   </header>

 <section role="main">
       <article>

<h2>Project</h2> <h3>Background</h3> 生物は厳しい自然界で生き残るために重要で微小なシグナルを増幅し、伝達するシグナル伝達を進化させてきた。…ry

In the course of evolution, living organisms have evolved various mechanisms for transmitting and amplifying small signals to survive in the harsh environment. Such mechanisms of signal transduction and amplification are crucially important for the maintenance of life, and we have many examples of mechanisms in sensing systems, immune systems and neurotransmission systems.<br>

<img src="http://openwetware.org/images/9/97/Sendai-pro-fig1-01.jpg"><br> 図１　生物の微小なシグナルに対する反応の例(ヒトは自然界の微小なシグナルを検知してそれを体内に伝達し、それに対処する反応ができる)<br> Fig. 1 The example of reaction to tiny signal of life(Human sense tiny signal in the natural world and transport to inside of the body and can take action to the signal.)

<h3>Motivation</h3> 現代のヒトが感知できない微小なシグナルを、生物のシグナル伝達と人間のデザインを組み合わせることで感知できるようにならないだろうか？そうすればいろいろな応用が考えられる。例えばヒトが気づかないままに進行する病気を感知したり、危険の神経伝達をより早く感知したりすることができる。<br>

Is it possible to sense undetectable stimulate by combining organic signal transduction and artificial design. If it is possible, we can design very effective molecular amplification mechanisms for various applications such as sensing unnoticed developing disease or dangerous situation. <img src="http://openwetware.org/images/4/4d/Sendai-pro-fig2-01.jpg"><br> 図２　感知できなかったものが感知できるようになる世界(体内でヒトの無自覚に進行する血管の炎症を無自覚のうちに人工的な分子放出システムが治療する。こ)<br> Fig. 2 The world that can sense something which can't be sensed.(Artificial molecular releasing system cure the unconsciously advancing inflammation in a blood vessel.) <br>

<h3>Project Goal </h3> 微小なシグナルを増幅する分子放出システムには微小なシグナルに反応できる小さなものから反応が始まりその反応が指数関数的に増幅していくシステムが必要である。<br> Amplifying molecular system needs a mechanism starts with small reaction and amplifies it.

そのためには以下の条件を満たすことが必要である。<br> （１）様々な微小な刺激（入力）に対し、様々な分子放出（出力）ができること。<br> そのためには、内部に様々な分子を入れられる小さな容器と、その蓋をあける様々なしくみ（放出のメカニズム）を用意できることが必要になる。<br> （２）特定の外的刺激だけに対応して放出が起こること。<br> 　放出のためのシグナルとしては、いろいろなものが考えられる。<br> 　光、ｐH、特定の化学物質の濃度、電磁場・・・・<br> 　これらの変化に対してのみ反応することできる容器が必要である。<br> この（１）（２）の条件を満たす「容器」として私たちはリポソームを使用した。理由はリポソームの中には様々な分子を入れることができ、リポソーム表面にリポソームを破壊するための様々な分子を修飾することができるから、またそのことにより温度感受性・光感受性・pH感受性リポソームという特定の外的刺激にのみ反応するリポソームがすでに考えだされている※からである。<br> ※ref<br> （３）分子の放出が連鎖すること。<br> 反応が何度も続いて反応を増幅するために、リポソームのふたが開いたときに中に入っていた分子で他のリポソームの破壊がおこるようにして反応が連鎖するようにする。そのためにはリポソームのふたを開けることができ、かつ選択性のある分子をリポソームに閉じ込めておく必要がある。<br> この（３）の条件を満たすために私たちはDNAをリポソームに閉じ込め、DNAで次々にリポソームを割ろうと考えた。なぜなら、DNAの配列をデザインすることで特異性・選択性を持たせることができるからだ。<br> しかし、いまだかつてDNAでリポソームを割るという試みはなかった。ここがわたしたちのプロジェクトにとって重要で大きな障壁である。<br> （４）放出される分子の量、および放出のタイミングが適切にコントロールできること。<br> 刺激に対して、分子放出の関係がきちんと予測可能であることが必要である。それぞれが微弱であっても、ノイズでないレベルの信号が来た時には放出がおこらなければならない。<br> つまり、入力出力比（増幅率）がある程度なければならない。<br> この（４）の条件を満たすかどうかを私たちはシミュレーションにより確かめた・<br> To construct the molecular releasing system, following things are needed. <br> (1) Various molecular ejection　(output) can be commanded from various stimulus (entry). <br> To accomplish this point, we have to make cases to confine various molecular and arrange mechanisms to open the case (mechanism to release) <br> (2) To operate release reaction in response to only a specific external stimulus As signals to release, there are various thing like light, pH, concentration of chemical agent, electro-charged field. <br> To operate release reaction, we have to make cases to react to only these changes. <br> (3)To build relationship to release molecular<br> If one tiny stimulus opens one case, it is no use occurring the reaction singly.　Considering this factor, we have to make a mechanism to build relationships between the cases and molecular in the case and to amplify the reaction due to keeping behavior continue time after time. To resolve above problems, we have to design molecular that can opens the top of the case. <br> (4)To control the amount of molecular and when the cases will release the molecular. When the system senses stimulus, it have to control the amount of molecular and when the case will release the molecular. Even though these stimulus and releasing amount are tiny, this system have to release molecular except noises. <br> In other words, a certain level of the proportion of input and output (gain) is needed. <br> →confer simulation <br><br>

