Quint Lab:glossar Nature 414:271

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glossar für Gray et al. (2001)
Nature 414:271 abstract in der reihenfolge wie sie im paper vorkommen:


 * homo-/heterodimerization - homod. = dimerisierung identischer untereinheiten/proteine; heterod. = dimerisierung unterschiedlicher untereinheiten/proteine
 * auxin-response factors (ARFs) - transkriptionsfaktoren, die 'auxin-response elements (AuxRE)' im promotor auxin-induzierbarer gene erkennen
 * auxin-response elements (AuxRE) - auxin-responsive promotormotive, s.o.
 * transient transfection assays - in transienten transfektionsexperimenten werden der reporter (GUS) und das gen von interesse (Aux/IAA) in verschiedenen plasmiden gleichzeitig in z.b. protoplasten transformiert; auf diese art und weise kann man untersuchen, ob das zielprotein (Aux/IAA) einen einfluss auf die expression des reporters hat; in diesem fall wurde ein Aux/IAA gen unter dem 35S-promotor (also überexpression) auf dem einen plasmid und das GUS gen unter einem auxin-induzierbaren promotor auf einem anderen plasmid gleichzeitig in protoplasten eingebracht; überexpression des Aux/IAA gens führte zu repression des reporters womit nachgewiesen werden konnte, dass Aux/IAAs die expression auxin-induzierbarer gene unterdrücken (ulmasov et al. plant cell 1997 free full text)
 * luciferase - reportergen, dass für das enzym luciferase kodiert, welches aus den glühwürmchen stammt; die luciferase katabolisiert eine reaktion bei der licht durch die oxidation des pigmentes luciferin produziert wird; die biologische erzeugung von licht bezeichnet man generell als biolumineszenz; der reporter ist in diesem fall also nicht die blaue färbung wie beim GUS reporter system, sondern licht
 * pulse-chase experiments - bei einigen untersuchungen werden bestimmte makromoleküle (z.b. proteine, in unserem fall AXR2) radioaktiv markiert, um deren stabilität und halbwertszeit oder auch deren weg durch verschiedene zellkompartimente zu verfolgen. zu diesem zweck werden pulsmarkierungen (=pulse chase) durchgeführt, bei denen die zellen über eine kurze zeit mit einem markierten vorläufermolekül (in unserem fall die radioaktiv markierte aminosäure methionin) inkubiert werden (=pulse). anschliessend wird der markierte vorläufer durch die zugabe einer überschüssigen menge nichtmarkierter vorläufer ersetzt (=chase). die stabilität aller neu synthetisierten verbindungen, die während des kurzen pulses den markierten vorläufer eingebaut haben, kann durch eine messung der radioaktivität zu verschiedenen zeitpunkten nach dem puls festgestellt werden. die markierten makromoleküle, die sich während des pulses in den zellen angesammelt haben, werden dann während der verdünnung (=chase) ebenso rasch durch die nichtmarkierten moleküle verdrängt und entfernt. die einbaurate an markierten vorläufern nimmt nach dem puls sehr wieder schnell ab, und die in den zellen nachgewiesene radioaktivität findet sich anschliessend nahezu ausschliesslich in den während des pulses synthetisierten makromolekülen. auf diese art und weise kann die stabilität und die halbwertszeit eines proteins bestimmt werden
 * heat shock promoter - dieser promotor wird durch einen hitzeschock (in diesem beispiel 2h bei 37°C) aktiviert/induziert; es ist also ein induzierbarer promotor wie der dexamethason-induzierbare promotor, der im letzten paper eingeführt wurde glossar
 * proteasome inhibitor MG132 - proteasom inhibitoren blockieren das proteasom, so dass polyubiquitinierte proteine nicht mehr degradiert werden können; potentielle targets von E3 ubiquitin ligasen wie den SCF komplexen sollten durch MG132 anwendung stabilisiert werden, da sie nicht mehr übers proteasom abgebaut werden können
 * polyclonal antiserum - polyklonale antiseren sind eine mischung aus verschiedenen gegen diverse epitope/antigene gerichteten antikörpern; im gegensatz dazu sind monoklonale antikörper nur gegen ein einziges epitop/antigen gerichtet
 * GFP (green fluorescent protein) - GFP ist ein protein aus der qualle Aequorea victoria, das bei anregung mit blauem oder ultraviolettem licht grün fluoresziert; dadurch besteht die möglichkeit, GFP mit beliebigen anderen proteinen gen-spezifisch zu fusionieren; durch die fluoreszenz des GFP kann so die räumliche und zeitliche Verteilung des anderen proteins in lebenden zellen, geweben oder organismen direkt beobachtet werden; es handelt sich demnach um ein weiteres reporter system
 * pull-down assay - siehe immunopräzipitation; nachweis von protein-interaktion erfolgt bei einem 'pull-down', indem mit hilfe eines antikörpers ein bestimmtes protein samt interaktionspartner aus einem proteingemisch heraus präzipitiert wird (= pull-down); das präzipitierte protein und seine interaktionspartner werden im western blot nachgewiesen
 * glutathione S-transferase (GST) GST-tags werden an proteine fusioniert, um sie (i) aus e. coli hochrein purifizieren zu können, oder (ii) im rahmen einer immunopräzipitation aus proteinextrakten zu extrahieren bzw. in pull-downs interaktionspartner zu identifizieren; im GST fusionssystem wird die GST sequenz mit der gensequenz des zielproteins fusioniert und in einem geeigneten expressionsvektor exprimiert; das exprimierte protein ist ein fusionsprotein aus dem zielprotein und GST; dieses fusionsprotein kann über seine hohe affinität zu glutathion aus den zellen purifiziert werden
 * crude lysate - grobes zelllysat, was in diesem fall einfach durch zerquetschen von keimlingen und filtrieren des zellsaftes hergerstellt wurde
 * crude Arabidopsis extracts - siehe 'crude lysate'