Biomod/2013/Sendai/design: Difference between revisions

From OpenWetWare
Jump to navigationJump to search
No edit summary
No edit summary
Line 69: Line 69:
<h3 id="designsubproject1">内側からアルギン酸膜を破壊するサブプロジェクト</h3></br>
<h3 id="designsubproject1">内側からアルギン酸膜を破壊するサブプロジェクト</h3></br>


内側からアルギン酸膜を破壊するために私たちは以下のようなシステムをデザインしました。</br>
内側からアルギン酸膜を破壊するために私たちは以下のようなシステムをデザインしました。（Fig1の数字と下記の説明の説明は対応している）</br>
①内部にアルギン酸を溶かすキレート剤（ＥＧＴＡ）と尿素とトリガー（アルギン酸膜外にあるリポソームを割ることができるもの）となるＤＮＡオリガミ/ＤＮＡストランドを入れたニッパム分子付きのリポソームを作製します。ニッパムとは３２度以下では水和していて親水性だが、３２度以上では収縮して疎水性になる。ニッパムがリポソームに修飾されると、３２度以下ではニッパム分子の水和により安定な状態になるが、３２度以上ではニッパム分子が疎水性になって不安定な状態になるので、３２度以上になった時にリポソームが割れることになる。</br>
①内部にアルギン酸を溶かすキレート剤（ＥＧＴＡ）と尿素とトリガー（アルギン酸膜外にあるリポソームを割ることができるもの）となるＤＮＡオリガミ/ＤＮＡストランドを入れたニッパム分子付きのリポソームを作製します。ニッパムとは３２度以下では水和していて親水性だが、３２度以上では収縮して疎水性になる。ニッパムがリポソームに修飾されると、３２度以下ではニッパム分子の水和により安定な状態になるが、３２度以上ではニッパム分子が疎水性になって不安定な状態になるので、３２度以上になった時にリポソームが割れることになる。</br>
参考</br>
参考</br>
Line 81: Line 81:


<img src="http://openwetware.org/images/8/80/Design-alginate-00.png" alt="example-tab2" border="0"></br>
<img src="http://openwetware.org/images/8/80/Design-alginate-00.png" alt="example-tab2" border="0"></br>
Fig1 内側からアルギン酸膜を破壊し、トリガーとなるDNAオリガミを放出するシステム


         </article>
         </article>

Revision as of 20:53, 20 August 2013

<html> <head> <style>


/********************** Hide MediaWiki and init CSS, overwrite by bootstrap.css バルス**********************/

body{ 

background:none;

} html, body, div, span, applet, object, iframe, h1, h2, h3, h4, h5, h6, p, blockquote, pre, a, abbr, acronym, address, big, cite, code, del, dfn, em, img, ins, kbd, q, s, samp, small, strike, strong, sub, sup, tt, var, b, u, i, center, dl, dt, dd, ol, ul, li, fieldset, form, label, legend, table, caption, tbody, tfoot, thead, tr, th, td, article, aside, canvas, details, embed, figure, figcaption, footer, header, hgroup, menu, nav, output, ruby, section, summary, time, mark, audio, video{ 

margin:0;
padding:0;
/* font-size:100%; */
 border:0;
outline:0;

} a, a:link, a:visited, a:hover, a:active{ 

text-decoration:none

}

/*訪れたリンクを白くするよ*/ .whiteSendai:visited{ 

color:#FFFFFF!important;

}

/*左詰め、真ん中、右詰め*/ .leftSendai { text-align: left; } .centerSendai { text-align: center; } .rightSendai { text-align: right; }


.firstHeading { 

display:none;

}

  1. content{
border-style:none;
margin:0;
padding:0;

}

  1. globalWrapper{
font-size:100%;

}

  1. contentSub{
display:none;

}

  1. column-one{
display:none;

}

  1. footer{
display:none;

}

  1. globalWrapper{
font-size:100%;

}

  1. bodyContent h1, #bodyContent h2{
 margin-top: 20px;
 margin-bottom: 10px;

}


  1. bodyContent h3{
 margin-top: 20px;
 margin-bottom: 10px;
 border-bottom-width: medium;
 border-bottom-style: solid;
 border-bottom-color: gray;

