IGEM:Chiba/2009/Miutes/2/fe-sensor

03/Aug/2009 梅野先生、豊田先生、冨永さん、福富さん、古林さん、田代さんにpptでの発表を聞いていただきました.
 * VBL3階会議室
 * 13:00-22:00
 * 山本・野澤・井山

会議内容
①Fe 検出 ・06ラテンアメリカ、07コロンビアイスラエルのFe promoterは使えるか微妙？
 * レギュレーターがPartsにない.
 * Part:BBa_I765000
 * Part:BBa_J3902
 * ラテンアメリカが使っていた論文にもレギュレーターについての詳細な情報なし.

・もし07UCバークレーで鉄を扱ったモノがあるならば、使うべき.

・大腸菌（またはそれ以外の生物）も鉄を感じる 大腸菌から遺伝子もってきたら楽なので、探すべき.

・Fe3+は生物的に使えない. Fe2+を検出する.

・iron response element
 * wiki
 * Pub_Med
 * PNAS

②heme oxygenaseをどうやって放出するか.
 * 自爆する.
 * リゾチウムで出る. Partsでもある.
 * 鞭毛から生成.

③Heme分解 ・Heme oxygenaseを使った分解では、NADPHが必要. KEGG
 * NADPHは大腸菌に添加して一緒に食べればいいのでは？高いけど.

・酸性でも分解するKEGG
 * oxygenaseをつかわなくても大丈夫そう.

④結合乗数・錯生成係数・キレート効果 ・レギュレーターとHeme（Biliverdin）のどちらが、Fe2+との結合乗数が高いのか調べる.
 * （だいたいHemeが10の4~5乗. センサが10の6~9乗らしい. …同じmol数なら勝てる？）

・Biliverdinはほっておくとまたすぐキレート形成しそう. さらに分解できないか.

・どのくらいFe2+がキャプチャーされるのか. 夾雑物条件の中でいくらキャッチアップされるのか.

・低pH環境でヘムより強い結合乗数をもつセンサを使えばOK

・生体分析・血液の検査方法
 * 実際の条件を調べる：ポリフェリンの平衡をつくってから、分離（遊離）して、pH滴定で計る.
 * →むしろデータ探せばありそう.

⑤シリウス いまのままだとそこまでこだわる必要がない. 低pH環境にさらされる状態（つまり細胞外にでてしまった状態）での利用法を考えるべき.

⑥菌の生存＠胃 pH3ではE.coliは結構死ぬ. ただだからといって、pHを上げると、胃とその他の消化器官との区別が曖昧になる. 他にLG21を真似してみてもいいのでは？

⑦pHセンサ ・既存のpHセンサではなくて、たとえばAHLなどの分子を使ったpHセンサシステムもできる. ・pHセンサで胃とその他を区別する場合、大腸菌の生存のために酸性の緩和を試みることはできない. （矛盾する. ）pHせんさじゃなくても、胃とその他を区別することはできないのか？

⑧テーマについて ・point：
 * 肉を食べた人のものと結果の区別がつきにくい.
 * 現在のテーマだと胃と他の消化器官との区別が重要.

・別の応用例も考える
 * フェナントロリンは夾雑物があるとNG
 * 土壌とかは？
 * pH変化とFeセンサの他の使い道を考えるべき.

山本