こうして外部刺激とその中のDNAやPayload（反応の連鎖には関与しないが薬など特定の箇所で役に立つもの）の組み合わせにより様々な放出系のデザインが可能であるが、今回のプロジェクトではその基本的な例として温度上昇を感知して反応の開始となるDNAを放出しそれが周囲の反応を連鎖させるDNAをもつリポソームが割れていく系の構築を目指すことにした。<br> この系は一点から周囲へとリポソームの破壊が連鎖的に広がっていく系であるため、その様子が日本のHANABI（Firework）に似ていることから私たちはこの系をLipo-HANABIと呼ぶことにした。<br> <br> As the case meeting above condition (1) and (2), we used liposome. There are two reasons to select. Liposome can confine various molecular and can be modified various molecular. ( correspond to (1)). Many liposome sensing one specific external stimulus are designed like temperature-sensitive one, light sensitive one and pH sensitive one. ( correspond to (2)) <br>

ref<br>

To meet the (3) condition, we designed the system that DNA release molecular. We selected DNA because it has specificity and optionality by designing it. <br> However, anyone haven’t tried to collapse by DNA. This point is the most important and the hardest barrier. <br> Finally, to demonstrate validity, we ran a simulation <br> Establish a link here (by Off-san) <br>

From above things, various system of releasing can be created. Among various system, this project aims at the releasing system releasing DNA from liposome when temperature rises and DNA collapse other ones containing DNA. <br> In this system, the collapse of liposome prevails chain-reactively and looks like Japanese HANABI (fireworks). So we call this system Lipo-HNANBI. <br>

<img src="http://openwetware.org/images/5/5b/Sendai-pro-fig3-01.jpg"><br> 図３　微小な反応を感知してそれを感知できる大きさに増幅する分子放出システムに必要な要素<br> Fig. 3 The needed factor for the molecular releasing system sensing tiny reaction and amplifying to the sensitive size<br>

</p>

       </article>

   </section>

</p>

   <footer>
       <p>&copy; Copyright Biomod 2013 Team Sendai
               <a href="http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/index.html">

　　　　　　　　　　　　　　　　　　<img src="http://openwetware.org/images/3/36/Murata-nomura-logo.png"

                                     width="180" height="50" alt="Molcular Robotics Lab" border="0" align="right">

　　　　　　　　 </a> 　　　　 </p>

       <p>E-MAIL:
           <a href="mailto:biomod.teamsendai.2012@gmail.com">biomod.teamsendai.2012@gmail.com
           </a>
       </p>
       <br>
       <a href="?action=edit" align="center"><p>edit</p></a>
   </footer>

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Biomod/2013/Sendai/project: Difference between revisions

Revision as of 11:56, 19 October 2013

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 <h2>Project</h2>
 <h3>Background</h3>
-生物は厳しい自然界で生き残るために重要で微小なシグナルを増幅し、伝達するシグナル伝達を進化させてきた。…ry<br>
+生物は厳しい自然界で生き残るために重要で微小なシグナルを増幅し、伝達するシグナル伝達を進化させてきた。…ry
 In the course of evolution, living organisms have evolved various mechanisms for transmitting and amplifying small signals to survive in the harsh environment.  Such mechanisms of signal transduction and amplification are crucially important for the maintenance of life, and we have many examples of mechanisms in sensing systems, immune systems and neurotransmission systems.<br>
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 <h3>Motivation</h3>
-現代のヒトが感知できない微小なシグナルを、生物のシグナル伝達と人間のデザインを組み合わせることで感知できるようにならないだろうか？If it is possible, we can design very effective molecular amplification mechanisms for various applications.例えばヒトが気づかないままに進行する病気を感知したり、危険の神経伝達をより早く感知したりすることができる。<br>
+現代のヒトが感知できない微小なシグナルを、生物のシグナル伝達と人間のデザインを組み合わせることで感知できるようにならないだろうか？そうすればいろいろな応用が考えられる。例えばヒトが気づかないままに進行する病気を感知したり、危険の神経伝達をより早く感知したりすることができる。<br>
+Is it possible to sense undetectable stimulate by combining organic signal transduction and artificial design. If it is possible, we can design very effective molecular amplification mechanisms for various applications such as sensing unnoticed developing disease or dangerous situation.
 <img src="http://openwetware.org/images/4/4d/Sendai-pro-fig2-01.jpg"><br>
 図２　感知できなかったものが感知できるようになる世界(体内でヒトの無自覚に進行する血管の炎症を無自覚のうちに人工的な分子放出システムが治療する。こ)<br>
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 <h3>Project Goal </h3>
-微小なシグナルを感知する分子放出システムには微小なシグナルに反応できる小さなものから反応が始まりその反応が指数関数的に増幅していくシステムが必要である。<br>
+微小なシグナルを増幅する分子放出システムには微小なシグナルに反応できる小さなものから反応が始まりその反応が指数関数的に増幅していくシステムが必要である。<br>
+Amplifying molecular system needs a mechanism starts with small reaction and amplifies it.
-To make tiny reaction we have never sensed sensitive size, we have to make　the system sensing tiny signal and amplifying at an exponential rate. In that respect, the molecular releasing system life use can transport and amplify tiny reaction. We used this system as a reference and set out to construct the molecular releasing system that human can design. （英語直す）<br>
 そのためには以下の条件を満たすことが必要である。<br>
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          </article>