}

  1. bodyContent h4{
 margin-top: 20px;
 margin-bottom: 10px;
 border-bottom-width: thin;
 border-bottom-style: solid;
 border-bottom-color: gray;

}

  1. bodyContent h5, #bodyContent h6{
 margin-top: 10px;
 margin-bottom: 10px;

/**** border-bottom-width: thin; 

 border-bottom-style: solid;
 border-bottom-color: gray;
        • /

}

/********************************* Hide MediaWiki end *********************************/


/* Structure */ html{ background: #eee; } body { 

 padding: 0px;
 background: #fff;
 color: #333;
 margin: 0 auto;
 max-width: 900px;
 font: 1em/1.5 "Helvetica Neue", Helvetica, Arial, sans-serif;
 }

a { 

 color: #105672;

}

header {/****position: fixed; ****/ 

       /******width: 100%;****/
       height: 90px;
       z-index: 1;

background: #F17F25; 

        padding:0.01em 0.5em 1.5em ;

color: #fff; line-height: 1;

}

header h1{ margin-bottom: 0; }

header h1 span{ display: inline; color: rgba(255,255,255,.4); }

header span{ display: block; color: rgba(255,255,255,.2); font-weight: 300; margin-bottom: 1.6em }

header nav{ float: right; text-align: right } header nav div{ font-size: .8em; } header nav div a { font-weight: 300; padding: .3em .5em } header nav a{ color: #fff; display: inline-block; padding: .3em .8em }

header nav a:hover, header nav a:focus{ color: rgba(255,255,255,.6) }


[role=main]{ padding:1.5em 3em; } article{ padding: 1em 0; text-align: justify; text-justify: inter-ideograph;

}


footer{ background: #333; color: #fff; padding: 1em 3em; 

       clear: both;    /***2段組みの左右のfloatを解除***/

}

/* Typography */

p{ font: 1em/1.5 Palatino, "Palatino Linotype", Georgia, Times, "Times New Roman", serif; }

p.sukima{ 

       font-size: 150%;
       font-weight: normal;
       font-family: Helvetica;
       background: #bbb;
       padding-left: 1.2em;

}

img{ max-width: 100%; /***** height: auto; *****/ }


blockquote{ float: left; margin: 1em 3em; } blockquote p{ font-size: 1.4em; line-height: 1.2; font-weight: 700; font-style:italic; } a{ font: 700 1em/1.5 "Helvetica Neue", Helvetica, Arial, sans-serif; text-decoration: none } a:hover, a:focus{ color: #000; } a:active{ position: relative; top:1px; }

ol{margin: 1em 0 1em 0; padding-left: 2em; } li{ margin: 0; }

/* Tabs */

  1. tabs

{ /*****position:fixed;****/ 

      width: 900px;

}

.js-on #tabs article { display:none }

  1. tabs, #tabs nav a.active{

background: #FFF; color: #111; }

  1. tabs nav

{ position: relative; overflow: hidden; display: table; background: #bbb; }


  1. tabs nav a

{ width:900px; display:table-cell; padding:1em; text-align:center; color: #333; }

  1. tabs nav a:hover,#tabs nav a:focus

{ background:#eee }

  1. tabs article

{ padding:2em; }


.js-on #tabs article.active { display:block; }

  1. tabs #mobiles{

display:none; border-radius: 0; }

  1. tabs #mobiles a, #tabs #mobiles a:first-child, #tabs #mobiles a:last-child{

width:300px; border-radius: 0; }


/* Media queries */ @media screen and (min-width:900px) { body{font-size: 1.1em;} }

@media screen and (max-width:600px) { #tabs nav{ display: none; position: relative; } #tabs #mobiles{ display:block; } #tabs article { display:block; } } @media screen and (max-width:480px) { blockquote{ float: none; }

header nav a{ padding:.7em .8em } header nav{ float: none; margin: -.5em -3em 0; background: #000; overflow: hidden; text-align: left } header nav a{ border-right: 1px solid #222 } [role=main]{ padding:1.5em 2em; } header nav div{ display: none; }

}

/*column content*/

  1. content-right {

width:48%; /***段落の横幅***/ float:right; /***右に寄せる（他の要素を左に回り込ませる)***/ margin: 10px; }

