Revision as of 21:54, 1 July 2015

전체모임 회의록

2015.07.02.Thu

아이디어에 대해 더 생각해 봐야 할 부분

1) Janus micro particle 합성하는 방법

2) 유기 용매를 사용 한다면 biomolecule을 어떻게 사용할 것인가?

 2-1) biomolecule 사용 / 수용액 상태 => termminal transferase에 대해 알아보기

3) Janus가 없으면 방향성도 없다

4) nano size도 유체역학적인 거동이 농도 따라 달라질까?

5) self-propelled vesicle

다음 시간 까지

1) 실험에 필요한 재료, 기기들 알아오기

2) 실험 조 짜기

2015.07.01.Wed

동력원 + 윗 부분에 방향성을 제시할 수 있는 것 붙이기

1) 동력원에 대한 논문 'A Polymerization-Powered Motor' 

2) Au 표면에 DNA 붙이기(논문'Maximizing DNA Loading on a Range of Gold Nanoparticle Sizes') 

3) 방향성을 제시할 수 있는 것 생각

A Polymerization-Powered Motor

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201103565/abstract

1.원리
-motor is powered by ROMP(ring opening metathesis polymerization) of norborene
-monomer 농도기울기가 있을때, motor는 chemotaxis현상을 보인다.[*chemotaxis(주화성):화학 물질의 농도차를 감수하여 이동하는 생리기능, 화학 주성이라고도 함]

2.gold-silica Janus particles 합성하기(0.96μm silica partricle 사용)

금입자에 SiO2 코팅

http://nanocomposix.com/collections/silica-coated-gold
1) 0.96μm silica partricles : These particles were deposited as thin films
2) gold was deposited onto the monolayers -> asymmetric Janus particles
3) particles were modified with the Grubb's catalyst on the silica side(*Grubb's catalyst :relatively high stability and high polymerization activity with norbornene)

3.motor 이동

motor particle------(exposure to a monomer solution)------>polymer deposition on the motor surface
Janus particle는 비대칭 -> 이것은 방향성을 증가시킴 (in directionality leading to the higher overall increase in diffusion)
농도차로 이동하는 원리

1) 비대칭적인 촉매 : particle의 한 쪽에서만 기질(substrate)을 소비함, 낮은 농도의 products와 더 느리게 확산하는 product를 모두 방출

2) 비대칭적인 촉매는 particle을 가로질러 osmotic force(삼투력)를 만듬 

3) 이 힘은 유체의 흐름을 발생시킴 : 낮은 기질 농도(the catalytic side)에서 더 높은 기질 농도(the noncatalytic side) 쪽으로

   => particle은 유체의 흐름과 반대방향으로 움직임

Maximizing DNA Loading on a Range of Gold Nanoparticle Sizes

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ac0613582

논문 주요내용

Spacer란 반복유전자에서 유전자끼리 직접 인접하지않고 비발현부분을 사이에 두고 연결되어 있는데 이 비발현부분을 Spacer이라고 한다.
Alkanethiol Oligonucleotide-Modified된 금나노 입자를 제조
금 나노 입자에 Alkanethiol Oligonucleotides Loaded 의 정량화

금에다가 DNA를 붙이는 방법에 대해 공부함

Gold nanoparticle을 염석과정을 실온에서 밤새 배양하여 수행한다.
과량의 올리고 뉴클레오티드를 제거하기위해, Gold nanoparticles은 원심분리하고, 상등액을 하단에 Gold nanoparticle의 펠릿에 두고 제거 하였다. 입자는 0.01% SDS 에 재부유 하였다. 이 세척과정은 총 다섯 상등액제거 를 반복 하였다.
DTT과정에 대해서는 조금 더 팀원들과 의논해서 알아봐야 할 것 같다.

방향성 제시

Structure and operation of an autonomous DNA nanomotor

E,F 두 가닥으로 구성된 모터
E strand에는 RNA-cleaving10-23 DNA enzyme가 있음
F strand는 두 가지의 fluorophores가 존재함
The enzyme substrate(S)는 DNA–RNA chimera임
E strand가 수축상태(close)에서 S가 결합함으로써 팽창상태(open)가 됨
S는 RNA-cleaving10-23 DNA enzyme으로 인해 절단됨
S는 절단되어 S1,S2로 나뉘어졌다가 E strand에서 떨어져 나감
이러한 원리로 open/close 시스템이 순환
이 때 F strand의 fluorophores가 반응함

Structure and operation of a Single DNA Molecule Nanomotor

Motor는 17mer DNA nanomotor (T1G2G3T4T5G6G7T8G9T10G11G12T13T14G15G16T17)로 구성됨
17mer DNA nanomotor는 tetraplex (TE) 형태로 바뀔 수 있음
17mer DNA nanomotor의 양쪽 끝부분에는 형광제와 소광제가 있음
17mer DNA와 상보적인 strand α가 주입될 시 17mer DNA가 팽창하여 duplex (DU)형태로 바뀜
strand α는 strand β가 주입되면 strand α와 결합하여 Motor에서 떨어져 나감, 다시 원래 형태(TE)로 바뀜
이러한 시스템이 순환

