Quint Lab:Glossar GD 12:198

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glossar für Ruegger et al. (1998)
Genes & Development free full text pdf
 * ubiquitin-proteasome system - hauptproteinabbaumaschinerie eukaryotischer zellen; spielt eine zentrale rolle in vielen signalwegen, weil zielproteine selektiv abgebaut werden können → beispiel: abbau eines transkriptionsrepressors würde sofort zur genexpression führen; für funktionsweise siehe wikipedia deutsch oder wikipedia englisch (ausführlicher)
 * AXR1 - erstes gen, welches als auxin signalkomponente isoliert wurde (Leyser et al., 1998). kodiert für ein E1-ähnliches enzym, das die aktivität der E3 ubiquitin ligasen reguliert → erster hinweis auf involvierung des ubiquitin-proteasom systems in pflanzliche signalwege.
 * lateral roots - seitenwurzeln, die von der primärwurzel abzweigen → siehe wikipedia englisch
 * polar auxin transport - 'cell-to-cell' transport von auxin; ermöglicht aktiven gerichteten transport des phytohormons (sonstige transportformen passiv übers phloem); auxin ist das einzige phytohormon, das über einen aktiven, polaren transportmechanismus verfügt → siehe wikipedia englisch
 * confocal microscopy - ein konfokalmikroskop ist eine variante des lichtmikroskopes, hauptsächlich des fluoreszenzmikroskops, mit dem virtuelle optische schnitte durch ein objekt erzeugt werden können; diese schnittbilder können anschließend durch geeignete software zu einer räumlichen darstellung zusammengesetzt werden → siehe wikipedia deutsch
 * T-DNA - T-DNAs stammen vom Agrobacterium tumefaciens Ti-Plasmid; wenn pflanzen mit agrobacterium transformiert werden, inseriert sich die T-DNA ins pflanzengenom; wenn es sich innerhalb der kodierenden sequenz eines gens inseriert, wird i.d.r. kein funktionelles protein exprimiert → T-DNA insertionslinien sind demnach i.d.r. knockout mutanten; im zusammenhang mit diesem paper wurde so eine T-DNA insertionslinie herangezogen, die ihre insertion in TIR1 hat, so dass es zum knockout dieses gens kommt → in arabidopsis thaliana bestehen grosse kollektionen von T-DNA Insertionslinien, so dass inzwischen für nahezu jedes gen im arabidopsis genom T-DNA mutanten zur verfügung stehen
 * plasmid rescue - methode mit der man chromosomale DNA, die an eine inserierte sequenz (z.b. T-DNA) angrenzt identifizieren kann → identifizierung der exakten insertionsstelle und damit auch schnelle isolierung des betroffenen gens; auf diese art und weise kann man das mühselige 'map-based cloning umgehen' (funktioniert allerdings nur mit insertionsmutanten und nicht mit ems, γ, oder ähnlichen mutagenese-methoden)
 * cDNA - cDNA (v. eng. complementary DNA) ist eine DNA, die mit hilfe der reversen transkriptase meist aus mRNA hergestellt wird.wikipedia deutsch
 * RT-PCR - RT-PCR steht für reverse transkriptase-polymerase-kettenreaktion und ist die kombination aus zwei methoden der molekularbiologie, um die genexpression von spezifischen genen in zellen oder geweben nachzuweisen → wikipedia deutsch
 * f-box - protein-protein interaktionsdomäne; f-box proteine binden über die f-box an SKP1 und sind somit mit den anderen untereinheiten des SCF komplexes verbunden → siehe wikipedia englisch
 * leucin-rich repeats - protein-protein interaktionsdomäne, die i.d.r. in f-box proteinen c-terminal zur f-box vorkommt und über die die zielproteine selektiv rekrutiert werden
 * SCF komplex - proteinkomplex, der als E3 ubiquitin ligase fungiert und zielproteine rekrutiert, die danach vom proteasom abgebaut werden
 * 35S promoter - promotor der 35S RNA des cauliflower mosaic virus (CaMV); dieser promotor führt zu sehr starker expression (= überexpression) der dahinter liegenden gene → wird deshalb gerne vor pflanzengene 'gebaut' und zusammen mit diesen in pflanzen transformiert → als folge wird das gen dieses konstruktes in nahezu allen geweben überexprimiert