User:Pedro Matos/Notebook/Aulas Biologia Molecular 2010/2010/03/02

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Exercício TP1
Considere a seguinte representação de uma molécula biológica.

TTGACACTACCGAGGTGTACTATTTTTACCCGAGTCGCTAATTTTTGCCGCAAGGTGCTAAGCCGCGAGG AAAGCGAGGCTGAACAGGCAGTCGCCCGTCCACAGGTGACGGTGATCCCGCGTGAGCAGCATGCTATTTC CCGCAAAGATATCAGTGAAAATGCCCTGAAGGTAATGTACAGGCTCAATAAAGCGGGATACGAAGCCTGG

Lembre-se que qualquer representações tem subjacente um conjunto de convenções.

Moléculas de DNA e de RNA. As de DNA possuem o nucleótido T e o açúcar é uma desoxirribose enquanto as de RNA possuem U o açúcar é uma ribose.
 * Que moléculas se podem representar desta forma e que convenções estarão implícitas nos diferentes casos?

Representação de complementariedade, isto é, com a cadeia anti-paralela e indicado as extremidades 3'-5'
 * Supondo que se trata de DNA, indique uma forma de apresentação alternativa que represente melhor a sua estrutura real.

Poderá conter um gene, caso haja um quadro de leitura, com um codão de iniciação (ATG) e um de STOP, e informação entre estes dois ser de mais de 30 aminoácidos entre eles, para que possamos dizer que é uma proteína.
 * Poderá esta sequência conter um gene? Justifique a sua resposta.

AACTGTGATGGCTCCACATGATAAAAATGGGCTCAGCGATTAAAAACGGCGTTCCACGATTCGGCGCTC CTTTCGCTCCGACTTGTCCGTCAGCGGGCAGGTGTCCACTGCCACTAGGGCGCACTCGTCGTACGATAA AGGGCGTTTCTATAGTCACTTTTACGGGACTTCCATTACATGTCCGAGTTATTTCGCCCTATGCTTCGGACC
 * Indique o resultado da transcrição desta sequência.

Como? É possível prever se há alguma proteína codificada por esta sequência, para isto basta assumir que cada três nucleótidos codificam um aminoácido, usando depois um código de tradução.
 * É possível prever que proteína se encontra codificada numa sequência nucleotídica?

5'3' Frame 1 L T L P R C T I F T R V A N F C R K V L S R E E S E A E Q A V A R P Q V T V I P R E Q H A I S R K D I S E N A L K V Met Y R L N K A G Y E A W
 * A sequência apresentada codifica alguma proteína?

5'3' Frame 2 Stop H Y R G V L F L P E S L I F A A R C Stop A A R K A R L N R Q S P V H R Stop R Stop S R V S S Met L F P A K I S V K Met P Stop R Stop C T G S I K R D T K P

5'3' Frame 3 D T T E V Y Y F Y P S R Stop F L P Q G A K P R G K R G Stop T G S R P S T G D G D P A Stop A A C Y F P Q R Y Q Stop K C P E G N V Q A Q Stop S G I R S L

3'5' Frame 1 P G F V S R F I E P V H Y L Q G I F T D I F A G N S Met L L T R D H R H L W T G D C L F S L A F L A A Stop H L A A K I S D S G K N S T P R Stop C Q

3'5' Frame 2 Q A S Y P A L L S L Y I T F R A F S L I S L R E I A C C S R G I T V T C G R A T A C S A S L S S R L S T L R Q K L A T R V K I V H L G S V

3'5' Frame 3 R L R I P L Y Stop A C T L P S G H F H Stop Y L C G K Stop H A A H A G S P S P V D G R L P V Q P R F P R G L A P C G K N Stop R L G Stop K Stop Y T S V V S

Sabendo que estes são as possíveis sequências de aminoácidos resultantes da tradução da sequência em cima, aquelas que poderemos considerar como possíveis proteínas sao as sequências de 5'3' do frame 1 se supusermos que existe um codão de iniciação a montante, a sequência 3'5' do mesmo frame e a sequência 3'5' do frame 2 usando a mesma suposição que da sequência 5'3' do frame 1.

Apesar de haver variações no código genético das bactérias, em ralação ao standard, usando programas bioinformáticos de tradução de sequências de proteínas não encontrei nenhuma diferença na sequência final de aminoácidos.
 * Que diferenças encontra se em vez de aplicar o código genético standard aplicar a variante bacteriana?

Recorrendo a programas bioinformáticos tais como os BLAST, que analisando a sequência dada iriam comparar com sequências existentes em bases de dado e o resultado seria as probabilidades da sequência pertencer a determinado organismo.
 * Como poderia saber de que organismo provém esta sequência?