User:Leonor Quintaneiro/Notebook/Aulas de BioMol/2010/05/11

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Clonagem molecular
A utilização de enzimas de restrição e vectores de DNA permite criar moléculas de DNA recombinantes e cloná-las em bactérias.



As bactérias transformadas com uma única molécula de DNA plasmídeo podem ser isoladas em placas de petri graças ao gene de resistência presente no vector.,

Em seguida, podem ser multiplicadas em culturas líquidas de pequena, média ou grande escala e utilizadas como "fábricas" de DNA, de onde se pode purificar o vector plasmídico, separando-o do DNA genómico e proteínas bacterianas pelo método da lise alcalina.



Consultar página original das imagens

O DNA presente em cada colónia bacteriana pode ser analizado por digestão com enzimas de restrição, para confirmar que contém a sequência desejada.

O DNA assim purificado pode ser introduzido noutras células (por exemplo, em células humanas) para, por exemplo, expressar a proteína codificada pelo gene clonado.

Questões
1. Enquanto uma célula eucariótica apresenta duas cópias de cada gene, uma bactéria pode conter 700 cópias de um plasmídeo.

Considerando que o organismo humano adulto tem 1013 células e que 1 ml de cultura de bactérias tem 5x109 células/ml, compare o número de cópias de um gene que pode extrair de uma pessoa e do plasmídeo presente num litro de cultura de bactérias.

2. Considere os seguintes vectores:



2.1. Acabou de obter o DNA codificante para uma proteína humana e pretende produzir essa proteína em bactérias. Qual dos vectores escolheria para efectuar a clonagem? Justifique. ''Escolheria o segundo vector pois este tem um promotor. Sem promotor o será impossível o vector expressar a proteína pretendemos produzir.''

2.2. O fragmento de DNA codificante para esta proteína foi obtido em duas versões, que apenas diferem na sequência das extremidades:



Qual dos fragmentos codificantes para a proteína humana escolheria para inserir no vector? Justifique, tendo em conta a sequência do local de policlonagem: Escolheria o fragmento da direita pois, caso contrário, haveria o perigo de criar um fragmento invertido, ou de este se ligar a si mesmo através das pontas eco RI, sendo que apenas uma pequena porção dos fragmentos expressos serião o pretendido.



3. Suponha que tem um projecto para realizar um trabalho de biologia molecular. Num primeiro passo você pretende clonar um fragmento de DNA num vector que permita a expressão da proteína codificada. O vector escolhido foi o pEGFP. Ambos, fragmento a clonar e vector a usar, são ilustrados na figura.



3.1 Diga como faria esta clonagem. Consegue assegurar que o fragmento seja introduzido na posição correcta para a expressão da proteína? Não porque, mais uma vez, visto que o vector possui as duas pontas com a mesma enzima de restrição há o perigo do fragmento se inserir no vector ao contrário.

3.2 Como procederia para resolver o problema? Para resolver este problema tentaria arranjar uma maneira de meter no meu fragmento uma enzima de restrição final eco RI (que também existe no vector) fazendo com que, desta forma, já fosse possível o fragmento inserir-se de maneira correcta no vector.

3.3 Após crescer as bactérias transformadas numa placa com antibiótico, você amplificou uma colónia em cultura líquida, conseguiu purificar plasmídeo recombinante e fez a experiência que propôs, indo de seguida analisar o resultado por electroforese. A fotografia do gel que obteve é a seguir apresentada. Na pista 1 está o marcador lambda x HindIII (com bandas de )23130; 9416; 6557; 4361; 2322; 2027 e 564 bp; na pista 2 o plasmideo digerido com EcoRI; na pista 3 o plasmideo digerido com EcoRI e Kpn1; e na pista 4 o plasmideo não digerido.



Interprete os resultados obtidos. A sua clonagem funcionou ou não? Funcionou pois se olharmos para a pista 3, a que possui a Eco RI e Kon1, vemos dois fragmentos, sendo que um está perto dos 800 pb e o outro dos 4500 pb, indicando, assim, que o fragmento foi bem inserido.


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