Biomod/2012/TeamSendai/Simulation

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Team Sendai Top

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Project

Our project is to create a new designable channel with a high selectivity and activity. We named the channel; Cell Gate. (Cell Gateが出てくるのが唐突だと思う) We make the Cell Gate of DNA.

Why do we use DNA?

・自然界にあるチャネルは(タンパク質でできていて?)人間の手で作り変えたりして自在に扱うということは難しい。だから、デザインが可能でsiRNAなどの生体分子と相互作用を持つDNAを使って、チャネルを作ることができれば、チャネル設計(?)の幅が広がるというようなことをまとめていただけると…。(タンパク質とDNAの対比表とか対比図があるとわかりやすい)

How do we penetrate the Gate to membrane?

coreste&tutu

Lipidと親和性のあるコレステロールを使えばいいということを面白おかしく論理的に説明. どのように貫通するかなど。
(画像はプレゼン用のを拝借したので修正必要。特にHexagonalとかsmall tube とか。絵自体もまだまだ分かりやすくできそうな気が。数式みたいな絵じゃなく、もっと動きのあるものに(アニメーションにしろというわけではない))

穴開けただけでチャネル(細胞膜間輸送?)って呼べるの?

クーロン力があるから物質だだ漏れにはならない。Gateの内部にDNAの一本鎖並べて、DNAの特異性を利用することで、狙いの分子だけを、一本鎖DNAとの結合エネルギーポテンシャルの坂道に乗せることができる。その一本鎖DNAの列をPoaterと呼ぶことにする。PorterがCellGateのエンジン。みたいなことをうまくまとめる。ここでPorterの説明を終えるつもりで。画像に関してはとりあえず津沢のポテンシャルエネルギーのグラフは必須。

クーロン力があるならGateに近づけないんじゃない?

Porterの一番目を伸ばせばいいみたいなことをキャッチ―な図とともに。筒井さんのシミュレーション映像を貼る。

私たちが実験で目指したもの

hybrid graph

ここで初めてMembrane登場? 細胞のモデルとして使っただけ?本物の細胞どうして使わなかったのかという疑問が生まれそう。何かいい理由はないものか。画像はプレゼン用のやつそのままなので改善の余地あり


Application in future

あんなことやこんなことに使えるというのを図入りで。

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