Biomod/2012/TeamSendai/Simulation
From OpenWetWare
Project
Our project is to create a new designable channel with a high selectivity and activity. We named the channel; Cell Gate. (Cell Gateが出てくるのが唐突だと思う) We make the Cell Gate of DNA.
Why do we use DNA?
・自然界にあるチャネルは（タンパク質でできていて？）人間の手で作り変えたりして自在に扱うということは難しい。だから、デザインが可能でsiRNAなどの生体分子と相互作用を持つDNAを使って、チャネルを作ることができれば、チャネル設計（？）の幅が広がるというようなことをまとめていただけると…。（タンパク質とDNAの対比表とか対比図があるとわかりやすい）
How do we penetrate the Gate to membrane?
Lipidと親和性のあるコレステロールを使えばいいということを面白おかしく論理的に説明.
どのように貫通するかなど。
（画像はプレゼン用のを拝借したので修正必要。特にHexagonalとかsmall tube とか。絵自体もまだまだ分かりやすくできそうな気が。数式みたいな絵じゃなく、もっと動きのあるものに（アニメーションにしろというわけではない））
穴開けただけでチャネル（細胞膜間輸送？）って呼べるの？
クーロン力があるから物質だだ漏れにはならない。Gateの内部にDNAの一本鎖並べて、DNAの特異性を利用することで、狙いの分子だけを、一本鎖DNAとの結合エネルギーポテンシャルの坂道に乗せることができる。その一本鎖DNAの列をPoaterと呼ぶことにする。PorterがCellGateのエンジン。みたいなことをうまくまとめる。ここでPorterの説明を終えるつもりで。画像に関してはとりあえず津沢のポテンシャルエネルギーのグラフは必須。
クーロン力があるならGateに近づけないんじゃない？
Porterの一番目を伸ばせばいいみたいなことをキャッチ―な図とともに。筒井さんのシミュレーション映像を貼る。
私たちが実験で目指したもの
ここで初めてMembrane登場？ 細胞のモデルとして使っただけ？本物の細胞どうして使わなかったのかという疑問が生まれそう。何かいい理由はないものか。画像はプレゼン用のやつそのままなので改善の余地あり
Application in future
あんなことやこんなことに使えるというのを図入りで。