  1. content-left {

width:47%; /***サイドの横幅***/ float:left; /***左に寄せる***/ margin: 10px; }

/*****キャプションレフト*****/

div.caption-left{ float: left; padding: 0 5px 5px 5px; }

.caption-left span{ display: block; text-align: center; 

       font-size: smaller;
       font-weight: bold;

}

div.clear{ clear: both; margin: 0 0 10px 0; }

/*****キャプションライト*****/

div.caption-right{ float: right; padding: 0 5px 5px 5px; }

.caption-right span{ display: block; text-align: center; 

       font-size: smaller;
       font-weight: bold;

}

div.clear{ clear: both; margin: 0 0 10px 0; } 

/***floatの影響を絶つ。<div class="c-both"></div> のように使う***/

.c-both { clear: both; }

div.title{ 

        font-style: normal;
        font-weight: bold;
        font-size: 70px;
        line-height: 70px;
        font-family: Helvetica;

}

div.caption{ 

       text-align: center;
       font-size: smaller;
       font-weight: bold;

}

div.captiontable{ 

       font-size: smaller;
       font-weight: bold;

}

/*topに戻る*/

  1. ttop {position:fixed;
      bottom:140px;
      left:auto;margin:0 0 0 905px; /* マージン：上 右 下 左 */
      width:100px;
      height:390px;
      background:url(http://openwetware.org/images/f/f2/%E5%90%8D%E7%A7%B0%E6%9C%AA%E8%A8%AD%E5%AE%9A-1.png) no-repeat left bottom;}

/* IE6以下用、アスタリスクハックでググれ */

  • html #ttop {margin:0 0 -390px 0;
             position:relative;bottom:490px; /* 上で設定した ttopの高さ390px＋下100px */
             left:960px;}
  1. ttop:hover {background:url(http://openwetware.org/images/b/b9/Top2.png) no-repeat left bottom;/* 画像の高さによって適当に調整 */
            }

a.page_top {display:block;width:100px;height:390px;}


</style> </head> </html> <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> 

   <title>Biomod2013 Sendai ver2.0</title>
   <meta name="viewport" content="width=device-width,initial-scale=1">
   
   <style type="text/css">
   h1{color: white;}
   </style>

</head>

<body> <!-- <div style="max-width:900px; position:fixed;">****/ --> 

   <header>

        <nav>      
          <div>
               <a href="#"  class="whiteSendai">Blog</a> 
               <a href="#"  class="whiteSendai">Twitter</a>
               <a href="#"  class="whiteSendai">Facebook</a>
               
           </div>
           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai" class="whiteSendai">Top</a> 
           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai/project" class="whiteSendai">Project</a>
           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai/design" class="whiteSendai">Design</a> 
           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai/experiment" class="whiteSendai">Experiment</a>

<a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013" class="whiteSendai" style="float:right;"><img src="http://openwetware.org/images/6/6e/Biomod-logo.jpg" 

                                              width="75" height="75" alt="Biomod2013" border="0"></a><br>
           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai/protocol" class="whiteSendai">Protocol</a>   
           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai/future" class="whiteSendai">Future</a> 
           <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai/member" class="whiteSendai">Member</a>
          
           
           </nav>
            <a href="http://openwetware.org/wiki/Biomod/2013/Sendai"><h1 style="color:white;" ><b>Biomod<span>2013<br>&emsp; Team</span>Sendai</b></h1></a> 

   </header> 



   <section id="tabs">
     <article data-title="Design">
           <h2>Design</h2>

<p> <h3>全体のプロジェクト</h3></br> 私たちは、制御された薬の放出系を行うために膜構造を破壊してその反応が連鎖していくシステムを作りたい。そしてこのシステムの実現のためには以下の２つが必要である。</br> ①好きなタイミングで反応の連鎖を開始できるように、内部にリポソーム膜を破壊する役割を持つＤＮＡであるトリガーが入っているアルギン酸膜を作製し、ある条件を満たせばそのアルギン酸膜が内側から破壊されてトリガーが放出されるシステムを作る。</br> ②反応が連鎖できるように内部にトリガーが入っており、外側にリポソームが結合すれば割れるように設計されたリポソーム膜を作製する。</br> 私たちは「内側からアルギン酸膜を破壊するサブプロジェクト」と「外側からリポソームを破壊するサブプロジェクト」の二つのサブプロジェクトを実行してこのシステムの完成を目指しました。</br></br>