2015.06.25.Thu

'A Precisely Controlled DNA Biped Walking Device'에 대해 토론
-rail(track)을 바둑판식으로 배열

-linker를 oligo Guanine(quadruplex)=>add cytosine(duplex)로 사용

2015.06.24.Wed

'A Precisely Controlled DNA Biped Walking Device'의 기본 아이디어 사용
'A Precisely Controlled DNA Biped Walking Device' 논문 읽어오기

2015.06.23.Tue

motor에 관한 논문 한 편 씩 읽어오기 , 토론
구체화 : track 위에서 움직이는 motor
'A Free-Runnning DNA Motor Powered by a Nicking Enzyme'의 reference 논문 각자 한 편 씩 읽어오기

2015.06.22.Mon

숙박 장소 알아보기
아이디어 내기 (큰 주제 : motor)

2015.06.02.Fri

자유 주제로 아이디어회의
스폰서 컨택

2015.05.29.Fri

팀 소개글 마무리, sponsor 컨택(동원그룹)
다음주 월요일 : 나머지 스폰서 컨택

2015.05.22.Fri

개인 논문 발표 및 토론

2015.05.06.Wed

나노바이오 동아리 신청서 작성

2015.04.29.Wed

창의재단 연구프로그램 신청서류 제출

2015.04.24.Fri

창의재단 연구프로그램 신청서류 작성

2015.04.14.Tue

분자탐지에 대한 아이디어 1차 발표(jellyfish sensor)

2015.04.03.Fri

팀별 아이디어 발표(2nd)
-화요일팀:nano bishop
-금요일팀:
=>이번주 winner:화요일팀의 nano bishop
등록기간(~4/30)-24일 or 27일에 등록 / 비용은 팀원8명+교수님까지 해서 1/9로 나누어 냄(등록비 $250)
과학창의재단 연구비 지원 지원글 작성 : 화요일(4/7일) 전체모임에서 파트 나누어 요일별 모임 때 작성
스폰서 컨택 : 팀소개글 완성하기, 스폰서 컨택시 '수상경력'언급하기
팀이름정하기
개인별 세부적인 역할 정하기
다음 아이디어 발표 주제 : 분자탐지(의미가 있는 biological event 포함!!)
-ex: 암세포, 병원균에 대해 탐지 기능을 가지고 있는 것
-size 구체적으로 언급하기
아이디어 발표 : 4/14일 => 중간점검, 1차발표 / 4/28일 => 최종발표

2015.03.25.Wed

팀소개글 모으기
스폰서 컨택 할 곳 의견 내기

2015.03.17.Tue

팀별 아이디어 발표
-화요일팀:Insulin box
-금요일팀:nano umbrella
=>이번주 winner:금요일팀의 nano umbrella
아이디어 발표에서 보완할 점
-수치 넣어서 구조체 나타내고 설명하기
-여러 사람의 idea를 인용하고, 모으기
-구조체 design시 구체적으로 생각하기
다음 발표 주제(03/31Tue)
-'움직이는것'
-동력, 에너지(ATP, H2O2 peroxidase)필요
-eg)바람개비, 콘서트 장/ 앞줄에서 뒷줄로 풍선 넘기는 모습, kinesin 등

2015.03.11.Wed

소개글 작성
팀별로 파트 나눠서 소개글 작성
-화요일팀:팀 전체적인 소개, 팀의 단기적/장기적 목표, 세부적인 계획(월별 또는 주별)
-금요일팀:Biomod소개, Biomod 참가 동기, 기대효과(홍보, 인재양성 등)
개인별 소개 글 (5줄 정도) 작성, 사진1장과 함께 => 저한테 메일로 보내주세요(이번주까지 ~03/15)
튜터링 지원
2팀 각자 제출기간에 맞춰서 지원하기
다음주 팀 모임(03/17) : 아이디어 발표 있습니다
2주뒤 팀 모임(03/25) : 소개글 다 같이 보고 수정하고, 스폰서 지원할 곳 정하겠습니다. 각자 1~2곳 생각해오세요

2015.03.03.Tue

3월 스케줄 정하기
1.가주제 정해서 팀별로 발표
-주제는 free, 개인별로 아이디어를 낸 후 팀별 회의를 거쳐서 발표 작품 선택
-발표에 포함되어야 할 내용 : 형태, 기능, 작동 원리, 장점, 단점, 보강방법(*구글 '학술검색'에서 아이디어를 보강하거나 원리를 확인 할 수 있음)
-image첨부하기 : 나중에 upload file 교체 할 수 있으니 먼저 올려놓고->다듬은 후 교체(제목을 같게 해서 업로드 하면 뒤에 올린 파일로 교체됨)
2.팀별 발표
-날짜 : 2015.03.17.Tue
-투표를 통해 우승 팀 선정
-발표 후 다음 주제 정하기(다음 발표 : 2015.03.31.Tue)
3.스폰서 contact을 위해서 우리팀 소개 자료 만들기 => 다음주 전체 모임(03.15.Wed)에 회의
팀별 서기 정하기
1.서기는 회의가 끝난 후, 회의 내용을 정리하여 위키 page upload
2.화요일 팀 서기 : 박수현, 금요일 팀 서기 : 송효인

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 =전체모임 회의록=
-==2015.07.02.Tur==
+==2015.07.02.Thu==
 *아이디어에 대해 더 생각해 봐야 할 부분
 ) Janus micro particle 합성하는 방법<br>

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