Quint Lab:glossar Nature 364:161

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glossar für Leyser et al. (1993)
Nature abstract
 * ubiquitin-activating enzyme E1 - ubiquitin-aktivierende E1 enzyme katalysieren den ersten schritt im ubiquitin-proteasome signalweg; dabei wird das 76-aminosäuren große polypeptid ubiquitin von solch einem E1 enzym aktiviert und auf ein ubiquitin-konjugierendes E2 enzym übertragen; das ubiquitin-konjugierende E2 enzym interagiert dann mit einer E3 ubiquitin ligase; dieser E3 ubiquitin ligasen rekrutieren zielproteine, auf die die ubiquitine dann übertragen werden; das geschieht in zyklen, so dass die zielproteine mit einer polyubiquitinkette markiert werden; diese polyubiquitinkette dient als erkennungssignal fürs 26s-proteasom, der proteinabbaumaschinerie eukaryotischer zellen; dadurch werden diese ubiquitinierten zielproteine degradiert
 * centimorgan - masseinheit, in der genetische distanzen angegeben werden → 0,1 cM = 1 crossover in 1000 meiosen
 * chromosome walk - methode zur kartengestützten klonierung (map-based cloning) von genen; ausgangspunkt sind zwei das zielgen flankierende molekulare marker auf dem chromosom; ausgehend von diesen flankierenden markern screened man genomische bibliotheken, die einen von diesen beiden markern enthalten → dadurch kann man das zielinterval physikalisch auf dem genom verankern; in der folge nimmt man wiederum die enden der so identifizierten genomischen fragmente und screened die genomische bibliothek nocheinmal → positive klone liegen innerhalb des vorherigen intervals → dadurch arbeitet man sich von beiden seiten an das zielgen heran, in dem man das 'chromosom walked' → ziel ist ein einzelner genomischer klon, der die marker von beiden seiten enthält und demnach auch das zielgen enthalten muss
 * cosmid clones - cosmide sind man plasmide, die sogenannte cos-sites (cohesive site) enthalten; dabei handelt es sich um DNA-sequenzen, die aus dem λ-phagen stammen; sie wurden früher viel zur erstellung genomischer bibliotheken verwendet, weil man sie relativ grosse genomische fragmente aufnehmen können (bis zu 40kb im gegensatz zu herkömmlichen plasmiden, die max 20kb schaffen); heutzutage verwendet man anstelle von cosmiden i.d.r. BACs, die bis zu 300kb aufnehmen können (100kb durchschnittlich)
 * agrobacterium-mediated transformation - agrobacterium tumefaciens ist ein wichtiger vektor, um pflanzen zu transformieren; die plasmid T-DNA, die bei infektion in die pflanze transferiert ist ein ideales vehikel für die gentechnische transformation von pflanzen; dazu kloniert man die gensequenz von interesse in die T-DNA, die sich nach infektion wiederum ins wirtsgenom inseriert
 * RNA blot - ein sogenannter northern (RNA) blot wird verwendet, um z.b. die für ein protein kodierende mRNA einer mutante mit dem wildtypen zu vergleichen
 * full-length cDNA - ein cDNA klon, der die gesamte transkribierte mRNA eines gens enthält → 5'utr + alle exons + 3'utr
 * missense mutation - punktmutation, die zur veränderung einer aminosäure führt