Tregwiki:Plethora1 of Jean-Ste-Ideas

pour moi en vue du clustering, il faudrait faire trois types de tableaux: les scores avec les blocs de conservation de D1, des sites mutés D1, et tous les JAX. avec les troisieme, tu sortiras peut etre certains modules de vertebres qui auraient des matrices tres differentes?


 * OK, three kinds of matrix matches
 * What is JAX?

-a faire avant la construction du tableau? verifier a l oeil les bordures des elements (comme dans D1 ou ca permet de rentrer pax...). comparer les coordonnees comparees entre "tes" modules "nettoyés" manuellement et ceux du JGI? est ce que ces resultats peuvent faire l objet d un autre tableau?


 * How to verify 44 flanking regions??
 * Compare JGI regions with UCSC

-est ce qu il y a les modules 3' dans tes tableaux?


 * Add 3' regions

-rajouter tous les modules conserves du locus pitx incluant toute les regions jusqu aux deux genes conservés.


 * ??? C'est pas ca ce qu'on fait ???

-inclure pitx1 dans la table

Je sais, a lafin , ca fait un tableau avec 120 colonnes et 40 lignes seulement pour pitx... donc multiplie par 30 genes pour trois kernels= 120 colonnes par 1200 lignes. certaines donnees de chips sont largemment dans ces tailles la...


 * -> Todo: Classification

Comment stu codes en couleur le nombre de hits ? (nombre maxi de hit dans un des elements= blanc; 0= noir?)

-pour les familles, ca a l air bien parti; je vais essayer de regarder si je peux trouver les datas floor plate comparées...