<!-- <a href="#designsubproject1">内側からアルギン酸膜を破壊するサブプロジェクト</a><br> <a href="#designsubproject2">外側からリポソームを破壊するサブプロジェクト <font size="2">リポソーム班</font> </a><br> <a href="#designsubproject3">外側からリポソームを破壊するサブプロジェクト <font size="2">B-Z班</font> </a> --> 

    </article>






       <article data-title="アルギン酸">

<h3 id="designsubproject1">内側からアルギン酸膜を破壊するサブプロジェクト</h3></br>

内側からアルギン酸膜を破壊するために私たちは以下のようなシステムをデザインしました。（Fig1の数字と下記の説明の説明は対応している）</br> ①内部にアルギン酸を溶かすキレート剤（ＥＧＴＡ）と尿素とトリガー（アルギン酸膜外にあるリポソームを割ることができるもの）となるＤＮＡオリガミ/ＤＮＡストランドを入れたニッパム分子付きのリポソームを作製します。ニッパムとは３２度以下では水和していて親水性だが、３２度以上では収縮して疎水性になる。ニッパムがリポソームに修飾されると、３２度以下ではニッパム分子の水和により安定な状態になるが、３２度以上ではニッパム分子が疎水性になって不安定な状態になるので、３２度以上になった時にリポソームが割れることになる。</br> 参考</br> http://www.sigmaaldrich.com/etc/medialib/docs/SAJ/Brochure/1/j_recipedds2.Par.0001.File.tmp/j_recipedds2.pdf</br> </br> ②温度を約３２度に上げることで、ニッパム分子が収縮しリポソームが破壊されます。</br> ③リポソームが破壊されたことで内部のキレート剤がアルギン酸膜を破壊し、それと同時に尿素が希釈されることでＤＮＡがハイブリタイゼーションしてトリガーとなるＤＮＡオリガミが形成されます。</br> ④破壊されたアルギン酸膜からトリガーのＤＮＡオリガミが外に出ていきます。</br> このようなシステムの設計によって、好きな時に温度を３７度に上げればトリガーを放出することが可能になります。</br></br>


<img src="http://openwetware.org/images/8/80/Design-alginate-00.png" alt="example-tab2" border="0"></br> Fig1 内側からアルギン酸膜を破壊し、トリガーとなるDNAオリガミを放出するシステム 

       </article>





       <article data-title="リポソーム">

<h3>外側からリポソームを破壊するサブプロジェクト</h3></br> <h4 id="designsubproject2">リポソーム班</h4></br> 

       </article>

       <article data-title="B-Z">

<h3>外側からリポソームを破壊するサブプロジェクト</h3><br> <h4 id="designsubproject3">ＢＺ班</h4><br>

まずリポソームを割る方法としてフラワーミセルという方法がある。これはミセルに隙間なくコポリマーによる輪を取り付け、その輪の温度による形状の変化によりミセルに負荷をかけ、割るとゆうものである。</br>

今回はこのフラワーミセルの原理を応用しリポソームとＤＮＡによってリポソームを割ることを試みる。</br> リポソームはDOPCで作った通常のものとDOPC、DPPC、cholesterolの三種類を混ぜ、相分離を形成しているものの二種類を用いる。</br> これはリポソーム表面の状態の違いによる収率の違いを調査するためである。</br> これらのリポソームにコレステロール修飾されているDNA一本鎖ストランドを加えて、表面にDNAを生やす。</br> そこに先程修飾したDNAに相補なDNA一本鎖ストランドを加える。このＤＮＡは両端が相補に結合するように設計されているためリポソーム表面でDNAのループが形成されるようになる。</br> 次にループを形成しているDNAに相補なトリガーストランドを加える。これとループDNAハイブリタイゼーションし結合する。この際DNAが持続長以下の長さに設計してあるため、DNAはまっすぐに保とうとする。その際に生じる力でリポソームに負荷がかかり、リポソームが割れるはずである。</br></br>

