User:Lindenb/Notebook/UMR915/20110704

=LiftOver notch2= hg18: chr1	120259749	120259750 chr1	120259919	120259920 chr1	120260015	120260016 chr1	120260418	120260419 chr1	120260442	120260443 Lift over to hg19: chr1:120458226-120458227 chr1:120458396-120458397 chr1:120458492-120458493 chr1:120458895-120458896 chr1:120458919-120458920

Sample1: chr1:120458919
        120458871 120458881 120458891 120458901 120458911  120458921 120458931 120458941 120458951 120458961 120458971 120458981 120458991 AACATACGTGTGAGGAGATTCTAGGGAATCAACAGGGGATAAAGTTACTGAACTCTC*AGACAGTTGGACCTTCTCACTCAGAGACTTCTTCCTCCTACTACCCTTGGCATCCTTTGCCTCCTTGGCAAGGTT*AGGGAGGC ......................................................... ........................................................................... ........, .......................................................*..................... ....................................................*........ ,,,, ....................................................A....................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..... ..................................................*..........................       ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .....  ..................T...............................A......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ....... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,       .........................................*........ ,,,,,,, ................................................A........................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .......... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,    ........................................*........ ............ ............................................A..........................C.... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ............ ............................................A............................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ....................... .................................A.......................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ......................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,  ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .........................   ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,  ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .........................   ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,	...............C.....*........ ............................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,       ....................*........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,      ....................A....................................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ...............................       ..................A.....................................G....CA............. ,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ..........C.................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,   ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ................................       .................A.......................................................... ,,c,c,,,,,,,,*g,,t,,,, ..................................       ...............A............................................................ ,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,, ....................................      ..............*..............................................................   ..........*........ .......................................    ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,   ..........*........ .......................................    ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,   ..........*........ .......................................   ,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,,   ,,,,,,,,,,*,,,,,,,, .C........A.......................... ,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,    ,,,,,,,,*,,,,,,,, ........................................     ,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,     .....*........ ......................C........T.........     ..........A................................................................. ....*........ .........................................     ,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,     ,,,,*,,,,,,,, ............................................     ,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,      .*........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,    ,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,      ,*,,,,,,,, ................................................  ......A.....................................................................       ........ .................................................  .....*..T.................................................................... ,,,,,,,, ........G....................................C... ,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,      ,,,,,,, ................................................... ,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,        ,,,,

sample2 120458492-120458493
        120458431 120458441 120458451 120458461 120458471 120458481 120458491 120458501 120458511 120458521 120458531 120458541 120458551 TGGAAAGTCACAATGGGGGGCAAGGGCTCCCGAGGGGTGGTTATGTGCTTCCCTTCAGGTGGCCTGCTCTGGGGAGCTATGCCAGGATGGGTGCCCTCAGCTGGAGCCAGGACCATACCAAACATCTCATTGTACTGGGTCT ..................S...................................................R....................................................................... .         cc,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,  ..................................................... ,,,          ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,    ................................................ ........................................... ............................................................................  ................... ............................................. ........................A...................................................    ................ .............................................. .....................................C...................................... ,,,,,,,,,,,,,,, ................................................ .....................A......................................................     ........... ..................C............................... ,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,  ,,,,,,,,, ........................................................ ............................................................................ ....... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ............................................................................ ,, ...................................................................C.. T...................................................................... ......................................................................C. ..................................................................... .......................................................................... .................................................................. ......................................................................A.....    ..............................................................                    ..................................................A.........................  ............................................                            ..........................................A.................................  ....................................                               ............................................................C............... ..................................                                  ....................................A....................................... ...............................                                  ............................................................................ ...............................                                       ...............................A............................................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,                                           ............................................................................              ,,,,,,,,                                                        ..............A.............................................................     .....                                                                ............................................................................                                                                 .....A...................................................................... ,,,,,,,,,gg,,,,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .A..................C...............C....................................                                                                    .A.......................................................................                                                                      ........................................................................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,                                                                           ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,                                                                                ..............................................................                                                                                ..............................................................                                                                                   ................................C.........T................                                                                                   ...........................................................

sample3: chr1:120458895
 120458831 120458841 120458851 120458861 120458871 120458881 120458891  120458901 120458911 120458921 120458931 120458941 120458951 120458961 GATGTAATCATTGGAGAGGATGTGGTGTCGGAAACATACGTGTGAGGAGATTCTAGGGAATCAAC*AGGGGATAAAGTTACTGAACTCTCAGACAGTTGGACCTTCTCACTCAGAGACTTCTTCCTCCTACTACCCTTGGCA ................................................................. .S.......................................................................... ..... ...........................................................*................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ...... ..........................................................*..................  ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .......  ........................................................***....................  .................................................... ........ ........................................................*....................  ...................................................... .............  ..................................................***..........................  ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .............  ..................................................*..........................   ............................................... .............   ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,    ............................C................ ,,,,,,,,,,,,,,,  ...............................................***............................. ............................................ ........A............  ..........................................*..................................  ........................................ ......................  ,,,,,,,,t,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,  ...................................... .......................  .......................................***.....................................   .................................. .............................. .......A.............A............***.........A..A......G.............G........ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ..............................  ................................***............................................  ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ................................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,    ,,t,,,,,,,,,,,,,,,t,n,,,,,,, .........................G...... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,    ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .................................  ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,***,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,  .......................... .................................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,***,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,   ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .............T......................  ...........................*................................................. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,   ........................ ........................................ ........................*....................................................  ,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .......................***..................................................... ,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,t,t,t,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,***,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,  ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,c,,,,,,,,, ............................................ ...................***.........................................................    ............. ............................................. ...................*.........................................................  ................. ............................................... .................***...........................................................  ,,,,,,,,,,c,, ............................................... ...............C.***...........................................AC.C...A..... ................ ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,a   ,,,,,,,,,,,,, ................................................   .............***...............................................................  ......... ..................................................... ...........***.................................................................  ,,,,,,, .......................................................    ......***......................................................................  ,, ........................................................   ......*......................................................................    , .........................................................   ,,,,,*,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

sample4 chr1:120458396
      120458381 120458391 120458401 120458411 120458421 GCTGGGGAGCCCCCGCTGGTTGGGCAATACTGCCTTTAGGGATGAGCTGGAAAGTCACAATG ............MM.......R..M...M................................. , .........................C................................. .......      ................................................ ............NA.............. ................................. .....................A......... ............................. .........................................C.................... .....................A..A.....................................                        .....................................                                   ...........................                                    ..........................                                     .........................                                     ......................... ,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,, .....................                                        .....................                                                   ...........                                                      ,,,,,,,,                                                         .....                                                            ..

sample5
void

sample6 chr1:120458226
120458201 120458211 120458221 120458231 120458241 120458251 TGCCCACAGAGGCTGGGAAAGGATGATAGGCTGGGAGAATGGTCTGAGCTACCTGCCCGTCC .........................M.................................... ,,,,,,,,,,	 ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,         ,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ......................     ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, .........................C. ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ................................       ,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,g ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,            ,,,,,,,,,,,,,,,,, ......................G..C......... ,,,,,, ,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,			,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ........................................... ,,,a,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,      ,,,,,t,,,,,,,,,tg,c,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,, ,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,g,,,,,,,,,,,