User:Evandro Ruiz/Notebook/SZ gene

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Resumo | Abstract
Este projeto visa a elucidação e compreensão da rede gênica envolvida na esquizofrenia. É um traballho cooperativo entre:
 * Lab. of Medical Genomics and Bioinformatics, Centro Internacional de Pesquisa e Ensino (CIPE) - Hospital AC Camargo; e
 * ComText

=FASE 1=

Listas de genes

 * Lista de Associação (281 genes): [[Image:Lista associacao.txt]]
 * Lista de Expressão (726): [[Media:Lista expressao.txt]]
 * Lista de Meta Análise (2295): [[Media:Lista metaAnalise.txt]]
 * Lista dos Core Genes (38): [[Media:Lista coreGenes.txt]]

Grafos no interatoma

 * Abaixo estão os subgrafos do interatoma elaborados através das listas acima . Os arquivos estão escritos como listas de adjacência.
 * Lembrando que tomamos só o componente principal do interatoma  que é sum subgrafo com 9219 genes e 38834 conexões. Densidade: ≈ 0.000914. Sendo assim, alguns genes das listas abaixo não se encontram neste interatoma e, quase sempre, apresentam-se como genes isolados, sem ligação com outros genes.


 * Grafo de Asociação: [[Media:GrafoAssociacao.txt]]
 * Grafo de Expressão: [[Media:GrafoExpressao.txt]]
 * Grafo de Meta Análise: [[Media:GrafoMetaAnalise.txt]]
 * Grafo de Core Genes: [[Media:GrafoCoreGenes.txt]]

Resumo dos grafos

 * Genes associacao (lista de 281): Subgrafo no HPRD
 * Numero de nos: 228
 * Numero de arestas: 99
 * Genes expressao (lista de 726): Subgrafo no HPRD
 * Numero de nos: 369
 * Numero de arestas: 80
 * Genes Meta-analise (lista de 2295): Subgrafo no HPRD
 * Numero de nos: 724
 * Numero de arestas: 243
 * Genes Core-Genes (lista de 38): Subgrafo no HPRD
 * Numero de nos: 33
 * Numero de arestas: 4

Grafos dos vizinhos

 * Os grafos abaixo são compostos dos genes dos respectivos grafos acima e seus primeiros vizinhos no interatoma


 * Grafo de Asociação e vizinhos: [[Media:GrafoAssociacaoVizinhos.txt]]
 * Resumo: Nos e arestas: 2126 3065
 * Grafo de Expressão e vizinhos: [[Media:GrafoExpressaoVizinhos.txt]]
 * Resumo: Nos e arestas: 2301 3130
 * Grafo de Meta Análise e vizinhos: [[Media:GrafoMetaAnaliseVizinhos.txt]]
 * Resumo: Nos e arestas: 3434 5180


 * A novidade: Número de genes comuns aos 3 conjuntos: 667. Veja o arquivo: [[Media:Os667.txt]]

=FASE 2=
 * Algumas perguntas que não se deixam calar:


 * Como garantir que estas ligações buscadas no interatoma foram testadas em tecidos do sistema nervoso?
 * Já que genes "mais velhos" tem menor chance de estarem envolvidos em doenças genéticas, como escolher os genes "mais novos"? Onde encontrar a "data de nascimento" dos genes?

=FASE 3=
 * Tomamos todas as listas do Vanderbilt SZGR, menos a gene network, como base. O que totaliza 3326 genes.

Esta lista, considerando $$p>0.001$$, mais que 5 hits e mínima presença em 3 listas distintas, está em:
 * Veja toda lista de genes (formato xls): [[Media:Tabelao_cortado_pvalue_001_ListHits_5.xls]]
 * A mesma lista no formato TXT: [[Media:Tabela_p001MaisQ5hits_minimo3listas.txt]]

Esta lista tem 3326 genes, muitos repetidos. Eliminado-se as repetições temos
 * Uma lista de 1344 genes, como no arquivo: [[Media:Lista1344.txt]]
 * Lista reduzida (986 genes) dos genes pertencentes ao interatoma (Leandro): [[Media:our_genes_paths_results.xls]]
 * Lista reduzida (995 genes) (Evandro): [[Media:ourGenes995.txt]]. Tem 9 genes a mais, provavelmente pela versão do interatoma

Mapa de genes no interatoma

 * Tomando como base a lista do Leandro (986) temos os genes mapeados no interatoma.

** Coluna 2 = 1, gene presente na nossa lista.; ** Coluna 2 = 0, gene fora da nossa lista. ** Arquivo de atributos: [[Media:todoInteratoma.noa]]
 * Lista das arestas (39174): [[Media:todoInteratoma.txt]] - Para 9617 genes (nós)
 * Lista de atributos dos nós: