Quint Lab:glossar Ulmasov

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Glossar Ulmasov et al. (1997)
Science 276:1865


 * AuxRE - AuxinResponsivesElement. kleine Abfolge von Sequencen in Promotoren, die für die Auxin-responsive Expression verantwortlich sind.
 * yeast-one-hybrid system - Methode zur Identifikation von Proteinen, die an ein bestimmtes DNA-Fragment binden. Hier wurde nach Proteinen gesucht, die an ein bestimmtes stark Auxin-responsives Promotorkonstrukt binden. Dazu benötigt man neben einem geeigneten Promotor-Reporter Konstrukt und eine cDNA Expressionsbibliothek (cDNAs sind in Vektoren kloniert, die ein Umschreiben der cDNAs in Proteine erlaubt).
 * ARF1 - auxin response factor 1. Protein, dass spezifisch mit dem AuxRE des GH3-Gens interagiert.
 * expressed sequence tags - ESTs - in der zeit vor microarrays und sequenzierten genomen wurden oft aus kompletten pflanzen oder spezifischen geweben oder nach bestimmten behandlungen die gerade exprimierten mRNAs isoliert, die dann mithilfe der reversen transkriptase in cDNA umgeschrieben und in eine cDNA Bibliothek kloniert wurde. die klone der cDNA bibliothek konnten dann sequenziert werden. als resultat bekam man die sequenzen von genen, die unter den entsprechenden umständen gerade exprimiert werden. wird heute noch viel für spezies genutzt, die noch nicht sequenziert sind. ausserdem sind die ESTs in datenbanken wie genbank eine gute ressource für 'homology searches'.
 * gel mobility shift assay -  auch: electrophoretic mobility shift assay (EMSA). Wird benutzt umd DNA-Protein Interaktion nachzuweisen. Die zu untersuchende DNA und Proteine werden zusammengebracht und unter nicht-danaturierenden Bedingungen im Acrylamidgel getrennt. "Freie" DNA Fragmente  bewegen sich im Gel schneller als solche an denen Proteine gebunden sind. Man kann sowohl den DNA-Bereich immer weiter verkleinern um den genauen Bereich zu finden an dem das Protein bindet oder aber man verwendet nur teile des Proteins um die Interaktionsdomäne(n) zu identifizieren.