Biomod/2012/TeamSendaiA/Project: Difference between revisions

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/* コンテンツ */
/* コンテンツ */
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</ul>
</ul>
<!--目次 -->
<div id="mokuji">
<h2>Contents</h2>
<ol>
<li><a href="#Motivation">Motivation</a></li>
<li><a href="#ProjectPlan">Project plan</a></li>
<li><a href="#Selector">Selector</a></li>
<li><a href="#Gate">Gate</a></li>
<li><a href="#Membrane">Membrane</a></li>
<li><a href="#Future">Future</a></li>
</ol>
</div>


<!-- コンテンツ -->
<!-- コンテンツ -->
<div id="Content">
<div id="Content">


<h2>Abstract</h2>
<a name="Motivation"></a><h2>Motivation</h2>
<p>
チャネルの研究は進められているが、それらは単純な穴であり、選択性を持って物質交換を行うものは少ない。そこで我々は選択性をもったチャネルの開発に着手した。</br>
我々が設計したチャネルはこうである。まず、穴としてDNAオリガミで作った六角柱を用意（Gate）。その内側に一本鎖DNAを数本並べておく。この一本鎖DNAをSelectorと名付けた。DNAはその相補性により、DNAはもとよりRNAやタンパク質などの様々な生体分子と相互作用を持ち、また簡単に配列を変更することが可能であるため、六角柱内に一本鎖DNAが並ぶ構造によって、汎用性を持った選択的なチャネルを作成することが可能である。Selectorの配列はチャネルの奥に行くほどターゲット分子との結合を強いように設計する。こうすることでターゲット分子は選別されながら、チャネルの出口へ向かって行くことができる。</br>
また、我々はチャネルの取り付く細胞膜のモデルとしてリポソームを使う。
</p>


<a name="ProjectPlan"></a><h2>Project plan</h2>
<p>
<p>
&nbsp;All the creatures on Earth are made of cells. The exterior and the interior of the cell are compartmentalized by biomembranes. A nanodevice that is able to actively transport only the specific oligonucleotide through the biomembrane has a great potential to deliver siRNA into the cell or to extract mRNA expressed in the cell.　Here, we decided to create a novel device with such a function. We have designed a cylindrical injector/extractor device made of DNA origami. Inside the cylinder, a cascade of single stranded DNAs is planted. Once the outer-most ssDNA binds to a target oligonucleotide,　the target is passed to the inner-ones one by one because of the higher bonding energy assigned to the inner ones. We also investigate how the cylinder penetrates the biomembrane by using liposome as a model membrane.
我々のプロジェクトは大きく三つに開けることができる。セレクター、チャネル、リポソームである。そこで我々はこの三つの実験を並行して行う。それぞれの実験がうまくいったところで組み合わせる。（D-Hertを分解した画像をこの下に欲しい）
</p>
</p>
 
<a name="Selector"></a><h2>Selector</h2>
<p>
今回のプロジェクトでは三本の一本鎖DNAを使用し、ターゲットをうまく運べるかどうか調べた。（ここにセレクターの実験ページに飛べるリンクを）（このしたにセレクターがどのように物質を選別し、運ぶかの動画を）
</p>
 
<a name="Gate"></a><h2>Gate</h2>
<p>
六角柱の筒を用いる。設計に関してはA Logic-Gated Nanorobot for Targeted Transport of Molecular Payloads, Shawn M. Douglas, Ido Bachelet, George M. Church, SCIENCE|VOL 335|17 FEBRUARY 2012|pp.831-834を参考にした。六角柱にしたのは二次平面上で最も集積できるのが六角形であるからである（蜂の巣を見よ）←ホントか？</br>
（六角柱ロボットの画像or単なる六角柱の画像）
</p>
 
<a name="Membrane"></a><h2>Membrane</h2>
<p>
細胞膜モデルとしてリポソームを用いる。どのようにベシクルを形成して、D-Napperをくみあわせるのか。
</p>
 
<a name="Future"></a><h2>Future</h2>
<p>
細胞内への物質の運搬、細胞内からの物質の回収ができる</br>
リポソームでできた袋を蓄積場として、不要な物質の回収や、優良物質の散布ができる</br>
リポソームの袋の中に様々な物質を詰め込むことで、人口細胞ができるかも</br>
</p>
 
 
 
 




Revision as of 22:05, 17 September 2012

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"> <head> <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;charset=utf-8" /> <title>Team Sendai Top</title> <style type="text/css">

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/* コンテナ */ div#Container {width: 800px; margin-left: auto; margin-right: auto}

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<!-- コンテナ --> <div id="Container">