リポソーム内部の溶液中にトリガーストランドを入れておくことができるので、この系であれば連鎖反応を引き起こすことも容易であると考えられる。</br>


このシステムで使用するDNAの配列はDNAdesignを使って設計しました。<br> プログラムのソースはこちら。ループの部分が40nt, 20nt,10ntのDNAを設計しました。<br> 赤色の部分がリポソームから生えているコレステロール付きのDNAと相補になっています。青色の部分が相補的になっていてこれらがハイブリタイゼーションすることでリポソームに負荷がかかり、リポソームが割れます。<br>

<font size="-2"> コレステロール付きDNAの配列<br> <font color="red">CCAGAAGACG</font> -コレステロール<br> ループが40nt<br> <font color="red">CGTCTTCTGG</font>TTTTTTTTTT<font color="blue">GCGAACCACGGTTCCCAGCGTGACCTTCATGCTTAAGTTT</font><font color="red">CGTCTTCTGG</font><br> ループが40ntのトリガーストランド<br> <font color="blue">AAACTTAAGCATGAAGGTCACGCTGGGAACCGTGGTTCGC</font><br> ループが20nt<br> <font color="red">CGTCTTCTGG</font>TTTTTTTTTTTT<font color="blue">CATAACATGAGGCGCCGT</font><font color="red">CGTCTTCTGG</font><br> ループが20ntのトリガーストランド<br> <font color="blue">ACGGCGCCTCATGTTATGAA</font><br> ループが10nt<br> <font color="red">CGTCTTCTGG</font>TTTTTTTTTT<font color="blue">CTGTAACTAA</font><font color="red">CGTCTTCTGG</font><br> ループが10ntのトリガーストランド<br> <font color="blue">TTAGTTACAG</font><br>

<img src="http://openwetware.org/images/e/ec/Kari-design-bz.jpg">

</font>


<!-- </p> --> 

      </article>

   </section>

<!-- /***** </div> ****/ --> 


   <footer>
       <p>&copy; Copyright Biomod 2013 Team Sendai
               <a href="http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/index.html">

　　　　　　　　　　　　　　　　　　<img src="http://openwetware.org/images/3/36/Murata-nomura-logo.png" 

                                     width="180" height="50" alt="Molcular Robotics Lab" border="0" align="right">

　　　　　　　　 </a> 　　　　 </p> 

       <p>E-MAIL:
           <a href="mailto:biomod.teamsendai.2012@gmail.com">biomod.teamsendai.2012@gmail.com
           </a>
       </p>
       <br>
       <a href="?action=edit" align="center"><p>edit</p></a>
   </footer>

</body> </html>

<html> <head> 

       <script type="text/javascript">
     function tabs(a,g,j){document.body.className="js-on";var g=a.getElementsByTagName(g),d=[],c;this.active;this.total=g.length;this.container=a;e=a.insertBefore(document.createElement("nav"),g[0]),change=function(f){if(typeof this.active!=="undefined"){d[this.active].className=g[this.active].className=""}d[f].className=g[f].className="active";this.active=f},clickEvent=function(h,f){h.onclick=function(){change(f);return false}};for(var b=0;b<g.length;b++){d[b]=e.appendChild(document.createElement("a"));d[b].href="#";c=[g[b].getAttribute("data-title"),g[b].getElementsByTagName(j)[0]];d[b].innerHTML=c[0]!==null?c[0]:c[1]?c[1]["innerText"||"textContent"]:b+1;new clickEvent(d[b],b)}change(0)}tabs.prototype.change=function(b){change(b-1)};tabs.prototype.next=function(b){active===this.total-1?change(0):change(active+1)};tabs.prototype.prev=function(b){active===0?change(this.total-1):change(active-1)};tabs.prototype.responsive=function(d,c){nav=document.createElement("nav");nav.id="mobiles";nav.innerHTML='<a href="#" onclick="'+d+'.prev(); return false">'+c.prev+'</a><a href="#" onclick="'+d+'.next(); return false">'+c.next+"</a>";this.container.insertBefore(nav,this.container.firstChild);return this};
       </script>
       <script type="text/javascript">

var myTabs = new tabs(document.getElementById("tabs"), "article", "h2").responsive("myTabs", { prev: "Previous", next: "Next" }); </script> </head> </html>

Retrieved from "https://openwetware.org/mediawiki/index.php?title=Biomod/2013/Sendai/design&oldid=718184"