Molecular Recognition Laboratorium



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Molecular Recognition Laboratorium, Institute für medizinische Immunologie CHARITÉ - UNIVERSITÄTSMEDIZIN BERLIN

last change on 01.04.2010

Group Leader
Rudolf Volkmer

Group Members

 * Bernhard Aÿ, Postdoc
 * Prisca Boisguérin, Postdoc
 * Zerrin Fidan, Doktorandin
 * Annette Hayungs - Secretary
 * Marc Hovestädt - Doktorand
 * Ines Kretzschmar - CTA
 * Christiane Landgraf - CTA
 * Carsten Mahrenholz - Doktorand
 * Judith Müller - Doktorandin
 * Livia Otte - Postdoc
 * Rolf-Dietrich Stigler - IT- u. Sicherheitsbeauftragter
 * Víctor Tapia - Doktorand
 * Lars Vouillème - Doktorand

Technological Development of the Peptide Array Technologies
by Victor Tapia FIGURE The basic point of this technology is the simultaneous display of a systematic collection of peptides on a planar support, on which numerous bimolecular interaction assays can be carried out under homogeneous conditions. MORE

REFERENCES

Messsystemanalyse von Peptidarray Techniken
by Victor Tapia FIGURE

Mit dem Ziel die Affinitätsvorhersagbarkeit von Peptidarray-orientierten Bindunsstudien zu analyzieren, wurde die CB4 1 Epitope Bibliothek definiert, welche auf ein Repertoire von 26 verschiedene Liganden für das CB4-1 Antikörper besteht. Es handelt sich hierbei haupsächlich um Sequenz- und Mimika¬varianten des natürlichen Epitopes von CB4-1 (? p24 von HIV 1). Die Eignung dieser Proben für das oben erklärtes Ziel beruhrt auf das vorhandene Affinitätsprofil, das jedes Peptid mit einzeln gemessenen KD Werte assoziiert. Die einzelne KD Messungen wurden teilweise aus der Literatur aussortiert [Volkmer-Engert 1995; Kramer 1997; Kramer 1998; Hoffmuller 2000; Reineke 2002] und teilweise mit eigenen SPR Messungen belegt [Weiser 2005]. Das Peptid Repertoire der Bibliothek umfasst ein Affinitätsbereich mit KD-Werten zwischen 1 mM und 1 nM. Diese Bibliothek wird sowohl zur Analytbestimmung wie auch zur Affinitätsvorhersage eingesetzt, um die Bediengungen eines Assays zu determinieren, unter welcher eine wertgenaue Vorhersage möglich ist. Hierbei handelt es sich um ein Bindungsstudie in Mikroarray-Format [Reimer 2002; Tapia 2009]. Die Wert¬genauig¬keit der Ansatz wird anhand der Übereinstimmung mit Referenz Affinitätswerten (Sollwerte) aus den einzelne SPR-bezogene Bindunsstudien. Der Einsatz dieser Referenzmesswerte als „goldener Standard“ ist begründet durch drei wessentliche unterschiede zu den Mikro- und Makroarray Formate der HTS Bindungsstudien: (1) die Peptid Proben sind ausführlich präpariert worden (HPLC, MS), (2) das Analyt wurde durch die Messzelle des Sensorchips durchflossen und (3) die Auswertung geschieht anhand von Sensogrammen, die eine echtzeit Beobachtung der Gleichgewichtzustandes ermöglicht (siehe Abbildung 1 für ein Überblick). MORE TEXT 1

Structural Modularity in Protein-Protein Recognition
by Victor Tapia FIGURE

Protein Interaction Domains
The organisation of living systems is a complex network of molecular interactions. Proteins are a central component of the network as they may bind to other proteins as well as to phospholipids, nucleic acids and small molecules to interconnect the diverse physiological functions of the cell. In the background of these observations, the existence of a molecular recognition code for cellular organisation is very suggestive. MORE TEXT

Modularity of WW PIDs
The WW domain is a well-characterized protein module that mediates specific protein-protein interactions with ligands that contain short proline-rich motifs [Bork 1994; Chen 1995; Sudol 2000]. The domain is composed of 38 amino acids, it has two signature tryptophan (W) residues, and it is one of the smallest among modular protein domains. The signature tryptophan positions are spaced 20–22 amino acids apart and have important structural role. The structure is a three beta-strand meander that forms a shallow binding pocket for proline-rich ligands (reviewed in[Sudol 2005]). In general, the folding of WW domains does not require cognate ligands or co-factors. MORE TEXT

From Promiscuous Recognition Events to Mutually Exclusive Cellular Responses
The elucidation of functional pathways of signal transduction, biochemical function or gene regulation, is firstly addressed in proteomics by deriving interaction networks depicting ideally all interactions in the cell. Several attempts have been done in this direction on different model organisms and with varied methods, including co-purification by affinity chromatography [Gavin 2002; Ho 2002; Bouwmeester 2004], yeast two-hybrid [Uetz 2000; Ito 2001], phage display, peptide array technologies [Landgraf 2004], etc. A comparison of datasets derived by individual methods demonstrates that different methods have different potential. MORE TEXT REFERENCES

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start on 18 Mar 2010

 

Science in the city: A small series about the everyday life of scientists in berlin
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