<!-- ヘッダー --> <div id="Header"> <h1>Team Sendai</h1> <p>Tohoku University</p> </div>

<!—トップメニュー --> <ul id="Topmenu"> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Top">Top</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Project">Project</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Results_%26_Discussion">Experiment</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/%E5%9F%BA%E7%A4%8E%E3%82%BC%E3%83%9F%E3%83%81%E3%83%BC%E3%83%A0/basic_seminar_team/diary">Diary</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/%E5%9F%BA%E7%A4%8E%E3%82%BC%E3%83%9F%E3%83%81%E3%83%BC%E3%83%A0/basic_seminar_team/member">Team</a></li> </ul>

<!--目次 --> <div id="mokuji"> <h2>Contents</h2> <ol> <li><a href="#Motivation">Motivation</a></li> <li><a href="#ProjectPlan">Project plan</a></li> <li><a href="#Selector">Selector</a></li> <li><a href="#Gate">Gate</a></li> <li><a href="#Membrane">Membrane</a></li> <li><a href="#Future">Future</a></li> </ol> </div>


<!-- コンテンツ --> <div id="Content">

<a name="Motivation"></a><h2>Motivation</h2> <p> チャネルの研究は進められているが、それらは単純な穴であり、選択性を持って物質交換を行うものは少ない。そこで我々は選択性をもったチャネルの開発に着手した。</br> 我々が設計したチャネルはこうである。まず、穴としてDNAオリガミで作った六角柱を用意（Gate）。その内側に一本鎖DNAを数本並べておく。この一本鎖DNAをSelectorと名付けた。DNAはその相補性により、DNAはもとよりRNAやタンパク質などの様々な生体分子と相互作用を持ち、また簡単に配列を変更することが可能であるため、六角柱内に一本鎖DNAが並ぶ構造によって、汎用性を持った選択的なチャネルを作成することが可能である。Selectorの配列はチャネルの奥に行くほどターゲット分子との結合を強いように設計する。こうすることでターゲット分子は選別されながら、チャネルの出口へ向かって行くことができる。</br> また、我々はチャネルの取り付く細胞膜のモデルとしてリポソームを使う。 </p>

<a name="ProjectPlan"></a><h2>Project plan</h2> <p> 我々のプロジェクトは大きく三つに開けることができる。セレクター、チャネル、リポソームである。そこで我々はこの三つの実験を並行して行う。それぞれの実験がうまくいったところで組み合わせる。（D-Hertを分解した画像をこの下に欲しい） </p>

<a name="Selector"></a><h2>Selector</h2> <p> 今回のプロジェクトでは三本の一本鎖DNAを使用し、ターゲットをうまく運べるかどうか調べた。（ここにセレクターの実験ページに飛べるリンクを）（このしたにセレクターがどのように物質を選別し、運ぶかの動画を） </p>

<a name="Gate"></a><h2>Gate</h2> <p> 六角柱の筒を用いる。設計に関してはA Logic-Gated Nanorobot for Targeted Transport of Molecular Payloads, Shawn M. Douglas, Ido Bachelet, George M. Church, SCIENCE|VOL 335|17 FEBRUARY 2012|pp.831-834を参考にした。六角柱にしたのは二次平面上で最も集積できるのが六角形であるからである（蜂の巣を見よ）←ホントか？</br> （六角柱ロボットの画像or単なる六角柱の画像） </p>

<a name="Membrane"></a><h2>Membrane</h2> <p> 細胞膜モデルとしてリポソームを用いる。どのようにベシクルを形成して、D-Napperをくみあわせるのか。 </p>

<a name="Future"></a><h2>Future</h2> <p> 細胞内への物質の運搬、細胞内からの物質の回収ができる</br> リポソームでできた袋を蓄積場として、不要な物質の回収や、優良物質の散布ができる</br> リポソームの袋の中に様々な物質を詰め込むことで、人口細胞ができるかも</br> </p>




</div>

<!—フッターメニュー --> <ul id="Menu2"> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Top">Top</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Project">Project</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/Biomod/2012/TeamSendaiA/Results_%26_Discussion">Experiment</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/%E5%9F%BA%E7%A4%8E%E3%82%BC%E3%83%9F%E3%83%81%E3%83%BC%E3%83%A0/basic_seminar_team/diary">Diary</a></li> <li><a href=" http://openwetware.org/wiki/%E5%9F%BA%E7%A4%8E%E3%82%BC%E3%83%9F%E3%83%81%E3%83%BC%E3%83%A0/basic_seminar_team/member">Team</a></li> </ul>

<!-- フッター --> <div id="Footer"> <address>Copyright (C) Team Sendai, All rights reserved.</address> </div>

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